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核酸構造のトポロジーによる遺伝子発現の化学的制御

研究課題

研究課題/領域番号 19H00928
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分37:生体分子化学およびその関連分野
研究機関甲南大学

研究代表者

杉本 直己  甲南大学, 先端生命工学研究所, 教授 (60206430)

研究分担者 建石 寿枝  甲南大学, 先端生命工学研究所, 准教授 (20593495)
高橋 俊太郎  甲南大学, 先端生命工学研究所, 准教授 (40456257)
遠藤 玉樹  甲南大学, 先端生命工学研究所, 准教授 (90550236)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
46,020千円 (直接経費: 35,400千円、間接経費: 10,620千円)
2021年度: 12,090千円 (直接経費: 9,300千円、間接経費: 2,790千円)
2020年度: 11,570千円 (直接経費: 8,900千円、間接経費: 2,670千円)
2019年度: 22,360千円 (直接経費: 17,200千円、間接経費: 5,160千円)
キーワード分子環境 / 核酸構造 / トポロジー / 遺伝子発現制御 / 人工分子
研究開始時の研究の概要

本研究では、核酸構造の幾何学的特徴が遺伝子発現に与える影響を化学的かつ定量的手法を用いて解明する。
1.核酸トポロジーによる遺伝子発現制御メカニズムを 【知る】
2.核酸トポロジーに起因する遺伝子発現の調節を分子レベルで 【見る】
3.細胞レベルで核酸トポロジーを化学的制御に 【活かす】
を段階的に遂行し、遺伝子発現制御に関する新たな概念として核酸構造の多次元性(Structural Multidimensionality of Polynucleotides; SMPs)を提唱する。さらに、細胞内の遺伝子発現に関する調節機構の解明と、その知見を活用した画期的な化学的遺伝子発現制御技術を確立する。

研究成果の概要

本研究課題では、分子環境に依存してトポロジーを変動させる核酸構造による遺伝子の発現調節機構の解明と、得られる知見を活用した化学的な遺伝子の発現制御技術を確立することを目指して研究を進めた。研究成果として、細胞内を特徴づける分子クラウディング環境において、核酸トポロジーおよびその安定性に影響を及ぼす因子を同定し、遺伝子発現の変動と核酸トポロジーの相関を定量的に明らかにした。さらに、核酸トポロジーを人為的に変化させる人工分子の開発を行い、分子間の相互作用で特定の核酸トポロジーの形成、安定化を促すことで、細胞内で核酸機能を制御できることを実証した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究課題では、分子クラウディング環境を中心に、核酸の分子内、分子間での相互作用を定量的に解析してエネルギーレベルのデータベースを蓄積した。本研究で蓄積したデータベースは、核酸トポロジーの細胞内における分子挙動の予測に有用であり、基礎学術的に非常に価値の高いものである。核酸分子の異常な構造変化は、癌や神経変性疾患、生活習慣病などの原因となる可能性も指摘されつつある。それ故、研究成果として、人工分子を用いての核酸機能の化学的な制御が可能であることを実証したことで、医療、診断、創薬など、実社会に貢献する幅広い応用分野への研究展開が期待される。

報告書

(5件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 審査結果の所見   実績報告書
  • 研究成果

    (118件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (10件) 雑誌論文 (32件) (うち国際共著 12件、 査読あり 31件、 オープンアクセス 20件) 学会発表 (72件) (うち国際学会 25件、 招待講演 16件) 図書 (1件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] ニューヨーク州立大学ビンガムトン校(米国)

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  • [国際共同研究] レディング大学(英国)

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  • [国際共同研究] 国立NMRセンター(スロベニア)

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  • [国際共同研究] コルカタ大学(インド)

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  • [国際共同研究] 中山大学(中国)

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  • [国際共同研究] 長春中医薬大学(中国)

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  • [国際共同研究] National Institute of Chemistry(スロベニア)

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  • [国際共同研究] KU Leuven(ベルギー)

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  • [国際共同研究] University of Calcutta(インド)

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  • [国際共同研究] Changchun University of Chinese Medicine(中国)

