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シグナル伝達の制御に向けた膜内タンパク質切断における基質特異性決定因子の探索

研究課題

研究課題/領域番号 19H03170
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関横浜市立大学

研究代表者

禾 晃和  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 准教授 (40379102)

研究分担者 岩崎 憲治  筑波大学, 生存ダイナミクス研究センター, 教授 (20342751)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円)
2021年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2020年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2019年度: 9,230千円 (直接経費: 7,100千円、間接経費: 2,130千円)
キーワード構造生物学 / X線結晶解析 / 電子顕微鏡解析 / 分子認識 / 膜タンパク質 / 立体構造解析 / 電子顕微鏡 / X線結晶構造解析
研究開始時の研究の概要

細胞膜上に発現するシグナル分子前駆体の膜内配列を特異的に切断することでシグナル伝達を開始する膜内切断プロテアーゼ(I-CLiP)を研究対象とし、X線結晶解析と電子顕微鏡イメージングを複合的に用いることで立体構造を決定する。標的タンパク質にタグ配列を移植し、抗体断片を結合させることで、X線結晶解析では結晶化能を向上させ、電子顕微鏡イメージングでは分子配向の決定を効率化する。最終的には基質複合体の構造決定を行うことで、疎水的な細胞膜内という特殊な環境において基質特異性を生み出す構造的要因の解明を目指す。本研究の成果は、膜内配列切断におけるシグナル伝達制御のストラテジーの確立へと繋がると期待される。

研究成果の概要

本研究では、RsePの基質の選別・認識の分子機構を明らかにすることを目指し、X線結晶解析と電子顕微鏡解析を組み合わせて、大腸菌由来のsite-2 proteaseホモログであるRsePとそのオルソログの立体構造解析に取り組んだ。超好熱菌由来のオルソログに関しては、PAタグを移植してNZ-1抗体のFab断片を結合させた試料を用いて電顕解析を行い、PDZタンデムのコンフォメーションを推定した。さらにRsePと海洋性細菌由来のオルソログに関しては、X線結晶構造を決定することにも成功し、基質との相互作用様式や切断促進の分子機構の理解が深まった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究ではRsePの立体構造を初めて明らかにすることに成功し、これまでのsite-2 proteaseファミリーの構造研究の停滞状況を打開することができた。膜内切断プロテアーゼは、アルツハイマー病やパーキンソン病などのヒトの疾患に関わるとともに、細菌、ウイルス、原虫など様々な病原体の感染にも関わっている。Site-2 proteaseファミリーは、特に細菌感染症と密接な関係があることから、本研究で明らかになった知見は、今後、細菌感染のメカニズムの解明や新規の治療法の開発に貢献すると期待される。

報告書

(4件)
  • 2022 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (22件) (うち国際学会 3件、 招待講演 4件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by E. coli site-2 protease homolog RseP2022

    • 著者名/発表者名
      Imaizumi Yuki、Hirata Kunio、Nogi Terukazu et al.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 号: 34

    • DOI

      10.1126/sciadv.abp9011

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Hybrid in vitro/in silico analysis of low-affinity protein-protein interactions that regulate signal transduction by Sema6D2022

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Tsubasa、Ekimoto Toru、Nagatomo Meri、Neyazaki Makiko、Shimoji Erena、Yamane Tsutomu、Kanagawa Sakura、Oi Rika、Mihara Emiko、Takagi Junichi、Akashi Satoko、Ikeguchi Mitsunori、Nogi Terukazu
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 31 号: 11

    • DOI

      10.1002/pro.4452

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Moving toward generalizable NZ-1 labeling for 3D structure determination with optimized epitope-tag insertion2021

    • 著者名/発表者名
      Risako Tamura-Sakaguchi, Rie Aruga, Mika Hirose, Toru Ekimoto, Takuya Miyake, Yohei Hizukuri, Rika Oi, Mika K Kaneko, Yukinari Kato, Yoshinori Akiyama, Mitsunori Ikeguchi, Kenji Iwasaki, Terukazu Nogi
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr D Struct Biol

      巻: 77 号: 5 ページ: 645-662

    • DOI

      10.1107/s2059798321002527

    • NAID

      120007032351

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural studies of reelin N-terminal region provides insights into a unique structural arrangement and functional multimerization2020

    • 著者名/発表者名
      Nagae Masamichi、Suzuki Kei、Yasui Norihisa、Nogi Terukazu、Kohno Takao、Hattori Mitsuharu、Takagi Junichi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: mvaa144 号: 5 ページ: 1-41

    • DOI

      10.1093/jb/mvaa144

    • NAID

      40022623693

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 細菌パーシスター化における膜内切断プロテアーゼRsePの役割:生理学的及び構造学的アプローチ2022

    • 著者名/発表者名
      檜作 洋平,横山 達彦,三宅 拓也,小林 達也,今泉 友希,高貫 一徳,大井 里香,禾 晃和,秋山 芳展
    • 学会等名
      第95回 日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Structural analysis of intramembrane protease using the NZ-1 labeling technique with optimized epitope-tag insertion2021

    • 著者名/発表者名
      Rie Aruga, Risako Tamura-Sakaguchi, Mika Hirose, Toru Ekimoto, Rika Oi, Mika K. Kaneko, Yukinari Kato, Mitsunori Ikeguchi, Kenji Iwasaki, Terukazu Nogi
    • 学会等名
      PDBアジア地区50周年記念シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 生体膜上で形成される低親和性蛋白質間相互作用の構造生物学的研究2021

