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高度に溶媒応答を考慮した生体系の電子移動ダイナミクス理論の構築と展開

研究課題

研究課題/領域番号 19H02677
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分32010:基礎物理化学関連
研究機関名古屋大学 (2022)
九州大学 (2019-2021)

研究代表者

吉田 紀生  名古屋大学, 情報学研究科, 教授 (10390650)

研究分担者 山口 毅  名古屋大学, 工学研究科, 助教 (80345917)
中野 晴之  九州大学, 理学研究院, 教授 (90251363)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2022年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2021年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2020年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2019年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
キーワード積分方程式理論 / 電子移動 / エネルギー移動 / 溶媒和ダイナミックス / 分極応答理論 / 溶媒和ダイナミックス理論
研究開始時の研究の概要

生体系の電子移動過程においては、電子供与体および受容体をとりまく生体分子や溶媒分子といった環境のさまざまな性質が反応性に影響を与える。特に水分子の分布や配向の変化そして分極といった応答は電子移動の反応性を支配する重要な要因である。
本研究では、分子性液体の積分方程式理論を基盤として、電子状態理論および溶媒和ダイナミクス理論を組み合わせることで、高度に溶媒の応答を考慮した溶液内および生体内電子移動反応理論を構築する。この理論を用いて、生体内電子移動過程における電子状態変化と溶媒和ダイナミクスの相関を明らかにする。

研究成果の概要

生体系における電子移動反応は最も重要な生命素過程のひとつであり、呼吸代謝や光合成といった生体機能において中心的な役割を果たしている。このような過程において、水分子の分布や配向の変化そして電子分極といった応答は反応性を支配する重要な要因である。本研究ではこの溶媒としての水分子の応答に着目して新しい理論手法の開発およびその応用を行った。まず溶媒分極の記述を可能とするsolvent polarizable 3D-RISM理論を提案した。この理論を基に、非平衡自由エネルギー理論、動的溶媒和理論、そしてこれらを統合し量子化学手法と組み合わせたハイブリッド法を提案し、生体分子への応用を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

溶液中の電子移動反応は、重要な化学反応の一つであり、さまざま化学・物理・生物学的過程に関与している。特に生体系においては呼吸代謝や光合成といった機構において中心的な役割を果たしている。溶液中や生体内の電子移動過程においては、電子供与体および受容体をとりまく生体分子や溶媒分子といった環境の性質が反応性に影響を与える。特に水分子の分布や配向の変化そして電子分極といった“応答”は電子移動の反応性を支配する重要な要因である。本研究では液体の統計力学理論を基盤とし、電子移動反応における溶媒の応答を統合的に扱うことのできる理論を構築し、生体関連分子へ適用することでその有効性を示した。

報告書

(5件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (43件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (19件) (うち国際共著 3件、 査読あり 19件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (19件) (うち国際学会 14件、 招待講演 18件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] Kasetsart University(タイ)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] Chiang Mai University(タイ)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] Kasetsart University(タイ)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Phase equilibrium of three-component liquid systems composed of water, alcohol, and sodium chloride studied by the reference interaction-site model integral equation theory2023

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Tsuyoshi、Chong Song-Ho、Yoshida Norio
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 158 号: 8 ページ: 084502-084502

    • DOI

      10.1063/5.0142256

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical Analysis of the Role of Water in Ligand Binding to Cucurbit[n]uril of Different Sizes2023

    • 著者名/発表者名
      Chiangraeng Natthiti、Nakano Haruyuki、Nimmanpipug Piyarat、Yoshida Norio
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 16 ページ: 3651-3662

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c00343

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Application of the reference interaction site model self-consistent field method based on the Dirac-Hartree-Fock wave function to a chemical reaction2023

    • 著者名/発表者名
      Kanemaru K、Watanabe Y、Yoshida N、Nakano H
    • 雑誌名

      IOP Conference Series: Materials Science and Engineering

      巻: 1280 号: 1 ページ: 012002-012002

    • DOI

      10.1088/1757-899x/1280/1/012002

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solvent effects in four‐component relativistic electronic structure theory based on the reference interaction‐site model2022

    • 著者名/発表者名
      Kanemaru Kodai、Watanabe Yoshihiro、Yoshida Norio、Nakano Haruyuki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 44 号: 1 ページ: 5-14