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  • [雑誌論文] Dielectricity of a molecularly crowded solution accelerates NTP misincorporation during RNA-dependent RNA polymerization by T7 RNA polymerase2022

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, S. Matsumoto, P. Chilka, S. Ghosh, H. Okura, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 12 号: 1 ページ: 1149-1149

    • DOI

      10.1038/s41598-022-05136-8

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      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ruthenium Polypyridyl Complex Bound to a Unimolecular Chair-Form G-Quadruplex2022

    • 著者名/発表者名
      K. T. McQuaid, S. Takahashi, L. Baumgaertner, D. J. Cardin, N. G. Paterson, J. P. Hall, N. Sugimoto, and C. J. Cardin
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 144 号: 13 ページ: 5956-5964

    • DOI

      10.1021/jacs.2c00178

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      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Replication Control of Human Telomere G-Quadruplex DNA by G-Quadruplex Ligands Dependent on Solution Environment2022

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, S. Bhowmik, S. Sato, S. Takenaka, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Life

      巻: 12 号: 4 ページ: 533-533

    • DOI

      10.3390/life12040553

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      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Chemical Modulation of DNA Replication along G-Quadruplex Based on Topology-Dependent Ligand Binding2021

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, A. Kotar, H. Tateishi-Karimata, S. Bhowmik, Z.-F. Wang, T.-C. Chang, S, Sato, S. Takenaka, J. Plavec, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 143 号: 40 ページ: 16458-16469

    • DOI

      10.1021/jacs.1c05468

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      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Effect of DNA modifications on the transition bet and non-canoncial DNA stransures in CpG islands during senescence2021

    • 著者名/発表者名
      S. Matsumoto, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      RSC Adv.

      巻: 11 号: 59 ページ: 37205-37217

    • DOI

      10.1039/d1ra07201c

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      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Intramolecular G-quadruplex-hairpin loop structure competition of a GC-rich exon region in the TMPRSS2 gene2021

    • 著者名/発表者名
      W. Sugimoto, N. Kinoshita, M. Nakata, T. Ohyama, H. Tateishi-Karimata, T. Nishikata, N. Sugimoto, D. Miyoshi, and K. Kawauchi
    • 雑誌名

      Chem. Commun.

      巻: 58 号: 1 ページ: 48-51

    • DOI

      10.1039/d1cc05523b

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      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Triple-Helical Binding of Peptide Nucleic Acid Inhibits Maturation of Endogenous MicroRNA-1972021

    • 著者名/発表者名
      Endoh Tamaki、Brodyagin Nikita、Hnedzko Dziyana、Sugimoto Naoki、Rozners Eriks
    • 雑誌名

      ACS Chemical Biology

      巻: 16 号: 7 ページ: 1147-1151

    • DOI

      10.1021/acschembio.1c00133

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      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Transcriptome screening followed by integrated physicochemical and structural analyses for investigating RNA-mediated berberine activity2021

    • 著者名/発表者名
      Satpathi Sagar、Endoh Tamaki、Podbevsek Peter、Plavec Janez、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 49 号: 15 ページ: 8449-8461

    • DOI

      10.1093/nar/gkab189

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Watson-Crick versus Hoogsteen Base Pairs: Chemical Strategy to Encode and Express Genetic Information in Life2021

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shuntaro、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Accounts of Chemical Research

      巻: 54 号: 9 ページ: 2110-2120

    • DOI

      10.1021/acs.accounts.0c00734

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] New Insights into the Functions of Nucleic Acids Controlled by Cellular Microenvironments2021

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto Saki、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Topics in Current Chemistry

      巻: 379 号: 3 ページ: 17-17

    • DOI

      10.1007/s41061-021-00329-7

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chemical Biology of Double Helical and Non-Double Helical Nucleic Acids: “To <i>B</i> or Not To <i>B</i>, That Is the Question”2021

    • 著者名/発表者名
      Sugimoto Naoki、Endoh Tamaki、Takahashi Shuntaro、Tateishi-Karimata Hisae
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 94 号: 7 ページ: 1970-1998

    • DOI

      10.1246/bcsj.20210131

    • NAID

      130008076882

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] PartⅡ研究最前線, 14章 遺伝子発現における核酸の新機能2021

