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アミノグリコシド系抗生物質の生合成酵素構造解析を基盤とする新規物質生産系の開拓

研究課題

研究課題/領域番号 19H02895
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分38040:生物有機化学関連
研究機関東京工業大学

研究代表者

工藤 史貴  東京工業大学, 理学院, 准教授 (00361783)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2023年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2022年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2021年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2020年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2019年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
キーワード天然物化学 / 生合成 / 酵素 / アミノグリコシド系抗生物質 / ゲノムマイニング / カナマイシン / イスタマイシン / タンパク質構造解析 / 酵素構造解析 / アミノグリコシド抗生物質 / 生合成酵素 / 構造機能解析
研究開始時の研究の概要

本研究では、アミノグリコシド系抗生物質の生合成に関わる酵素の結晶構造解析に基づき基質認識機構と触媒反応機構を明らかにして、新規アミノグリコシド系抗生物質の創製のための酵素エンジニアリングに向けた研究基盤を構築する。また、ラジカル機構で糖部位の修飾反応を触媒する新規ラジカルSAM酵素など、新たな糖質変換酵素の機能を明らかにする。将来的には、これらの知見を統合して、新規アミノグリコシド系抗生物質を生合成する。

研究成果の概要

アミノグリコシド系抗生物質と構造類似性を有する(アミノ)サイクリトール含有天然物の生合成マシナリーを活用した新規物質生産系を開拓するために、カナマイシン、イスタマイシン、ブチロシンなどの生合成酵素の機能構造解析を行なった。結果として、本抗生物質群を代表するカナマイシンAの生合成機構を、酵素の機能と構造を基に解明することができた。また、その他の生合成酵素の機能構造解析を進め、生合成中間体の糖部位のユニークな修飾機構や炭素環構築に関わる酵素の機能を解明することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

アミノグリコシド系抗生物質は、結核菌に有効なストレプトマイシンや広範な抗菌スペクトルを示すカナマイシンなど、歴史的に人類の健康増進に大きく貢献してきた。腎毒性や聴覚神経毒性を示すなどの問題点を抱えた抗生物質であるが、半合成化合物も開発されており、今なお重要性の高い抗生物質群である。アミノグリコシド系抗生物質は放線菌などの微生物が生産することから、その合成機構を解明して人為的な改変を施すことで、有用性の高い物質を生産できる可能性がある。本研究では、代表格であるカナマイシンの合成機構について、その合成を司る酵素の機能と構造情報を精密に解析して、従来提唱されていた機構を訂正することができた。

報告書

(6件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 1件、 査読あり 7件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Biosynthesis of cyclitols2022

    • 著者名/発表者名
      Fumitaka Kudo, Tadashi Eguchi
    • 雑誌名

      Nat. Prod. Rep.

      巻: 39 号: 8 ページ: 1622-1642

    • DOI

      10.1039/d2np00024e

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] One-pot enzymatic synthesis of 2-deoxy-scyllo-inosose from d-glucose and polyphosphate2021

    • 著者名/発表者名
      Kudo Fumitaka、Mori Ayaka、Koide Mai、Yajima Ryo、Takeishi Ryohei、Miyanaga Akimasa、Eguchi Tadashi
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 85 号: 1 ページ: 108-114

    • DOI

      10.1093/bbb/zbaa025

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stepwise Post‐glycosylation Modification of Sugar Moieties in Kanamycin Biosynthesis2021

    • 著者名/発表者名
      Kudo Fumitaka、Kitayama Yukinobu、Miyanaga Akimasa、Numakura Mario、Eguchi Tadashi
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 22 号: 9 ページ: 1668-1675

    • DOI

      10.1002/cbic.202000839

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biochemical and Structural Analysis of a Dehydrogenase, KanD2, and an Aminotransferase, KanS2, That Are Responsible for the Construction of the Kanosamine Moiety in Kanamycin Biosynthesis2020

    • 著者名/発表者名
      Kudo Fumitaka、Kitayama Yukinobu、Miyanaga Akimasa、Hirayama Akane、Eguchi Tadashi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 59 号: 15 ページ: 1470-1473

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00204

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of Radical SAM Adenosylhopane Synthase, HpnH, which Catalyzes the 5′-Deoxyadenosyl Radical Addition to Diploptene in the Biosynthesis of C35 Bacteriohopanepolyols2020

    • 著者名/発表者名
      Sato Shusuke、Kudo Fumitaka、Rohmer Michel、Eguchi Tadashi
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 59 号: 1 ページ: 237-241

    • DOI

      10.1002/anie.201911584

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Stereochemistry in the Reaction of the myo-Inositol Phosphate Synthase Ortholog Ari2 during Aristeromycin Biosynthesis2019

    • 著者名/発表者名
      Kudo Fumitaka、Tsunoda Takeshi、Yamaguchi Kaito、Miyanaga Akimasa、Eguchi Tadashi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 58 号: 51 ページ: 5112-5116

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00981

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional Characterization of 3-Aminobenzoic Acid Adenylation Enzyme PctU and UDP-N-Acetyl-D-Glucosamine: 3-Aminobenzoyl-ACP Glycosyltransferase PctL in Pactamycin Biosynthesis2019

    • 著者名/発表者名
      Kudo Fumitaka、Zhang Jiahao、Sato Shusuke、Hirayama Akane、Eguchi Tadashi
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 20 号: 19 ページ: 2458-2462

    • DOI

      10.1002/cbic.201900239

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] アミノグリコシド系抗生物質とポリケチド系抗生物質の構造多様性創出機構解明に向けた精密酵素機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      工藤史貴
    • 学会等名
      住木・梅澤記念賞 受賞講演
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] アミノグリコシド系抗生物質4′-デオキシブチロシンの生合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      坂本 葵、千菅 太一、宮永 顕正、工藤 史貴、江口 正
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会(2023)(東京理科大学 野田キャンパス)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] アミノグリコシド系抗生物質イスタマイシンとスポラリシンの生合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      安冨 里菜、工藤 史貴、江口 正
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会(2023)(東京理科大学 野田キャンパス)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Kanamycin biosynthesis _ post-glycosylation modification of sugar moieties2021

    • 著者名/発表者名
      Fumitaka Kudo, Yukinobu Kitayama, Akimasa Miyanaga, Tadashi Eguchi
    • 学会等名
      Directing Biosynthesis online
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] バクテリオホパンポリオール生合成において炭素-炭素結合形成反応を触媒するラジカルSAM酵素HpnHの機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤 秀亮、工藤 史貴、Michel Rohmer、江口 正
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会(2021)(オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 抗腫瘍抗生物質パクタマイシン生合成における脱水素酵素PctPの基質特異性2021

    • 著者名/発表者名
      岡田 一歩、平山 茜、工藤 史貴、江口 正
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会(2021)(オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Kanamycin biosynthesis- post-glycosylation modification of sugar moieties2021

    • 著者名/発表者名
      Fumitaka Kudo, Yukinobu Kitayama, Akimasa Miyanaga, Tadashi Eguchi
    • 学会等名
      Directing Biosynthesis online
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [備考] 工藤研ホームページ

    • URL

      http://www.chemistry.titech.ac.jp/~kudo/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2019-04-18   更新日: 2025-01-30  

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