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非対称細胞分裂の統合的解明及び大域的数理モデリング手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19H01805
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分12040:応用数学および統計数学関連
研究機関京都大学 (2020-2023)
広島大学 (2019)

研究代表者

李 聖林  京都大学, 高等研究院, 教授 (50620069)

研究分担者 木村 暁  国立遺伝学研究所, 遺伝メカニズム研究系, 教授 (10365447)
栄 伸一郎  北海道大学, 理学研究院, 特任教授 (30201362)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
16,770千円 (直接経費: 12,900千円、間接経費: 3,870千円)
2023年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2022年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2021年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2020年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードパターン形成 / 数理医学 / 初期発生 / 細胞配列 / Phase-fieldモデル / 細胞極性 / 非対称分裂 / フェーズフィルドモデリング / 反応拡散系 / 極性形成 / 非対称細胞分裂 / 細胞の配列 / 反応拡散方程式 / 数理モデリング
研究開始時の研究の概要

非対称細胞分裂は初期発生において細胞の多様化を生み出すもっとも重要な仕組みの一つである。注目すべきは細胞分裂の前に母細胞が自ら持つタンパク質を左右非対称に分布させる極性形成が、非対称細胞分裂全体のプロセスを左右する中枢的な役割を果たすことである。本研究では細胞という空間要素を考えずに分子の動態のみに注目してきた従来の局所的なアプローチから完全に離れ、細胞の高次元の形と細胞分裂の動的ダイナミクスおよび細胞間の相互作用(位置関係)を考慮した上で分子の動態を時空間的に考察できる大域的数理モデリングの開発に挑戦し、新しい極性形成の数理理論の創出および細胞の多様化の仕組みを統合的に解明することを目指す。

研究成果の概要

本研究は、非対称細胞分裂および初期発生における極性形成の統合的数理モデルを構築し、細胞分化の数学的構造の解明と生物実験による検証を通じて、細胞多様化の普遍的な制御機構を提唱することを目的とする。構築したモデルは細胞内外の生体分子相互作用に基づき、広範な生命現象に応用可能である。主な成果として、細胞膜および細胞質内における極性形成の数学的構造を数理モデルにより解明し、4細胞期における細胞配列の決定機構を示した。また、Cell morphology modelを開発し、実験データを反映した3次元モデルを構築した。これらの手法は普遍性を持ち、他の動物モデルにも適用可能である。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、非対称細胞分裂における極性形成機構を統合的に把握するための大域的モデリング手法を構築し、その数理的解析を通じて、従来の局所的モデリングでは説明できない現象を解明することを目指す。これにより、細胞分化および多様化に関する新たな理論と実証的知見が期待される。
また、研究の成果は、基礎生物学のみならず、再生医療およびがん研究にも大きな影響を与える可能性がある。幹細胞の分化メカニズムの解明は再生医療の発展に寄与し、がん細胞の異常分裂の理解は新規治療法の開発に繋がる。また、数理モデルを用いた生命現象の解析は教育分野でも重要な役割を果たし、次世代の科学者育成に貢献できる。

報告書

(6件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (55件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (17件) (うち国際共著 5件、 査読あり 17件、 オープンアクセス 13件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 16件、 招待講演 19件) 図書 (1件) 備考 (2件) 学会・シンポジウム開催 (4件)

  • [国際共同研究] University of Oxford(英国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Ohio State University(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Oxford(英国)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] Ohito State University(米国)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Oxford(英国)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] Ohio State University(米国)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Turing Pattern Formation in Reaction-Cross-Diffusion Systems with a Bilayer Geometry2024

    • 著者名/発表者名
      Antoine Diez; Andrew Krause; Philip Maini; Eamonn Gaffney; Sungrim Seirin-Lee
    • 雑誌名

      Bulletin of Mathematical Biology

      巻: 86 号: 2

    • DOI

      10.1007/s11538-023-01237-1

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Enucleation of the C. elegans embryo revealed dynein-dependent spacing between microtubule asters2023

    • 著者名/発表者名
      Fujii Ken、Kondo Tomo、Kimura Akatsuki
    • 雑誌名

      Life Science Alliance

      巻: 7 号: 1 ページ: e202302427-e202302427

    • DOI

      10.26508/lsa.202302427

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Bifurcation of co-existing traveling wave solutions in a three-component competition--diffusion system2023

    • 著者名/発表者名
      Shin-Ichiro Ei, Hideo Ikeda, Toshiyuki Ogawa
    • 雑誌名

      Physica D

      巻: 448 ページ: 133703-133703

    • DOI

      10.1016/j.physd.2023.133703

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The dynamics of pulse solutions for reaction diffusion systems on a star shaped metric graph with the Kirchhoff's boundary condition2023