    • 著者名/発表者名
      松本 咲, 杉本 直己
    • 雑誌名

      CSJカレントレビュー「進化を続ける核酸化学―ゲノム編集、非二重らせん、核酸医薬―」

      巻: 41 ページ: 146-154

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      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] PartⅠ基礎概念と研究現場, 2章 細胞内の核酸物理化学2021

    • 著者名/発表者名
      高橋 俊太郎, 杉本 直己
    • 雑誌名

      CSJカレントレビュー「進化を続ける核酸化学―ゲノム編集、非二重らせん、核酸医薬―」

      巻: 41 ページ: 14-21

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      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 第1章フロントランナーに聞く「令和の時代も進化を続ける核酸化学」2021

    • 著者名/発表者名
      神谷 真子、建石 寿枝、永 次史、山吉 麻子、杉本 直己
    • 雑誌名

      CSJカレントレビュー「進化を続ける核酸化学―ゲノム編集、非二重+RC[-1]+RC

      巻: 41 ページ: 2-13

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      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Nearest-neighbor parameters for predicting DNA duplex stability in diverse molecular crowding conditions2020

    • 著者名/発表者名
      S. Ghosh, S. Takahashi, T. Ohyama, T. Endoh, H. Tateishi-Karimata, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA.

      巻: 117 号: 25 ページ: 14194-14201

    • DOI

      10.1073/pnas.1920886117

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      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Improved nearest-neighbor parameters for the stability of RNA/DNA hybrids under a physiological condition2020

    • 著者名/発表者名
      D. Banerjee, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, S. Ghosh, T. Endoh, S. Takahashi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 48 号: 21 ページ: 12042-12054

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa572

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      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Thrombin binding aptamer G-quadruplex stabilized by pyrene-modified nucleotides2020

    • 著者名/発表者名
      Kovacic Matic、Podbevsek Peter、Tateishi-Karimata Hisae、Takahashi Shuntaro、Sugimoto Naoki、Plavec Janez
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 48 号: 7 ページ: 3975-3986

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa118

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      2020 実績報告書
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  • [雑誌論文] RNA G-Quadruplexes Facilitate RNA Accumulation in G-Rich Repeat Expansions2020

    • 著者名/発表者名
      Teng Ye、Tateishi-Karimata Hisae、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 59 号: 21 ページ: 1961-2040

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00130

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      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular crowding induces primer extension by RNA polymerase through base stacking beyond Watson-Crick rules2020

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, H. Okura, P. Chilika, S. Ghosh, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      RSC Adv.

      巻: 10 号: 55 ページ: 33052-33058

    • DOI

      10.1039/d0ra06502a

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      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Effect of Molecular Crowding on DNA Polymerase Reactions along Unnatural DNA Templates2020

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, P. Herdwijn, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 25 号: 18 ページ: 4120-4120

    • DOI

      10.3390/molecules25184120

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      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Effects of Modifying Thioflavin T at the N3-Position on Its G4 Binding and Fluorescence Emission2020

    • 著者名/発表者名
      Y. Kataoka, H. Fujita, T. Endoh, N. Sugimoto, and M. Kuwahara
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 25 号: 21 ページ: 4936-4936

    • DOI

      10.3390/molecules25214936

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Stability prediction of canonical and non-canonical structures of nucleic acids in various molecular environments and cells2020

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Chem. Soc. Rev.

      巻: 49 号: 23 ページ: 8439-8468

    • DOI

      10.1039/d0cs00594k

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Preferential targeting cancer-related i-motif DNAs by the plant flavonol fisetin for theranostics applications2020

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shuntaro、Bhattacharjee Snehasish、Ghosh Saptarshi、Sugimoto Naoki、Bhowmik Sudipta
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 2504-2504

    • DOI

      10.1038/s41598-020-59343-2

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Effect of Potassium Concentration on Triplex Stability under Molecular Crowding Conditions2020

    • 著者名/発表者名
      Teng Ye、Tateishi-Karimata Hisae、Ohyama Tatsuya、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 25 号: 2 ページ: 387-387

    • DOI

      10.3390/molecules25020387

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] New Modified Deoxythymine with Dibranched Tetraethylene Glycol Stabilizes G-quadruplex Structures2020

