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高等動物細胞間結合チャネルのクライオ電子顕微鏡構造研究

研究課題

研究課題/領域番号 19H03165
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関名古屋大学

研究代表者

大嶋 篤典  名古屋大学, 細胞生理学研究センター, 教授 (80456847)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,290千円 (直接経費: 13,300千円、間接経費: 3,990千円)
2021年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2020年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2019年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
キーワードギャップ結合チャネル / 開閉メカニズム / クライオ電子顕微鏡 / 高分解能構造解析 / タンパク質―脂質相互作用 / チャネル機能解析 / 3D variability解析 / ナノディスク再構成 / 試料調製 / コネキシン / 単粒子解析
研究開始時の研究の概要

本研究はコネキシンギャップ結合チャネルの高分解能構造解析をクライオ電子顕微鏡単粒子解析法で行い、コネキシンチャネルの開閉機構と生理機能の解明に迫る。ヒトのコネキシン26とコネキシン32を対象とし、可溶化状態と脂質二重膜に再構成された状態のクライオ電子顕微鏡高分解能構造解析を行い、電気生理機能解析も併用する。また試料調製法の最適化による、膜タンパク質のクライオ電子顕微鏡高分解能構造解析を加速するための技術開発を目指す。

研究成果の概要

ギャップ結合チャネルとその関連タンパク質を脂質ナノディスクに再構成してクライオ電子顕微鏡で構造解析を行った。具体的には線虫のinnexin-6(INX-6)とヒトpannexin-1(PANX1)の2つについての構造研究を行い、電気生理学による機能解析とMDシミュレーションを共同研究で行った。これらの結果から、チャネルが開くときはN末端領域が漏斗状のコンフォメーションを取り、チャネルが閉じるときには脂質がINX-6やPANX1のチャネル通路に入り込んで塞ぐ脂質ゲーティングモデルが示唆された。本研究によってLarge pore channelが閉じるメカニズムの一つの解釈を与えることができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ギャップ結合チャネルとは水やイオンのほか、ヌクレオチドやペプチドといった大きい分子を通すことが知られているが、その開閉機構を明確に説明できる構造モデルは存在しておらず、これはLarge pore channelについても同様であった。本研究によってINX-6やPANX1のチャネル通路に脂質が入り込んで閉じる概念は、過去に示唆されることのない新しい開閉機構のモデルである。INX-6とPANX1はその機能が本質的に異なると想定されるが、N末端領域がファネルを形成し、その閉塞に脂質が関与している点が似通っているのは、ギャップ結合ファミリータンパク質に共通したメカニズムであることを示唆するものである。

報告書

(4件)
  • 2022 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 4件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 5件、 招待講演 11件)

  • [国際共同研究] TU Delft/Faculty of Applied Sciences(オランダ)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Recognition Mechanism of a Novel Gabapentinoid Drug, Mirogabalin, for Recombinant Human α2δ1, a Voltage-Gated Calcium Channel Subunit2023

    • 著者名/発表者名
      Kozai Daisuke、Numoto Nobutaka、Nishikawa Kouki、Kamegawa Akiko、Kawasaki Shohei、Hiroaki Yoko、Irie Katsumasa、Oshima Atsunori、Hanzawa Hiroyuki、Shimada Kousei、Kitano Yutaka、Fujiyoshi Yoshinori
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 435 号: 10 ページ: 168049-168049

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2023.168049

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Large pore channelの構造とチャネルの開閉メカニズム2023

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 63 号: 2 ページ: 97-101

    • DOI

      10.2142/biophys.63.97

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Structure and function of H+/K+ pump mutants reveal Na+/K+ pump mechanisms2022

    • 著者名/発表者名
      Young Victoria C.、Nakanishi Hanayo、Meyer Dylan J.、Nishizawa Tomohiro、Oshima Atsunori、Artigas Pablo、Abe Kazuhiro
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 5270-5270

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32793-0

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural insight into the activation mechanism of MrgD with heterotrimeric Gi-protein revealed by cryo-EM2022

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Shota、Iida Momoko、Hiroaki Yoko、Tanaka Kotaro、Kawamoto Akihiro、Kato Takayuki、Oshima Atsunori
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 5 号: 1 ページ: 707-707

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03668-3

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A cryptic phosphate-binding pocket on the SPFH domain of human stomatin that regulates a novel fibril-like self-assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Kataoka Koki、Suzuki Shota、Tenno Takeshi、Goda Natsuko、Hibino Emi、Oshima Atsunori、Hiroaki Hidekazu
    • 雑誌名

      Current Research in Structural Biology

      巻: 4 ページ: 158-166

    • DOI

      10.1016/j.crstbi.2022.05.002

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Basis for Binding of Potassium-Competitive Acid Blockers to the Gastric Proton Pump2022

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Saki、Morita Mikio、Yamagishi Tatsuya、Madapally Hridya Valia、Hayashida Kenichi、Khandelia Himanshu、Gerle Christoph、Shigematsu Hideki、Oshima Atsunori、Abe Kazuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Medicinal Chemistry

