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巨大な内部空間を持つ蛋白質会合体を用いた電子顕微鏡解析用包摂材料の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19H02519
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連
研究機関東北大学

研究代表者

田中 良和  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (20374225)

研究分担者 松井 崇  北里大学, 理学部, 講師 (30463582)
安部 聡  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (40508595)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2021年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2019年度: 7,930千円 (直接経費: 6,100千円、間接経費: 1,830千円)
キーワードヘモシアニン / 電子顕微鏡 / 構造解析 / クライオ電子顕微鏡 / タンパク質包摂
研究開始時の研究の概要

近年,注目を集めているクライオ電子顕微鏡(クライオ電顕)による蛋白質の立体構造解析では,顕微鏡写真からピックアップした数万個以上の蛋白質の投影像から3次元構造を再構築する.そのため,形に特徴のない小さな蛋白質はノイズに埋もれてピックアップが難しく,解析の難度が高くなる.本研究では分子量4 MDaの巨大蛋白質会合体 ヘモシアニンの内部空隙に目的蛋白質を結合させ,これを丸ごと構造解析する手法を開発することにより,ピックアップの難しい小さな蛋白質でも構造決定できる技術を実現することを目指す.

研究成果の概要

種々のリンカーを介してゲストタンパク質をヘモシアニン内部に結合させることができた。また、リンカーの違いにより、ゲストの結合がホストの10量体構造の維持に及ぼす影響が異なることがわかった。これは、ゲストがホスト内部に結合する強さに起因することが示唆された。電子顕微鏡観察からも、条件を整備することで、内部にゲストを包摂したまま安定な10量体構造を維持できることがわかった。金ナノ粒子を用いた評価からは、ゲストの包摂率を向上させることの重要性が示唆された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

著しい発展を遂げているクライオ電顕単粒子解析であるが、100 kDa以下の小さな蛋白質や形状に際立った特徴のない蛋白質の解析は依然として難しく、あらゆる蛋白質の構造を容易に決定できる手法の開発を望む声は大きい。ヘモシアニンをゲストに用い、その開発を目指した本研究で得られた知見、すなわち、ホストの会合構造がゲストを結合させるリンカーの種類により異なることや、ゲストの包摂率を向上させることの重要性が、今後の技術開発に寄与することが期待される。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (34件)

すべて 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 2件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (24件) (うち国際学会 3件、 招待講演 9件)

  • [雑誌論文] Chimeric mutants of staphylococcal hemolysin, which act as both one‐component and two‐component hemolysin, created by grafting the stem domain2022

    • 著者名/発表者名
      Ghanem Nouran、Kanagami Natsuki、Matsui Takashi、Takeda Kein、Kaneko Jun、Shiraishi Yasuyuki、Choe Christian A.、Uchikubo‐Kamo Tomomi、Shirouzu Mikako、Hashimoto Tsubasa、Ogawa Tomohisa、Matsuura Tomoaki、Huang Po‐Ssu、Yokoyama Takeshi、Tanaka Yoshikazu
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: 11 号: 12 ページ: 11-20

    • DOI

      10.1111/febs.16354

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural insights reveal the second base catalyst of isomaltose glucohydrolase2021

    • 著者名/発表者名
      Tagami Takayoshi、Chen Minghao、Furunaga Yuta、Kikuchi Asako、Sadahiro Juri、Lang Weeranuch、Okuyama Masayuki、Tanaka Yoshikazu、Iwasaki Tomohito、Yao Min、Kimura Atsuo
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: 289 号: 4 ページ: 1118-1134

    • DOI

      10.1111/febs.16237

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Biochemical properties of CumA multicopper oxidase from plant pathogen, <i>Pseudomonas syringae</i>2021

    • 著者名/発表者名
      Ishida Konan、Tsukamoto Yuya、Horitani Masaki、Ogawa Tomohisa、Tanaka Yoshikazu
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 85 号: 9 ページ: 1995-2002

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab123

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] LC?MS peak assignment based on unanimous selection by six machine learning algorithms2021

    • 著者名/発表者名
      Ito Hiroaki、Matsui Takashi、Konno Ryo、Itakura Makoto、Kodera Yoshio
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1038/s41598-021-02899-4

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Anti-EGFR antibody 528 binds to domain III of EGFR at a site shifted from the cetuximab epitope2021

    • 著者名/発表者名
      Makabe Koki、Yokoyama Takeshi、Uehara Shiro、Uchikubo-Kamo Tomomi、Shirouzu Mikako、Kimura Kouki、Tsumoto Kouhei、Asano Ryutaro、Tanaka Yoshikazu、Kumagai Izumi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 5790-5790

    • DOI

      10.1038/s41598-021-84171-3

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Design of in‐cell protein crystal for environmentally responsive construction of a supramolecular filament2021

    • 著者名/発表者名
      Abe Satoshi、Pham Thuc Toan、Negishi Hashiru、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: - 号: 22 ページ: 12341-12345

    • DOI

      10.1002/anie.202102039

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Highly accurate and precise quantification strategy using stable isotope dimethyl labeling coupled with GeLC-MS/MS2021

    • 著者名/発表者名
      Ryo Konno, Takashi Matsui, Hiroaki Ito, Yusuke Kawashima, Makoto Itakura, Yoshio Kodera
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 550 ページ: 37-42

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.02.101

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A highly efficient method for extracting peptides from a single mouse hypothalamus2021

    • 著者名/発表者名
      Yuzuru Nakagawa, Takashi Matsui, Ryo Konno, Yusuke Kawashima, Toshiya Sato, Makoto Itakura, Yoshio Kodera
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 548 ページ: 155-160

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.02.041

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Protein encapsulation in the hollow space of hemocyanin crystals containing a covalently conjugated ligand2019