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, T. Muraoka, S. Tanaka, K. Kinbara, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 25 号: 3 ページ: 705-705

    • DOI

      10.3390/molecules25030705

    • NAID

      120006811187

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Hydroxyl groups in cosolutes regulate the G-quadruplex topology of telomeric DNA2020

    • 著者名/発表者名
      Tateishi-Karimata Hisae、Banerjee Dipanwita、Ohyama Tatsuya、Matsumoto Saki、Miyoshi Daisuke、Nakano Shu-ich、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 525 号: 1 ページ: 177-183

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.02.045

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Validation of the nearest-neighbor model for Watson?Crick self-complementary DNA duplexes in molecular crowding condition2019

    • 著者名/発表者名
      Ghosh Saptarshi、Takahashi Shuntaro、Endoh Tamaki、Tateishi-Karimata Hisae、Hazra Soumitra、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 47 号: 7 ページ: 0-0

    • DOI

      10.1093/nar/gkz071

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] RNA-Capturing Microsphere Particles (R-CAMPs) for Optimization of Functional Aptamers2019

    • 著者名/発表者名
      Endoh Tamaki、Ohyama Tatsuya、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Small

      巻: 15 号: 26 ページ: 1805062-1805062

    • DOI

      10.1002/smll.201805062

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Conformational Dynamics of the RNA G-Quadruplex and its Effect on Translation Efficiency2019

    • 著者名/発表者名
      Endoh Tamaki、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 24 号: 8 ページ: 1613-1613

    • DOI

      10.3390/molecules24081613

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Stabilization of DNA loop structures by large cations2019

    • 著者名/発表者名
      S. Nakano, T. Ayusawa, Y. Tanino, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 123 号: 36 ページ: 7687-7694

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b06074

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In situ condensation of an anti-cancer drug into fibrin gel enabling effective inhibition of tumor cell growth2019

    • 著者名/発表者名
      Kuwahara Masayasu、Fujita Hiroto、Kataoka Yuka、Nakajima Yasuyo、Yamada Masanobu、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 55 号: 78 ページ: 11679-11682

    • DOI

      10.1039/c9cc06418d

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantitative Analysis of Stall of Replicating DNA Polymerase by G-Quadruplex Formation2019

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Shuntaro、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2035 ページ: 257-274

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-9666-7_15

    • ISBN
      9781493996650, 9781493996667
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 脱ワトソン・クリックの核酸化学 (77):高圧環境がDNA非二重らせん構造に与える影響2022

    • 著者名/発表者名
      大山 達也, 高橋 俊太郎, 建石 寿枝, 田中 成典, 杉本 直己
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (80) : Validation of the nearest-neighbor model for Watson-Crick RNA duplexes under molecular crowding condition2022

    • 著者名/発表者名
      S. Ghosh, S. Takahashi, T. Ohyama, T. Endoh, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (79) : Application of the nearest-neighbor model for the stability prediction of intramolecular i-motif DNAs2022

    • 著者名/発表者名
      P. Chilka, S. Takahashi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (76) : Structure-based Derivatization of Berberine to Improve the Potency for Targeting RNA Structures2022

    • 著者名/発表者名
      S. Satpathi, T. Endoh, Y. Chen, S. Matsumoto, T. Ohyama, P. Podbevsek, J. Plavec, K. Onizuka, F. Nagatsugi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (73):Effect of G-quadruplex stability change on transcriptional repression in cancer cells2022

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, K. Kawauchi, T. Ohyama, H. Masaki, A. Natsume, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (74): Effect of DNA modifications on the transition between canonical and non-canonical DNA structures in CpG island2022

    • 著者名/発表者名
      S. Matsumoto, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (78) : Analysis of structural dynamics of c-Myc G-quadruplex DNA using high pressure2022

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, T. Ohyama, S.-B. Chen, J.-H. Tan, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (75): Development of RNA-ligand pairs for multicolor RNA imaging in cells2022

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, J.-H. Tan, S.-B. Chen, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Mg2+イオンによるグアニン四重鎖DNAの構造ダイナミクス制御2021