      巻: 65 号: 11 ページ: 7843-7853

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.2c00338

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure and dynamics of Odinarchaeota tubulin and the implications for eukaryotic microtubule evolution2022

    • 著者名/発表者名
      Akil Caner、Ali Samson、Tran Linh T.、Gaillard J?r?mie、Li Wenfei、Hayashida Kenichi、Hirose Mika、Kato Takayuki、Oshima Atsunori、Fujishima Kosuke、Blanchoin Laurent、Narita Akihiro、Robinson Robert C.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 号: 12

    • DOI

      10.1126/sciadv.abm2225

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structures of human pannexin-1 in nanodiscs reveal gating mediated by dynamic movement of the N terminus and phospholipids2022

    • 著者名/発表者名
      Kuzuya Maki、Hirano Hidemi、Hayashida Kenichi、Watanabe Masakatsu、Kobayashi Kazumi、Terada Tohru、Mahmood Md. Iqbal、Tama Florence、Tani Kazutoshi、Fujiyoshi Yoshinori、Oshima Atsunori
    • 雑誌名

      Science Signaling

      巻: 15 号: 720

    • DOI

      10.1126/scisignal.abg6941

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryo-EM structures of undocked innexin-6 hemichannels in phospholipids2020

    • 著者名/発表者名
      Burendei Batuujin、Shinozaki Ruriko、Watanabe Masakatsu、Terada Tohru、Tani Kazutoshi、Fujiyoshi Yoshinori、Oshima Atsunori
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 6 号: 7

    • DOI

      10.1126/sciadv.aax3157

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] クライオ電子顕微鏡で見るギャップ結合チャネルの構造2019

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 雑誌名

      細胞

      巻: 51 ページ: 8-11

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Structures and gating of gap junction family proteins in phospholipids2023

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      日本生理学学会第100回記念大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cryogenic electron microscopy (Cryo-EM)2022

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      The 3rd Bioinformatics and Biodiversity Conference/ the 6th International Symposium on Bioinformatics (InSyB)/The 2nd Synthetic Biology and Biotechnology
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡を用いた細胞間結合の構造研究の最前線2022

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム学生企画『Graduate Student Session』
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 脂質ナノディスクを利用したギャップ結合ファミリータンパク質の構造と膜透過機構2022

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      生理研研究会「構造情報を基盤とした膜機能分子の生理機能理解に向けて」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡とタンパク質構造生物学 糖鎖の可視化に向けて2022

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      香川県希少糖戦略会議 第15回複合糖質・糖鎖部会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Gating of gap junction family proteins involving phospholipids2022

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      ISDD & KSSB JOINT SYMPOSIUM
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structures of gap junction family proteins in nanodiscs2022

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      2022 Life Sciences International Symposium, R&E Center for Life Sciences
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural Study of Actin-Aplyronine A-Tubulin Heterotrimeric Complex and Development of Actin-affinity Tags2022

    • 著者名/発表者名
      Didik H. Utomo, Akari Fujieda, Atsunori Oshima, Akihiro Narita, Momoko Takahashi, Hideo Kigoshi, and Masaki Kita
    • 学会等名
      日本化学会102回春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Structural biology of gap junction proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      Symposium on Computer Simulations and Cryo-ET/EM of Complex Biomolecular Systems
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural insights into the unique activation mechanism of the MrgD2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木翔大、飯田桃子、廣明洋子、川本晃大、加藤貴之、大嶋篤典
    • 学会等名
      第44回分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Structures of gap junction proteins in nanodiscs2021

    • 著者名/発表者名
      Atsunori Oshima
    • 学会等名
      第59回生物物理学会年会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡の試料調製と構造研究2021

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      量子構造生物学委員会の第3回研究会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ナノディスクに再構成したPanx1チャネルの構造変化2021

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典、葛谷麻希、平野秀美、林田研一、渡邉正勝、小林一美、谷一寿、藤吉好則
    • 学会等名
      顕微鏡学会第77回学術講演会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Structures of the Innexin-6 gap junction hemichannels in nanodiscs2020

    • 著者名/発表者名
      Burendei, B, Shinozaki, R., Watanabe, M., Terada, T., Tani, K., Fujiyoshi, Y., Oshima, A.
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Cryo-EM structures of undocked innexin-6 gap junction hemichannels2019

    • 著者名/発表者名
      Burendei, B, Shinozaki, R., Watanabe, M., Terada, T., Tani, K., Fujiyoshi, Y., Oshima, A.
    • 学会等名
      International Gap Junction Conference
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Cryo-EM structures of undocked innexin-6 hemichannels in lipid nanodiscs2019

    • 著者名/発表者名
      Oshima, A.
    • 学会等名
      第92回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 名古屋大学タンパク質生産領域の支援技術紹介2019

    • 著者名/発表者名
      大嶋篤典
    • 学会等名
      AMED/BINDS 連携セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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