    • 著者名/発表者名
      Shin-Ichiro Ei; Ken Mitsuzono;Haruki Shimatani
    • 雑誌名

      DCDS-B

      巻: 28 号: 12 ページ: 12-12

    • DOI

      10.3934/dcdsb.2022209

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The extra-embryonic space and the local contour are crucial geometric constraints regulating cell arrangement2022

    • 著者名/発表者名
      Seirin-Lee Sungrim、Yamamoto Kazunori、Kimura Akatsuki
    • 雑誌名

      Development

      巻: 149 号: 9

    • DOI

      10.1242/dev.200401

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Oscillations and bifurcation structure of reaction?diffusion model for cell polarity formation2022

    • 著者名/発表者名
      Kuwamura Masataka、Izuhara Hirofumi、Ei Shin-ichiro
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Biology

      巻: 84 号: 4 ページ: 1-26

    • DOI

      10.1007/s00285-022-01723-5

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Long time behavior and stable patterns in high-dimensional polarity models of asymmetric cell division2021

    • 著者名/発表者名
      Y. Morita, S. Seirin-Lee
    • 雑誌名

      J. Math. Biol.

      巻: 82,66 号: 7 ページ: 66-66

    • DOI

      10.1007/s00285-021-01619-w

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Effective nonlocal kernels on reaction-diffusion networks2021

    • 著者名/発表者名
      Ei Shin-Ichiro、Ishii Hiroshi、Kondo Shigeru、Miura Takashi、Tanaka Yoshitaro
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 509 ページ: 110496-110496

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2020.110496

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] CDC-42 Interactions with Par Proteins Are Critical for Proper Patterning in Polarization2020

    • 著者名/発表者名
      Seirin-Lee Sungrim、Gaffney Eamonn A.、Dawes Adriana T.
    • 雑誌名

      Cells

      巻: 9 号: 9 ページ: 2036-2036

    • DOI

      10.3390/cells9092036

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A continuation method for spatially discretized models with nonlocal interactions conserving size and shape of cells and lattices2020

    • 著者名/発表者名
      Ei Shin-Ichiro、Ishii Hiroshi、Sato Makoto、Tanaka Yoshitaro、Wang Miaoxing、Yasugi Tetsuo
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Biology

      巻: 81 号: 4-5 ページ: 981-1028

    • DOI

      10.1007/s00285-020-01534-6

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transitions to slow or fast diffusions provide a general property for in-phase or anti-phase polarity in a cell.2020

    • 著者名/発表者名
      Seirin-Lee S, Sukekawa T, Nakahara T, Ishii H, Ei SI
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical biology

      巻: 1 号: 6 ページ: 1-27

    • DOI

      10.1007/s00285-020-01484-z

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Existence of traveling wave solutions to a nonlocal scalar equation with sign-changing kernel2020

    • 著者名/発表者名
      Ei Shin-Ichiro、Guo Jong-Shenq、Ishii Hiroshi、Wu Chin-Chin
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Analysis and Applications

      巻: 487 号: 2 ページ: 124007-124007

    • DOI

      10.1016/j.jmaa.2020.124007

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Center Manifold Theory for the Motions of Camphor Boats with Delta Function2020

    • 著者名/発表者名
      Ikeda Kota、Ei Shin-Ichiro
    • 雑誌名

      Journal of Dynamics and Differential Equations

      巻: 33 号: 2 ページ: 621-657

    • DOI

      10.1007/s10884-020-09824-9

    • NAID

      120006954278

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spike solutions for a mass conservation reaction-diffusion system2020

    • 著者名/発表者名
      Ei Shin-Ichiro、,Department of Mathematics, Faculty of Science, Hokkaido University, Sapporo 060-0810, Japan、Tzeng Shyuh-Yaur、,Department of Mathematics, National Changhua University of Education, Changhua, Taiwan
    • 雑誌名

      Discrete & Continuous Dynamical Systems - A

      巻: 40 号: 6 ページ: 3357-3374

    • DOI

      10.3934/dcds.2020049

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Asymmetric cell division from a cell to cells: Shape, length, and location of polarity domain2020

    • 著者名/発表者名
      Seirin‐Lee Sungrim
    • 雑誌名

      Development, Growth & Differentiation

      巻: 62 号: 3 ページ: 188-195

    • DOI

      10.1111/dgd.12652

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Generation of Dynein Networks by Multi-Layered Regulation and Their Implication in Cell Division2020

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Torisawa and Akatsuki Kimura
    • 雑誌名

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      巻: 8 ページ: 1-13

    • DOI

      10.3389/fcell.2020.00022

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Role of dynamic nuclear deformation on genomic architecture reorganization2019

    • 著者名/発表者名
      Seirin-Lee Sungrim、Osakada Fumitaka、Takeda Junichi、Tashiro Satoshi、Kobayashi Ryo、Yamamoto Takashi、Ochiai Hiroshi
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 15 号: 9 ページ: 1-25