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, 杉本直己
    • 学会等名
      第70回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] トポロジー依存的なリガンド結合でグアニン四重鎖のDNA複製を制御する2021

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, 建石寿枝, 佐藤しのぶ, 竹中繁織, J. Plavec, 杉本直己
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 神経変性疾患に係るリピートRNAとペプチドの相互作用解析2021

    • 著者名/発表者名
      建石寿枝, 大山達也, 田中成典, 杉本直己
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 非天然塩基含有PNAによる三重らせん構造を介したmiRNAの成熟阻害2021

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹, N. Brodyagin, D. Hnedzko, E. Rozners, 杉本直己
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 高圧力を用いたRNAグアニン四重らせん構造の水和特性の解析2021

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, 松本咲, 杉本直己
    • 学会等名
      第62回高圧討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内での核酸の挙動を明らかにする熱力学解析2021

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎
    • 学会等名
      第57回熱測定討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Roles of G-quadruplexes in cancer cells on multi-dimensional response genome2021

    • 著者名/発表者名
      H.Tateishi-Karimata
    • 学会等名
      G4 webinar series Round VI
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Hydration parameters in nearest-neighbor model enables stability prediction for compositionally biased DNA duplexes in molecular crowding conditions2021

    • 著者名/発表者名
      S. Ghosh, S. Takahashi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第48回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Application of nearest-neighbor model to the stability prediction of i-motif DNAs2021

    • 著者名/発表者名
      P. Chilka, S. Takahashi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第48回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Changes in the atomic-level behavior of G-quadruplex under high pressure conditions2021

    • 著者名/発表者名
      T. Ohyama, H. Tateishi-Karimata, S. Takahashi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第48回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] G-quadruplex formation in cancer cells with different expression level of ion channels2021

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第48回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Triplex-forming peptide nucleic acid inhibits maturation of endogenous miRNA2021

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, N. Brodyagin, D. Hnedzko, E. Rozners, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第48回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Chemical modulation of DNA replication by topology- dependent ligand binding on guanine quadruplexes2021

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, A. Kotar, H. Tateishi-Karimata, S. Bhowmik, Zi-Fu Wang, Ta-Chau Chang, S. Sato, S. Takenaka, J. Plavec, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第48回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Structure-based derivatization of berberine to improve the potency for targeting RNA structures2021

    • 著者名/発表者名
      S. Satpathi, T. Endoh, Y. Chen, S. Matsumoto, T. Ohyama, P. Podbevsek, J. Plavec, K. Onizuka, F. Nagatsugi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第21回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Effect of DNA modifications on the changes of DNA structure in CpG islands2021

    • 著者名/発表者名
      S. Matsumoto, H. Tateishi-Karimata, O. Tatsuya, N. Sugimoto
    • 学会等名
      ICCAES 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Roles of non-canonical DNA structures in cancer cells on mechanism of dimensional response genome2021

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      ICCAES 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Regulation transcription by DNA structures responsive chemical stimulus in cells2021

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, K. Kawauchi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      Pacifichem2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 脱ワトソン・クリックの核酸化学(65): ベルベリンによるRNAバルジ構造の認識および安定化の微視的解析2021

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹, SATPATHI Sagar, 大山達也, PODBEVSEK Peter, PLAVEC Janez, 杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第101回春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 脱ワトソン・クリックの核酸化学(66): 非天然DNAの複製反応に及ぼす分子クラウディングの影響2021

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, HERDWIJN Piet, 杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第101回春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 脱ワトソン・クリックの核酸化学(67): DNA四重らせん構造と転写変異に及ぼすがんの悪性進行に伴う細胞内環境変化の影響2021

    • 著者名/発表者名
      建石寿枝, 川内敬子, 大山達也, 杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第101回春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 脱ワトソン・クリックの核酸化学(68): 老化における細胞内環境変化によるCpGアイランドのグアニン四重らせん構造のトポロジー制御2021

    • 著者名/発表者名
      松本咲, 大山達也, 杉本 直己
    • 学会等名
      日本化学会第101回春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ワトソン・クリックの核酸化学(69): 神経変性疾患に関連するRNA四重鎖ジペプチドリピートの分子シミュレーションによる相互作用の解析2021

