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DNAメチル化を介したゲノム安定性制御の分子メカニズム

研究課題

研究課題/領域番号 19H03153
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43010:分子生物学関連
研究機関東京大学

研究代表者

西山 敦哉  東京大学, 医科学研究所, 准教授 (50378840)

研究分担者 有田 恭平  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (40549648)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2022年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2021年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2019年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
キーワードDNAメチル化 / DNA複製 / 岡崎フラグメント / ADPリボシル化 / UHRF1 / LIG1 / ゲノム安定性 / ヒストン / PARP1 / HPF1 / LIG3 / ラギング鎖 / DNMT1
研究開始時の研究の概要

ゲノム上には30万箇所を超えるDNAメチル化部位が存在し、遺伝子発現の抑制やゲノム安定性の維持に重要な役割を果たしている。しかしDNAメチル化による転写抑制のメカニズムが詳細に解析されている一方、DNAメチル化がゲノム安定性を保証するメカニズムについては明らかでない。申請者は、これまで試験管内染色体複製系を用いてDNAメチル化維持の分子機構の解明に取り組んできた。本研究では、これまでの研究成果を基にDNAメチル化がゲノム安定性を制御する分子機構の解明を目指す。

研究成果の概要

本研究は、DNAメチル化の重要な制御因子であるE3ユビキチンリガーゼUHRF1と岡崎フラグメント連結を担うDNAリガーゼLIG1の相互作用に注目し、その意義と制御機構を明らかにする目的で行った。まず、岡崎フラグメント連結についてツメガエル無細胞系を用いた詳細な解析を行い、その制御不全がPARP1/HPF1によるADPリボシル化を誘導し、バックアップ機構であるLIG3/XRCC1経路を活性化することを見出し、報告した。また、UHRF1のLIG1結合が、これまで報告されていたPCNAとの相互作用とともに、岡崎フラグメントの効率的な連結に重要であることを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、まず岡崎フラグメント連結のバックアップ機構として働くLIG3/XRCC1経路がPARP1/HPF1によるヒストンH3ADPリボシル化を介して活性化することを明らかにし報告した。また、DNAメチル化制御因子UHRF1がLIG1との相互作用を介して岡崎フラグメント連結を制御することを示す実験結果を得ている。PARP1やDNAメチル化酵素の阻害剤は、抗がん剤としても注目されており、上記の研究成果は、染色体安定性を制御する新たな分子機構の発見にとどまらず、新たなDNAメチル化阻害剤やPARP1阻害剤開発の重要な分子基盤となることが期待される。

報告書

(5件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 5件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 2件、 招待講演 8件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] CNRS(フランス)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] ミュンヘン大学(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] ロックフェラー大学(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] Ludwig-Maximilians-University Munchen(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Kansas(米国)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] Ludwig-Maximilians-Universit Munich(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] The termination of UHRF1-dependent PAF15 ubiquitin signaling is regulated by USP7 and ATAD52023

    • 著者名/発表者名
      Miyashita Ryota、Nishiyama Atsuya、Qin Weihua、Chiba Yoshie、Kori Satomi、Kato Norie、Konishi Chieko、Kumamoto Soichiro、Kozuka-Hata Hiroko、Oyama Masaaki、Kawasoe Yoshitaka、Tsurimoto Toshiki、Takahashi Tatsuro S、Leonhardt Heinrich、Arita Kyohei、Nakanishi Makoto
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 12 ページ: 79013-79013

    • DOI

      10.7554/elife.79013

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural basis for the unique multifaceted interaction of DPPA3 with the UHRF1 PHD finger.2022

    • 著者名/発表者名
      Hata K, Kobayashi N, Sugimura K, Qin W, Haxholli D, Chiba Y, Yoshimi S, Hayashi G, Onoda H, Ikegami T, Mulholland CB, Nishiyama A, Nakanishi M, Leonhardt H, Konuma T, Arita K
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 50 号: 21 ページ: 12527-12542

    • DOI

      10.1093/nar/gkac1082

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural basis for activation of DNMT12022

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi A, Onoda H, Yamaguchi K, Kori S, Matsuzawa S, Chiba Y, Tanimoto S, Yoshimi S, Sato H, Yamagata A, Shirouzu M, Adachi N, Sharif J, Koseki H, Nishiyama A, Nakanishi M, Defossez PA, Arita K
    • 雑誌名

      Nat Commun.

