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次世代のコバレントドラッグ創薬を志向した反応基の開発とプロテオミクス研究

研究課題

研究課題/領域番号 19H02854
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分37030:ケミカルバイオロジー関連
研究機関九州大学

研究代表者

進藤 直哉  九州大学, 薬学研究院, 助教 (20722490)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2021年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
2020年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2019年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
キーワードコバレントドラッグ / ビシクロブタン / システイン / タンパク質 / 不可逆阻害剤 / 分子ひずみ / チロシンキナーゼ / BTK / ABPP / ケミカルプロテオミクス / 創薬化学 / ケミカルバイオロジー / コバレント阻害剤 / プロテオミクス / キナーゼ阻害剤 / システイン修飾
研究開始時の研究の概要

コバレントドラッグが標的タンパク質と不可逆的に結合する利点を安全に活かすには、高い標的選択性の実現が不可欠である。申請者は有機化学的観点から、標的選択性を高めるための新たな反応基を探索してきた。本研究ではシステイン残基に対する新たな反応基として、従来のマイケルアクセプターやα-ハロアセタミドとは構造が大きく異なる、ビシクロブタンを検討する。また、可逆的なリガンドだけでなく反応基自身もタンパク質選択性に影響するという独自の視点のもと、リガンドと反応基の組み合わせによる選択性変化を定量的に解析するプロテオミクス研究を展開し、次世代のコバレント阻害剤開発に資する有益な知見を提供する。

研究成果の概要

共有結合で標的タンパク質機能を不可逆的に阻害するコバレントドラッグは、強く持続的な薬効などの利点の反面、標的以外の分子との非特異反応は毒性につながる懸念がある。近年、標的選択的に反応するよう論理的にデザインされたコバレントドラッグの開発が盛んだが、システイン残基を狙った反応基のバリエーションはごく限られていた。本研究では、新たなシステイン指向型反応基として、特異なひずみ構造を持つビシクロブタンアミド (BCBアミド) を見出し、不可逆的チロシンキナーゼ阻害剤に応用した。また、ケミカルプロテオミクスにより、反応基ごとに反応しやすいタンパク質が異なることを明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

コバレントドラッグの利点を活かしつつ毒性のリスクを避けるためには、高い標的タンパク質選択性の確保が必要不可欠である。本研究では、既存のシステイン指向反応基とは構造的に大きく異なるビシクロブタンアミドがコバレントドラッグに応用可能であることを示し、反応基のレパートリー拡大に成功した。また、反応基ごとにタンパク質の「好み」があるという点は、今後のコバレントドラッグ創薬においても重要な知見である。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 2件、 招待講演 3件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Selective covalent targeting of SARS-CoV-2 main protease by enantiopure chlorofluoroacetamide2022

    • 著者名/発表者名
      Daiki Yamane, Satsuki Onitsuka, Suyong Re, Hikaru Isogai, Rui Hamada, Tadanari Hiramoto, Eiji Kawanishi, Kenji Mizuguchi, Naoya Shindo, Akio Ojida
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 13 号: 10 ページ: 3027-3034

    • DOI

      10.1039/d1sc06596c

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Recent progress in covalent warheads for in vivo targeting of endogenous proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Naoya Shindo, Akio Ojida
    • 雑誌名

      Bioorganic Medicinal Chemistry

      巻: 47 ページ: 116386-116386

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2021.116386

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fragment-Based Discovery of Irreversible Covalent Inhibitors of Cysteine Proteases Using Chlorofluoroacetamide Library2020

    • 著者名/発表者名
      Chizuru Miura, Naoya Shindo, Kei Okamoto, Keiko Kuwata, Akio Ojida*
    • 雑誌名

      CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN

      巻: 68 号: 11 ページ: 1074-1081

    • DOI

      10.1248/cpb.c20-00547

    • NAID

      130007933569

    • ISSN
      0009-2363, 1347-5223
    • 年月日
      2020-11-01
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bicyclobutane Carboxylic Amide as a Cysteine-Directed Strained Electrophile for Selective Targeting of Proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Tokunaga, Mami Sato, Keiko Kuwata, Chizuru Miura, Hirokazu Fuchida, Naoya Matsunaga, Satoru Koyanagi, Shigehiro Ohdo, Naoya Shindo*, Akio Ojida*
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 号: 43 ページ: 18522-18531

    • DOI

      10.1021/jacs.0c07490

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Selective Covalent Targeting of Mutated EGFR(T790M) with Chloroacetamide-Pyrimidines2020

    • 著者名/発表者名
      Mami Sato, Hirkazu Fuchida, Naoya Shindo, Keiko Kuwata, Keisuke Tokunaga, Guo Xiao-Lin, Ryo Inamori, Keitaro Horokawa, Kosuke Watari, Tomohiro Shibata, Naoya Matsunaga, Satoru Koyanagi, Shigehiro Ohdo, Mayumi Ono, Akio Ojida
    • 雑誌名

      ACS Medicinal Chemistry Letters

      巻: 11 号: 6 ページ: 1137-1144

    • DOI

      10.1021/acsmedchemlett.9b00574

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] コバレントドラッグ開発のための創薬有機化学2019

    • 著者名/発表者名
      進藤 直哉、王子田 彰夫
    • 雑誌名

      ファルマシア

      巻: 55 号: 10 ページ: 939-943

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.55.10_939

    • NAID

      130007722327

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] コバレントドラッグ創薬を志向したシステインの可逆的共有結合修飾化学2022