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1007289

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Mind the gap: The extra-embryonic space is crucial geometric constraint regulating cell arrangement2024

    • 著者名/発表者名
      Sungrim Seirin-Lee
    • 学会等名
      Winter Q-bio 2024
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Cell Fate and Geometry2024

    • 著者名/発表者名
      Sungrim Seirin-Lee
    • 学会等名
      MATRIX-RIMS Tandem Workshop: Evolutionary Partial Differential Equations and Applications
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Mind the gap: Space inside eggs steers first few steps of life2023

    • 著者名/発表者名
      Sungrim Seirin-Lee
    • 学会等名
      RIKEN NDR Symposium 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Mind the gap: Space inside eggs steers first few steps of life2023

    • 著者名/発表者名
      Sungrim Seirin-Lee
    • 学会等名
      Society for Mathematical Biology Annual Meeting - 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Mind the gap:The extra-embryonic space is crucial geometric constraints regulating cell arrangement.2023

    • 著者名/発表者名
      Sungrim Seirin-Lee; Kazunori Yamamoto; Akatsuki Kimura
    • 学会等名
      ICIAM 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Patterning conditions in bilayer reaction-cross-diffusion systems2023

    • 著者名/発表者名
      Antoine Diez; Andrew L. Krause; Philip K. Maini; Eamonn A. Gaffney; Sungrim Seirin-Lee
    • 学会等名
      ICIAM 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 形と皮膚疾患をつなぐ数理皮膚医学2023

    • 著者名/発表者名
      Sungrim Seirin-Lee
    • 学会等名
      第4回『医学と数理』研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Identifying the reaction network for polarity establishment in C. elegans dorsal/ventral axis establishment2023

    • 著者名/発表者名
      Ryunosuke Saito; Masatoshi Nishikawa, Sungrim Seirin-Lee
    • 学会等名
      The 61st Annual Meeting of BSJ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Mind the gap: Space inside eggs steers first few steps of life2023

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      BDR symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Mathematical approach based on geometry of chromatin and cell dynamics2022

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      染色体学会第73回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] From Geometry To Patterns2022

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      Vienna-Kyoto Biomath workshop
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A geometric constraint regulating cell arrangement pattern2021

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      RIMS International conference Modeling and Mathematical Analysis of Dynamics of Patterns
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 見えて見えないデータから紐解いた細胞配列の決定機構2021

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      Minisymposium「形から紐解く生命科学のデータと数理: Geometry-based “Data and Mathematical sciences” for Life」, JSMB annual meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Geometry (形); Inconspicuous regulator that determines the fate of cells2020

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      iTHEMS Colloquium
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Phase separation model for chromatin reorganization of eukaryotic cell nuclei2020

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      JSPS core-to-core program conference for Establishing International Research Network of Mathematical Oncology, Fusion of Mathematics and Biology
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 現象-数理-数学を繋ぐ反応拡散方程式2020

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      応用数学分科会・特別講演, 日本数学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Effective nonlocal kernels on Reaction-diffusion networks2020

    • 著者名/発表者名
      Shin-Ichiro Ei
    • 学会等名
      JSPS Core-to-Core Program “Establishing International Research Network of Mathematical Oncology”
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 形と生命における数学のさきがけ2020

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      数学パワーが世界を変える2020
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 反応拡散方程式、生命のパターン形成におけるその無限の才能2020

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      日本数学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Pattern Formation from Cell to Dermatolog2019

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      A3 workshop for Mathematical Life Sciences
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A general property for in-phase and anti-phase cell polarities in asymmetric cell division2019

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      ICIAM2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Architectonics of the cell, as a crossroad of physics and genetics2019

    • 著者名/発表者名
      Kimura A
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞の構造計算と力学測定:線虫 C. elegans 胚における細胞核配置2019

    • 著者名/発表者名
      木村暁
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会12.0
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 「力」に着目して分子の集団が細胞内の核配置を制御する仕組みを紐解く2019

    • 著者名/発表者名
      木村暁
    • 学会等名
      第92回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Physical forces behind the spatial organizations of the cell2019

    • 著者名/発表者名
      木村暁
    • 学会等名
      線虫研究の未来を創る会2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] 細胞建築学入門2019

    • 著者名/発表者名
      木村暁
    • 総ページ数
      127
    • 出版者
      工学社
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] システム制御数理生物学研究室

    • URL

      https://sites.google.com/site/seirin711lee/home

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] 国立遺伝学研究所細胞建築研究室

    • URL

      http://cellarchlab.galaxy.bindcloud.jp/home_jp.html

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会・シンポジウム開催] OKO International Symposium2023

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会・シンポジウム開催] International Workshop : Development across scales2023

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2025-01-30  

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