    • 著者名/発表者名
      大山達也, 建石寿枝, 田中成典, 杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第101回春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond Watson-Crick Double Helix (70): Prediction of DNA duplex stability having biased base composition under molecular crowding conditions2021

    • 著者名/発表者名
      Saptarshi Ghosh, Shuntaro Takahashi, Naoki Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第101回春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acid Chemistry beyond Watson-Crick Double Helix (71): I-motif stability prediction under molecular crowding conditions2021

    • 著者名/発表者名
      Pallavi Chilka, Shuntaro Takahashi, Naoki Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第101回春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (72): Prediction of RNA/DNA hybrid stability under a physiological condition and verification of advantage in CRISPR-Cas92021

    • 著者名/発表者名
      Dipanwita Banerjee, Hisae Tateishi-Karimata, Tatsuya Ohyama, Marko Trajkovski, Maria Toplishek, Janez Plavec, Naoki Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第101回春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] フラボノイドによるi-motif DNAの配列選択的な構造変化2020

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, BHOWMIK Sudipta, 杉本直己
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 神経変性疾患に関わるリピートRNAによる相分離機構の解析2020

    • 著者名/発表者名
      建石寿枝, TENG Ye, 大山達也, 田中成典, 杉本直己
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] バルジを含むRNA二重鎖と天然アルカロイドとの相互作用解析2020

    • 著者名/発表者名
      遠藤 玉樹, SATPATHI Sagar, PODBEVSEK Peter, PLAVEC Janes, 杉本 直己
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 異なるGカルテット数とループ長を有するRNAグアニン四重らせんの安定性への分子クラウディングの効果2020

    • 著者名/発表者名
      松本咲, 建石寿枝, 高橋俊太郎, 大山達也, 杉本直己
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Stability prediction of DNA duplexes available under diverse molecular crowding conditions2020

    • 著者名/発表者名
      GHOSH Saptarshi, 高橋俊太郎, 大山達也, 遠藤玉樹, 建石寿枝, 杉本直己
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Development of the prediction method for stability of RNA/DNA hybrids under a physiological condition2020

    • 著者名/発表者名
      BANERJEE Dipanwita, 建石寿枝, 大山達也, GHOSH Saptarshi, 遠藤玉樹, 高橋俊太郎, 杉本直己
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Empirical rule of i-motif stability regulated by different molecular crowding conditions2020

    • 著者名/発表者名
      PALLAVI Chilka, 高橋俊太郎,杉本直己
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 局所的な細胞内環境における核酸構造の安定性を探る2020

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, GHOSH Saptarshi, 杉本直己
    • 学会等名
      第69回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] cMyc遺伝子のグアニン四重らせんに対する圧力効果とその生物学的意義2020

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, 杉本直己
    • 学会等名
      第61回高圧討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (57): Parameters for prediction of DNA duplex stabilities under the crowding conditions2020

    • 著者名/発表者名
      GHOSH, Saptarshi, S.Takahashi, T. Ohyama, T. Endo, H. Tateishi-Karimata, N.Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第100回春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (58): The effect of molecular crowding on the stability of RNA G-quadruplexes with various number of quartets and loops2020

    • 著者名/発表者名
      S. Matsumoto, H. Tateishi-Karimata, S. Takahashi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第100回春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (59): Prediction method for the stability of RNA/DNA hybrid duplex under a physiological condition2020

    • 著者名/発表者名
      D. Banerjee, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, M. Tranjkovski, M. Toplishek, S. Takahashi, T. Endoh, J. Plavec, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第100回春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (60): Interaction analyses between natural alkaloids and RNAs with different structure motifs2020

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, S. Satpathi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第100回春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (61): Effect of neighboring base pairs of cytosine bulge on berberine Induced RNA stabilization2020

    • 著者名/発表者名
      S. Satpathi, T. Endoh, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第100回春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (62): Transformation of selective i-motif DNAs induced by flavonoid2020

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, S. Bhowmic, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第100回春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 脱ワトソン・クリックの核酸化学 (63):分子シュミレーションによるGGGGCCリピートのRNA四重鎖とジペプチドリピートの集積メカニズムの解析2020