    • 著者名/発表者名
      Tsubasa Hashimoto, Yuxin Ye, Mihoko Ui, Tohohisa Ogawa, Takashi Matsui, and Yoshikazu Tanaka
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 印刷中 号: 1 ページ: 31-36

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2019.04.062

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of the catalytic unit of GH87-type α-1,3-glucanase Agl-KA from Bacillus circulans2019

    • 著者名/発表者名
      S. Yano, W. Suyotha, N. Oruro, T. Matsui, S. Shiga, T. Itoh, T. Hibi, Y. Tanaka, M. Wakayama, K. Makabe
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 15259-15259

    • DOI

      10.1038/s41598-019-51822-5

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡単粒子解析法によるウサギ赤血球ライセートに内在する80Sリボソーム構造解析の検討2021

    • 著者名/発表者名
      千足啄馬、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡単粒子解析によるリボソームを標的としたアミノ配糖体抗菌薬の新規作用機序の解明2021

    • 著者名/発表者名
      伴野詢太、浅野航佑、鈴木仁人、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 薬剤耐性獲得機構の解明に向けた、クライオ電子顕微鏡単粒子解析による非結核性抗酸菌Mycobacterium abscessusリボソームへのマクロライド結合様式の解明2021

    • 著者名/発表者名
      橋本翼、高田希美、千足啄馬、深野華子、山本健太郎、鈴木仁人、星野仁彦、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Cryo-EM visualizes ribosomes in mammalian cell free translation system2021

    • 著者名/発表者名
      Takuma Chiashi, Takeshi Yokoyama, Yoshikazu Tanaka
    • 学会等名
      日本・ウクライナ・タイ二国間交流事業合同シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Elucidation of the binding mode of a macrolide antibiotic to NTM ribosome for understanding drug resistance mechanism by using cryo-EM2021

    • 著者名/発表者名
      Tsubasa Hashimoto, Nozomi Takada, Takuma Chiashi, Hanako Fukano, Kentaro Yamamoto, Masato Suzuki, Yoshihiko Hoshino, Takeshi Yokoyama, Yoshikazu Tanaka
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Elucidation of new action mechanism of aminoglycoside antibiotics on ribosomes using single particle cryo-electron microscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Junta Tomono,Kosuke Asano,Masato Suzuki, Takeshi Yokoyama,Yoshikazu Tanaka
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 非結核性抗酸菌Mycobacterium abscessusリボソームにおけるマクロライド耐性機構の解明を目指したクライオ電子顕微鏡構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      橋本翼、高田希美、千足啄馬、深野華子、山本健太郎、鈴木仁人、星野仁彦、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      2021年度生物物理学会、北海道支部・東北支部合同例会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Design of In-cell Protein Crystals for Development of Bio-solid Materials2021

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Abe and Takafumi Ueno
    • 学会等名
      22nd American Conference on Crystal Growth and Epitaxy (ACCGE-22)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 迅速タンパク質結晶化とサブミクロン結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      安部 聡、田中潤子、上野隆史
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 無細胞タンパク質合成を利用した結晶化とサブミクロン結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      安部 聡、上野隆史
    • 学会等名
      第70回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内タンパク質結晶の分子設計による生体固体材料の開発2021

    • 著者名/発表者名
      安部 聡
    • 学会等名
      酵素工学研究会 第86回講演会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 微量組織を対象とした高感度ペプチドミクス2021

    • 著者名/発表者名
      小寺義男, 中川譲, 板倉誠, 紺野亮, 紺野亮, 大橋潤子, 佐藤俊哉, 川島祐介, 松井崇
    • 学会等名
      第46回日本医用マススペクトル学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] SI-GeLC-MS/MSを用いた蛋白質切断状態の高精度比較分析2021

    • 著者名/発表者名
      小寺義男, 紺野亮, 伊東大晃, 松井崇
    • 学会等名
      第69回質量分析総合討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 巨大タンパク質会合体ヘモシアニンの構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      田中良和
    • 学会等名
      農芸化学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 巨大タンパク質会合体ヘモシアニンの結晶中の空隙への生体分子の包摂2020

    • 著者名/発表者名
      田中良和
    • 学会等名
      化学工学会第51回秋季大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 蛋白質の立体構造解析 -X線結晶構造解析とクライオ電顕単粒子解析-2020

    • 著者名/発表者名
      田中良和
    • 学会等名
      酵素工学研究会第84回講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡単粒子解析による百日咳壊死毒の構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      次田篤史、松井崇、堀口安彦、横山武司、田中良和
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内タンパク質結晶化の最適化と迅速構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      安部 聡、小島摩利子、小暮遼河、上野隆史
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質の迅速結晶化とサブミクロン結晶の構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      安部 聡、小島摩利子、上野隆史
    • 学会等名
      第69回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内結晶工学によるタンパク質結晶の機能化2020

    • 著者名/発表者名
      安部 聡
    • 学会等名
      日本化学会東北支部講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 巨大タンパク質会合体ヘモシアニンの構造解析 ―結晶構造と電顕構造―2019

    • 著者名/発表者名
      田中良和
    • 学会等名
      2019年度 日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] X線結晶構造解析とクライオ電子顕微鏡の相関構造解析の有用性ーヘモシアニンを例としてー2019

    • 著者名/発表者名
      田中良和
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会 ランチョンセミナー
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structure analysis of squid hemocyanin using both X-ray crystallography and cryo-EM2019

    • 著者名/発表者名
      田中良和,松井崇,Stefan Raunser,Gatsogiannis Christos
    • 学会等名
      化学系学協会東北大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] tRNA thiolation mechanism involving [4Fe-4S] cluster2019

    • 著者名/発表者名
      Yoshikazu Tanaka
    • 学会等名
      International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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