    • DOI

      10.1002/jcc.27009

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Study of phase equilibria and thermodynamic properties of liquid mixtures using the integral equation theory: Application to water and alcohol mixtures2022

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Tsuyoshi、Chong Song-Ho、Yoshida Norio
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 157 号: 23 ページ: 234502-234502

    • DOI

      10.1063/5.0131475

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Implementation of solvent polarization in three-dimensional reference interaction-site model self-consistent field theory2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshida Norio、Yamaguchi Tsuyoshi、Nakano Haruyuki
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 797 ページ: 139579-139579

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2022.139579

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Decoupling between Solvent Viscosity and Diffusion of a Small Solute Induced by Self-Motion2021

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Tsuyoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 12 号: 32 ページ: 7696-7700

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.1c02219

    • NAID

      120007190687

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solvation dynamics in electronically polarizable solvents: Theoretical treatment using solvent-polarizable three-dimensional reference interaction-site model theory combined with time-dependent density functional theory2021

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Tsuyoshi、Yoshida Norio
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 154 号: 4 ページ: 044504-044504

    • DOI

      10.1063/5.0036289

    • NAID

      120007169516

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A computational method to simulate global conformational changes of proteins induced by cosolvent2021

    • 著者名/発表者名
      Tanimoto Shoichi、Tamura Koichi、Hayashi Shigehiko、Yoshida Norio、Nakano Haruyuki
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 42 号: 8 ページ: 552-563

    • DOI

      10.1002/jcc.26481

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulation study on the isomerization reaction in a solvent with slow structural relaxation2021

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Tsuyoshi
    • 雑誌名

      Chemical Physics

      巻: 542 ページ: 111056-111056

    • DOI

      10.1016/j.chemphys.2020.111056

    • NAID

      120007163644

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nonequilibrium free-energy profile of charge-transfer reaction in polarizable solvent studied using solvent-polarizable three-dimensional reference interaction-site model theory2020

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Tsuyoshi、Yoshida Norio
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 153 号: 3 ページ: 034502-034502

    • DOI

      10.1063/5.0013083

    • NAID

      120006948933

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a solvent-polarizable three-dimensional reference interaction-site model theory2020

    • 著者名/発表者名
      Yoshida Norio、Yamaguchi Tsuyoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 152 号: 11 ページ: 114108-114108

    • DOI

      10.1063/5.0004173

    • NAID

      120006869620

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Three-Dimensional Reference Interaction Site Model Self-Consistent Field Study on the Coordination Structure and Excitation Spectra of Cu(II)-Water Complexes in Aqueous Solution2019

    • 著者名/発表者名
      Yang Chen、Watanabe Yoshihiro、Yoshida Norio、Nakano Haruyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry A

      巻: 未定 号: 15 ページ: 3344-3354

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.9b01364

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Implementation of state-averaged MCSCF method to RISM- and 3D-RISM-SCF schemes2019

    • 著者名/発表者名
      Okamoto Daisuke、Watanabe Yoshihiro、Yoshida Norio、Nakano Haruyuki
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 730 ページ: 179-185

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2019.05.051

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] β-sheet elasticity of peptide self-assembly mimic, PSAM, with a graftedsequence characterized by comprehensive analyses ofisomorphous crystals2019

    • 著者名/発表者名
      Hideki Fujiwara, Kenta Hongo, Yuki Hori, Norio Yoshida, *Koki Makabe
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Liquids

      巻: 290 ページ: 111161-111161

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2019.111161

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Relation between Anharmonicity of Free-Energy Profile and Spectroscopy in Solvation Dynamics: Differences in Spectral Broadening and Peak Shift in Transient Hole-Burning Spectroscopy Studied by Equilibrium Molecular Dynamics Simulation2019

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Tsuyoshi、Yoshida Norio、Nishiyama Katsura
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 123 号: 32 ページ: 7036-7042

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b04711

    • NAID

      120006765143

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of Molecular Orientational Correlations on Solvation Free Energy Computed by Reference Interaction Site Model Theory2019