    • 著者名/発表者名
      大山達也, 建石寿枝, 田中成典, 杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第100回春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (64): Effects of malignant alteration in cancer cells on the DNA structures and transcript mutations2020

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, K. Kawauchi, T. Ohyama, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第100回春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Chemistry of non-double helix nucleic acids in molecular crowding2020

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第100回春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Functions of Non-canonical Nucleic Acids (2)2019

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      International Workshop“Trends in Nucleic Acid (TINA) 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] DNA四重らせん構造はがんの悪性化を制御しているのか2019

    • 著者名/発表者名
      建石寿枝, 杉本直己
    • 学会等名
      第22回生命化学研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The Watson-Crick World Is Not Enough2019

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      Gordon Research Conference (Nucleosides, Nucleotides and Oligonucleotides)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] To B or Not to B : The Watson-Crick world is not enough2019

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      The Commemorative International Symposium of Nucleic Acid Chemistry (CISNAC2019)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry under the Molecular Crowding World2019

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      第29回バイオ・高分子シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 神経変性疾患に関わるRNAリピート配列とペプチドの相互作用解析2019

    • 著者名/発表者名
      建石 寿枝, Ye Teng, 大山 達也,田中 成典, 杉本 直己
    • 学会等名
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 生理活性分子に結合する天然RNAの網羅的スクリーニング2019

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、杉本直己
    • 学会等名
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Adventures of Guanine-quadruplex in Molecular Crowding World2019

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 7th International Meeting on Quadruplex Nucleic Acids
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Role for G-quadruplexes of Nucleic Acids During Tumor Progression2019

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata and N. Sugimoto
    • 学会等名
      10th RSC-CSJ Joint Symposium
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 神経変性疾患に関わるRNA・ペプチドの細胞内での相互作用解析2019

    • 著者名/発表者名
      建石寿枝, 杉本直己
    • 学会等名
      大阪大学蛋白研セミナー/第3回LLPS研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Adventures of Nucleic Acids in the Molecular Crowding World2019

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      Solvation Science Meets High Pressure Bioscience RESOLV ? 10th IMBP ? DFG FOR 1979
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] “To B or not to B” in Nucleic Acids Chemistry (3)2019

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids "ANNA2019"
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Effect of RNA structures on RNA and RNA/peptide accumulation in repeat-expansion disorders2019

    • 著者名/発表者名
      H. Tateihsi-Karimata and N. Sugimoto
    • 学会等名
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids "ANNA2019"
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Conformational Dynamics of the RNA G-Quadruplex and its Effect on Gene Expressions2019

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • 学会等名
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids "ANNA2019"
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] DNA グアニン四重鎖に結合する蛍光性リガンドの高圧力による発光増強効果2019

    • 著者名/発表者名
      高橋俊太郎, Bhowmik Sudipta, 杉本直己
    • 学会等名
      第60回高圧討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Prediction method for DNA duplex stability in molecular crowding conditions2019

    • 著者名/発表者名
      S. Ghosh, S. Takahashi, T. Ohyama, T. Endoh, H. Kateishi-Karimata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第46回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Topology-based DNA quadruplex sensors for characterization of intracellular crowding environments2019

    • 著者名/発表者名
      S. Takahashi, J. Yamamoto, A. Kitamura, M. Kinjo, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第46回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Screening of transcriptomic RNAs that interact with thioflavin T derivative2019

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, M. Kuwahara, Y. Kataoka, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第46回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effect of RNA topology on phase separation of peptides and proteins in neurodegenerative diseases2019

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, Y. Teng, T. Ohyama, S. Tanaka, E. Chatani, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第46回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of new prediction parameters for RNA/DNA hybrid duplex stability under a physiological buffer condition2019

    • 著者名/発表者名
      D. Banerjee, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, T. Endoh, S. Takahashi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第46回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Adventure on the World of Noncanonical Nucleic Acids2019

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      The Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] 核酸化学ハンドブック2020

    • 著者名/発表者名
      杉本直己
    • 総ページ数
      565
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      9784065207864
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所ホームページ

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/indexb/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所ホームページ

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/index.php

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/index.php

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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