    • 著者名/発表者名
      進藤直哉
    • 学会等名
      第3回モダリティ創薬デザイン研究会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光学活性なCFA基を有するSARS-CoV-2メインプロテアーゼ阻害剤の開発2022

    • 著者名/発表者名
      山根太輝, 進藤直哉, 鬼塚さつき, 李 秀栄, 水口賢司, 川西英治, 王子田彰夫
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Lys残基を標的とした可逆的なコバレントドラッグの開発2022

    • 著者名/発表者名
      廣瀬侑也, 徳永啓佑, 田中雄大, 進藤直哉, 王子田彰夫
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ひずみ解消型求電子的官能基の不可逆阻害剤への応用2021

    • 著者名/発表者名
      徳永啓佑, 進藤直哉, 佐藤磨美, 桑田啓子, 王子田彰夫
    • 学会等名
      万有福岡シンポジウム第14回 三地区若手交歓会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ひずみ解消型反応基の不可逆阻害剤への応用とその標的選択性評価2021

    • 著者名/発表者名
      徳永啓佑, 進藤直哉, 佐藤磨美, 桑田啓子, 王子田彰夫
    • 学会等名
      生体機能関連化学部会 若手の会 第32回サマースクール
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] CFA基を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ阻害剤の開発2021

    • 著者名/発表者名
      山根太輝,進藤直哉,鬼塚さつき,李秀栄,水口賢司,川西英治,王子田彰夫
    • 学会等名
      第38回日本薬学会九州山口支部大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Covalent Targeting of SARS-CoV-2 Main Protease with Chlorofluoroacetamides2021

    • 著者名/発表者名
      Naoya Shindo, Daiki Yamane, Satsuki Onitsuka, Suyong Re, Kenji Mizuguchi, Eiji Kawanishi, Akio Ojida
    • 学会等名
      AFMC International Medicinal Chemistry Symposium 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] コバレントドラッグを志向したシステイン反応性求電子基の探索2021

    • 著者名/発表者名
      進藤直哉
    • 学会等名
      第2回Advances in Biocompatible Chemistry - Interactive Forum, Online
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ひずみ解消型反応基の開拓と不可逆阻害剤開発への応用2020

    • 著者名/発表者名
      徳永啓佑、進藤直哉、佐藤磨美、桑田啓子、王子田彰夫
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] CFA基を有するEGFR阻害剤の開発と機能評価2020

    • 著者名/発表者名
      安田斉弘、佐藤磨美、進藤直哉、桑田啓子、徳永啓佑、王子田彰夫
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Bicyclobutane carboxylic amides as a strain-release type electrophile for selective targeting of proteins in live cells2020

    • 著者名/発表者名
      Naoya Shindo, Keisuke Tokunaga, Mami Sato, Keiko Kuwata, Akio Ojida
    • 学会等名
      日本化学会第100春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ひずみ解消型反応基の開拓と不可逆阻害剤開発への応用2020

    • 著者名/発表者名
      徳永啓佑、進藤直哉、佐藤磨美、桑田啓子、王子田彰夫
    • 学会等名
      日本薬学会第140年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] クロロフルオロアセタミドを利用した不可逆的キナーゼ阻害剤の開発2019

    • 著者名/発表者名
      進藤直哉、渕田大和、佐藤磨美、渡公佑、桑田啓子、小野眞弓、王子田彰夫
    • 学会等名
      ケミカルバイオロジー学会第14回年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 不可逆阻害剤への応用を目指したひずみ解消型反応基の開発2019

    • 著者名/発表者名
      徳永啓佑、進藤直哉、佐藤磨美、桑田啓子、王子田彰夫
    • 学会等名
      ケミカルバイオロジー学会第14回年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Selective and reversible modification of kinase cysteines with chlorofluoroacetamides2019

    • 著者名/発表者名
      Naoya Shindo, Hirokazu Fuchida, Mami Sato, Kosuke Watari, Keiko Kuwata, Mayumi Ono, Akio Ojida
    • 学会等名
      VIII EFMC International Symposium on Advances in Synthetic and Medicinal Chemistry
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ひずみ解消型反応のタンパク質不可逆阻害への応用2019

    • 著者名/発表者名
      徳永啓佑、進藤直哉、佐藤磨美、桑田啓子、王子田彰夫
    • 学会等名
      第13回バイオ関連化学シンポジウム2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Selective and reversible modification of kinase cysteines with chlorofluoroacetamides2019

    • 著者名/発表者名
      進藤直哉
    • 学会等名
      有機合成化学協会九州山口支部2019年度第2回有機合成化学講演会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ビシクロブタンのひずみ解消反応を利用したタンパク質の標的選択的不可逆阻害2019

    • 著者名/発表者名
      進藤直哉、徳永啓佑、佐藤磨美、桑田啓子、渕田大和、王子田彰夫
    • 学会等名
      第37回メディシナルケミストリーシンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] Handbook of In Vivo Chemistry in Mice: From Lab to Living System2020

    • 著者名/発表者名
      Naoya Shindo, Akio Ojida
    • 総ページ数
      560
    • 出版者
      Wiley-VCH
    • ISBN
      9783527344321
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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