    • 著者名/発表者名
      Tanimoto Shoichi、Yoshida Norio、Yamaguchi Tsuyoshi、Ten-no Seiichiro L.、Nakano Haruyuki
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 59 号: 9 ページ: 3770-3781

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.9b00330

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of Water Addition on a Catalytic Fluorination of Dienamine2019

    • 著者名/発表者名
      Kuraoku Daiki、Yonamine Tsunaki、Koja Genta、Yoshida Norio、Arimitsu Satoru、Higashi Masahiro
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 24 号: 19 ページ: 3428-3428

    • DOI

      10.3390/molecules24193428

    • NAID

      120006800746

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Distinct ionic adsorption sites in defective Prussian blue: a 3D-RISM study2019

    • 著者名/発表者名
      Ruankaew Nirun、Yoshida Norio、Watanabe Yoshihiro、Nakayama Akira、Nakano Haruyuki、Phongphanphanee Saree
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 21 号: 40 ページ: 22569-22576

    • DOI

      10.1039/c9cp04355a

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Molecular Solvation Theory for Material Design2023

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      Asia Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Recent developments in molecular solvation theory2023

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      StudyCamp 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 3D-RISM理論を基盤としたマルチスケール手法の開発と展開2022

    • 著者名/発表者名
      吉田紀生
    • 学会等名
      電気化学界面シミュレーションコンソーシアム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of a hybrid method based on 3D-RISM theory for biomolecules2022

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      The 25th international annual symposium on computational science and engineering
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Theoretical study of protein structure and function based on the solvation theory of biomolecules2022

    • 著者名/発表者名
      吉田紀生
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of solvent-polarizable 3D-RISM theory2022

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida, Tsuyoshi Yamaguchi
    • 学会等名
      The World Association of Theoretical and Computational Chemists 2020
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生体分子の溶媒和統計力学理論によるタンパク質機能解析への展開2022

    • 著者名/発表者名
      吉田紀生
    • 学会等名
      物性研短期研究会2020「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験の密な協働」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of theory of solvation and fluctuation of biomolecule2022

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      Joint Meeting of the 20th KIAS Conference on "Protein Structure and Function" and The 7th Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches"
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Development of Dynamic Solvation Theory for Biomolecules2022

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Development of a hybrid method of three-dimensional reference interaction-site model theory and quantum chemical electronic structure theory for biomoleculese2022

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      International Congress on Pure & Applied Chemistry Kota Kinabalu 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Molecular Solvation Theory for Material Design2022

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      2022 International Conference on Materials Research and Innovation
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ensity functional theory of molecular liquids for biophysics and chemical physics2021

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      3rd International Conference on Materials Research and Innovation
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Development of a hybrid method of three-dimensional reference interaction-site model theory and quantum chemical electronic structure theory for biomolecules2021

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      Pacifichem 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] MULTI-SCALE IMPLEMENTATION OF 3D-RISM TO THE ELECTRONIC STRUCTURE THEORY BEING APPLICABLE FOR SOLVATED BIOMOLECULES.2020

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      Biophysical Society 64th Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of Multiscale Method for Nano-Bio Materials Design Based on Statistical Mechanics Theory of Molecular Liquids2019

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      International Conference on Materials Research and Innovation 2020
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Understanding Biological Processes in Solution Based on the Statistical Mechanics Theory of Liquids2019

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      The 10th Toyota RIKEN International Workshop on Science of Life Phenomena Woven by Water and Biomolecules
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Understanding Biological Processes in Solution Based on the Statistical Mechanics Theory of Liquids2019

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      10th International Conference of the Asian Consortium on Computational Materials Science (ACCMS-10)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Understanding Biological Processes in Solution Based on the Statistical Mechanics Theory of Liquids2019

    • 著者名/発表者名
      Norio Yoshida
    • 学会等名
      The 23th international annual symposium on computational science and engineering (ANSCSE23)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 水とイオンが駆動する生体分子機能の統計力学2019

    • 著者名/発表者名
      吉田紀生
    • 学会等名
      有機・生体分子構造・物性研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考] Yoshida Group home page

    • URL

      https://sites.google.com/view/yoshida-group/home

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] Yoshida Group web-page/Research Topics

    • URL

      https://sites.google.com/view/yoshida-group/research?authuser=0

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

URL: 

公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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