      巻: 13 (1) 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1038/s41467-022-34779-4

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Navigating the DNA methylation landscape of cancer2021

    • 著者名/発表者名
      Nishiyama Atsuya、Nakanishi Makoto
    • 雑誌名

      Trends in Genetics

      巻: 37 号: 11 ページ: 1012-1027

    • DOI

      10.1016/j.tig.2021.05.002

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] HPF1-dependent PARP activation promotes LIG3-XRCC1-mediated backup pathway of Okazaki fragment ligation2021

    • 著者名/発表者名
      Kumamoto Soichiro、Nishiyama Atsuya、Chiba Yoshie、Miyashita Ryota、Konishi Chieko、Azuma Yoshiaki、Nakanishi Makoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: - 号: 9 ページ: 5003-5016

    • DOI

      10.1093/nar/gkab269

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structure-based screening combined with computational and biochemical analyses identified the inhibitor targeting the binding of DNA Ligase 1 to UHRF12021

    • 著者名/発表者名
      Kori Satomi、Shibahashi Yuki、Ekimoto Toru、Nishiyama Atsuya、Yoshimi Sae、Yamaguchi Kosuke、Nagatoishi Satoru、Ohta Masateru、Tsumoto Kouhei、Nakanishi Makoto、Defossez Pierre-Antoine、Ikeguchi Mitsunori、Arita Kyohei
    • 雑誌名

      Bioorg Med Chem

      巻: 52 ページ: 116500-116500

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2021.116500

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Two distinct modes of DNMT1 recruitment ensure stable maintenance DNA methylation2020

    • 著者名/発表者名
      A. Nishiyama, C. Mulholland, S. Bultmann, S. Kori, A. Endo, Y. Saeki, W. Qin, C. Trummer, Y. Chiba, H. Yokoyama, S. Kumamoto, T. Kawakami, H. Hojo, G. Nagae, H. Aburatani, K. Tanaka, K. Arita, H. Leonhardt, M. Nakanishi
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 11 号: 1 ページ: 1222-1222

    • DOI

      10.1038/s41467-020-15006-4

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] DNA維持メチル化機構を制御するユビキチンシグナル2020

    • 著者名/発表者名
      西山敦哉
    • 雑誌名

      ファルマシア

      巻: 56 号: 1 ページ: 36-40

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.56.1_36

    • NAID

      130007779037

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] The termination of UHRF1-dependent PAF15 ubiquitin signaling is regulated by USP7 and ATAD52022

    • 著者名/発表者名
      西山敦哉
    • 学会等名
      第15回エピジェネティクス研究会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAメチル化継承の分子機構2022

    • 著者名/発表者名
      西山敦哉
    • 学会等名
      日本遺伝学会第94回大会シンポジウムA
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNMT1-DNA架橋によって誘導されるSUMOシグナルとその制御機構2022

    • 著者名/発表者名
      西山 敦哉, 谷本 翔汰, 千葉 祥恵, 遠藤 彬則, 佐伯 泰, 中西 真
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] USP7とATAD5はUHRF1依存的なPAF15ユビキチンシグナルを制御する2022

    • 著者名/発表者名
      西山 敦哉 宮下 諒太 千葉 祥恵 郡 聡実 加藤 修衣 河添 好孝 秦 裕子 尾山 大明 高橋 達郎 有田 恭平 中西 真
    • 学会等名
      第45回分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] DNAメチル化と岡崎フラグメント連結をリンクする分子機構2021

    • 著者名/発表者名
      隈本宗一郎、西山敦哉、千葉祥恵、宮下諒太、小西知恵子、東義明、中西真
    • 学会等名
      日本遺伝学会第93回大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular mechanism of DNMT1-DNA cross-link repair2021

    • 著者名/発表者名
      Atsuya Nishiyama, Akinori Endoh, Yoshie Chiba, Chieko Konishi, Ayane Kaketani, Tomomi Nagatani, Yasushi, Saeki, Makoto Nakanishi
    • 学会等名
      The 80th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAメチル化制御因子PAF15ユビキチン化の制御機構2021

    • 著者名/発表者名
      宮下諒太, 西山敦哉, 秦 裕子, 尾山 大明, 千葉 祥恵, 中西 真
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA複製に伴う岡崎フラグメント連結を保証する分子機構2020

    • 著者名/発表者名
      西山 敦哉, 隈本 宗一郎, 千葉 祥恵, 中西 真
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNMT1のメチル化部位への局在を保証する2つの異なる分子機構2019

    • 著者名/発表者名
      西山 敦哉, Christopher B. Mulholland, Sebastian Bultmann, 郡 聡実, 遠藤 彬則, 千葉 祥恵, 隈本 宗一郎, 佐伯 泰, 有田 恭平, Heinrich Leonhardt, 中西 真
    • 学会等名
      42nd MBSJ, Symposium ” Crosstalk between epigenome replication, genome stability, and chromatin organization ”
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] The LIG3/XRCC1 complex ensures Okazaki fragment ligation in the absence of LIG12019

    • 著者名/発表者名
      隈本 宗一郎、西山 敦哉、千葉 祥恵、中西 真
    • 学会等名
      第37回染色体ワークショップ・第18回核ダイナミクス研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Molecular mechanism of Okazaki fragment ligation2019

    • 著者名/発表者名
      隈本 宗一郎、西山 敦哉、千葉 祥恵、中西 真
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] DNAメチル化制御因子PAF15のUSP7とATAD5を介した 不活性化の分子機構を解明

    • URL

      https://non-genome.com/activities/3214/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 岡崎フラグメントの連結を堅牢に保証する分子メカニズム

    • URL

      https://non-genome.com/activities/2121/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
  • [備考] 細胞記憶継承をDNA複製と協調するメカニズムの解明

    • URL

      https://www.ims.u-tokyo.ac.jp/imsut/jp/about/press/page_00056.html

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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