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巨大単位胞を有する周期性的材料の量子化学計算法の開発と応用

研究課題

研究課題/領域番号 19H02682
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分32010:基礎物理化学関連
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

Fedorov Dmitri  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 材料・化学領域, 主任研究員 (60357879)

研究分担者 西本 佳央  京都大学, 理学研究科, 助教 (20756811)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
16,900千円 (直接経費: 13,000千円、間接経費: 3,900千円)
2021年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2020年度: 7,280千円 (直接経費: 5,600千円、間接経費: 1,680千円)
2019年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
キーワード電子状態
研究開始時の研究の概要

量子化学計算は広範な応用性を持つが、依然として計算コストが高く、大きな系への適用が困難である。そこで本研究では、申請者らが開発してきたFMO-DFTB法と呼ぶ超高速量子化学計算手法と周期的境界条件を組み合わせることで、大きな単位胞を持つ結晶でも高速に計算できる手法を開発する。さらにエネルギーの解析的微分を実装することにより、正確な構造最適化や分子動力学シミュレーション等を行うことを目標としている。最終的には触媒表面における吸着・反応過程の解明へと応用する。

研究成果の概要

本研究課題では、密度汎関数強束縛法と周期的境界条件を組み合わせた量子化学計算手法を開発し、その手法を用いて応用計算を行った。本計算手法はフラグメント分割により高速化されており、分子のみならず、液体、溶液、固体に応用する事が可能になった。溶媒中タンパク質とリガンド(薬剤)の認識は創薬の設計で重要であり、リガンドの認識における相互作用を定量的に計算することが可能となった。結晶表面や内部で吸着する分子が起こす化学反応の解明が可能となり、触媒設計に有用となる。本研究により開発した解析手法は、官能基レベルでの詳細な相互作用の解析ができるようになるため、材料の効率を向上する設計に役立つことができる。

研究成果の学術的意義や社会的意義

従来の量子化学計算手法を拡張し、液体、溶液、固体材料に対して、高速かつ高精度の計算ができるようになった。振動エネルギーや分子動力学シミュレーションを行うことで、有限温度の影響を取り入れた、より現実に近いシミュレーションを行うことができる。我々が開発した手法を用いたシミュレーションにより、エネルギーや構造を予測し、さらに相互作用解析を駆使することで、触媒の性能向上、薬剤の設計、そして様々な材料の改善すべき部分を、原子レベルで特定が出来るようになると考えられる。将来的には、種々の社会問題を解決ができるような新材料の設計に寄与できると期待する。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 2件、 査読あり 13件) 学会発表 (1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Analysis of Guest Adsorption on Crystal Surfaces Based on the Fragment Molecular Orbital Method2022

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Taiji、Yokaichiya Tomoko、Fedorov Dmitri G.
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry A

      巻: 126 号: 6 ページ: 957-969

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.1c10229

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Free Energy Decomposition Analysis Based on the Fragment Molecular Orbital Method2022

    • 著者名/発表者名
      Fedorov Dmitri G.、Nakamura Taiji
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 13 号: 6 ページ: 1596-1601

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c00040

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The catalytic activity and adsorption in faujasite and ZSM-5 zeolites: the role of differential stabilization and charge delocalization2022

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Taiji、Fedorov Dmitri G.
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 24 号: 13 ページ: 7739-7747

    • DOI

      10.1039/d1cp05851g

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Polarization energies in the fragment molecular orbital method2022

    • 著者名/発表者名
      Fedorov Dmitri G.
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 43 号: 16 ページ: 1094-1103

    • DOI

      10.1002/jcc.26869

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantum-Mechanical Structure Optimization of Protein Crystals and Analysis of Interactions in Periodic Systems2021

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Taiji、Yokaichiya Tomoko、Fedorov Dmitri G.
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 12 号: 36 ページ: 8757-8762

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.1c02510

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The fragment molecular orbital method combined with density-functional tight-binding and periodic boundary conditions2021

    • 著者名/発表者名
      Nishimoto Yoshio、Fedorov Dmitri G.
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 154 号: 11 ページ: 111102-111102

    • DOI

      10.1063/5.0039520

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Partitioning of the Vibrational Free Energy2021

    • 著者名/発表者名
      Fedorov Dmitri G.
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 12 号: 28 ページ: 6628-6633

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.1c01823

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electron density from the fragment molecular orbital method combined with density-functional tight-binding2021

    • 著者名/発表者名
      Fedorov Dmitri G.
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 780 ページ: 138900-138900

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2021.138900

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Partition Analysis for Density-Functional Tight-Binding2020

    • 著者名/発表者名
      Fedorov Dmitri G.
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry A

      巻: 124 号: 49 ページ: 10346-10358

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.0c08204

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Locating conical intersections using the quasidegenerate partially and strongly contracted NEVPT2 methods2020

    • 著者名/発表者名
      Y. Nishimoto
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 744 ページ: 137219-137219

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Fragment Molecular Orbital Method Based on Long-Range Corrected Density-Functional Tight-Binding2019

    • 著者名/発表者名
      V. Q. Vuong, Y. Nishimoto, D. G. Fedorov, B. G. Sumpter, T. A. Niehaus, S. Irle
    • 雑誌名

      J. Chem. Theory Comput.

      巻: 15 号: 5 ページ: 3008-3020

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.9b00108

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular Electrostatic Potential and Electron Density of Large Systems in Solution Computed with the Fragment Molecular Orbital Method2019

    • 著者名/発表者名
      D. G. Fedorov, A. Brekhov , V. Mironov, Y. Alexeev
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry A

      巻: 123 号: 29 ページ: 6281-6290

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.9b04936

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Solvent Screening in Zwitterions Analyzed with the Fragment Molecular Orbital Method2019

    • 著者名/発表者名
      D. G. Fedorov
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 15 号: 10 ページ: 5404-5416

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.9b00715

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] フラグメント分子軌道法による巨大系の分子軌道と状態密度2019

    • 著者名/発表者名
      D. G. Fedorov
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] Quantum Mechanics in Drug Discovery2020

    • 著者名/発表者名
      D. G. Fedorov
    • 総ページ数
      24
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9781071602812
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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