    • 著者名/発表者名
      禾 晃和
    • 学会等名
      令和3年(2021年)度日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 膜内プロテアーゼRsePのX線結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      今泉 友希, 高貫 一徳, 三好 賢一, 大井 里香, 松浦 滉明, 平田 邦生, 武本 瑞貴, 濡木 理, 禾 晃和
    • 学会等名
      令和3年(2021年)度日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 抗体Fab断片の動物細胞による組換え発現と結晶解析による構造形成の検証2021

    • 著者名/発表者名
      安達 友里子, 平田 邦生, 金子 美華, 加藤 幸成, 禾 晃和
    • 学会等名
      令和3年(2021年)度日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] リガンドスクリーニングを目指したリガンド-膜タンパク質複合体のネイティブ質量分析2021

    • 著者名/発表者名
      田尻 道子,大井 里香,禾 晃和,明石 知子
    • 学会等名
      第94回日本生化学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Optimization of the NZ-1 labeling technique for the application to 3D structure analysis2021

    • 著者名/発表者名
      Rie Aruga, Risako Tamura-Sakaguchi, Mika Hirose, Toru Ekimoto, Rika Oi, Mika K. Kaneko, Yukinari Kato, Mitsunori Ikeguchi, Kenji Iwasaki, Terukazu Nogi
    • 学会等名
      XXV IUCr Congress
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 抗体ラベリング法を用いた膜内切断プロテアーゼの電子顕微鏡単粒子解析2021

    • 著者名/発表者名
      有賀 理江, 廣瀬 未果, 坂口(田村) 梨沙子, 金子 美華, 加藤 幸成, 加藤 貴之, 岩崎 憲治, 禾 晃和
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 標的タンパク質へのPAタグ挿入方法の最適化によるNZ-1ラベリング法の一般化2021

    • 著者名/発表者名
      禾 晃和
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 膜内切断プロテアーゼのリガンド-膜タンパク質複合体のネイティブ質量分析2021

    • 著者名/発表者名
      田尻 道子,大井 里香,禾 晃和,明石 知子
    • 学会等名
      第69回質量分析総合討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Determining the domain arrangement of bacterial site-2 protease by the site-specific insertion of PA tag and labeling with NZ-1 Fab2020

    • 著者名/発表者名
      Rie Aruga, Risako Tamura, Mika Hirose, Rika Oi, Mika K. Kaneko, Yukinari Kato, Kenji Iwasaki, Terukazu Nogi
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] How similar are the LDLR family members? - Examination of pH-dependent regulation of ligand capture and release through SPR and HS-AFM analyses2020

    • 著者名/発表者名
      Aki Shiozawa, Noriyki Kodera, Terukazu Nogi
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 細胞表層ストレス応答に関わる大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの構造生物学的解析2020

    • 著者名/発表者名
      禾 晃和
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Biophysical analysis of pH-dependent conformational change of LDLR family members in ligand capture and release2020

    • 著者名/発表者名
      Aki Shiozawa, Noriyki Kodera, Terukazu Nogi
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] NZ-1ラベリングによる立体構造解析の一般化に向けたPAタグ挿入方法の最適化2020

    • 著者名/発表者名
      有賀理江・田村梨沙子・浴本享・廣瀬未果・大井里香・金子美華・加藤幸成・ 岩崎憲治・池口満徳・禾 晃和
    • 学会等名
      日本結晶学会2020年度年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] In vitroとin silicoの融合によるセマフォリン-プレキシンペアの結合特異性決定因子の探索2019

    • 著者名/発表者名
      田中 翼、下地 恵令奈、永友 芽里、山根 努、浴本 亨、根谷崎 牧子、大井 里香、池口 満徳、禾 晃和
    • 学会等名
      第71回日本細胞生物学会大会 第19回日本蛋白質科学会年会 合同年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 電子顕微鏡単粒子解析に向けた抗体断片の結合による標的タンパク質のサイズと形状の最適化2019

    • 著者名/発表者名
      三好 賢一、田村 梨沙子、高貫 一徳、廣瀬 未果、大井 里香、金子 美華、加藤 幸成、岩崎 憲治、禾 晃和
    • 学会等名
      第71回日本細胞生物学会大会 第19回日本蛋白質科学会年会 合同年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] SEC-SAXSによるLDLRファミリーのpH依存的な構造変化の検証2019

    • 著者名/発表者名
      塩澤 亜希、飯田 麻生、小田 隆、佐藤 衛、禾 晃和
    • 学会等名
      第71回日本細胞生物学会大会 第19回日本蛋白質科学会年会 合同年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 禾 晃和2019

    • 著者名/発表者名
      リガンド結合と解離を調節する1回膜貫通型受容体のpH依存的な構造変化の追跡
    • 学会等名
      第71回日本細胞生物学会大会 第19回日本蛋白質科学会年会 合同年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 親水性領域部分断片とFab断片の共結晶構造解析による膜内切断酵素特異的抗体のエピトープ領域の探索2019

    • 著者名/発表者名
      廣瀬 建、金子 美華、加藤 幸成、禾 晃和
    • 学会等名
      日本結晶学会2020年度年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Insertion of the PA tag into a target protein and promotion of the crystallization by utilizing the NZ-1 Fab as a crystallization chaperone2019

    • 著者名/発表者名
      Risako Tamura, Rika Oi, Satoko Akashi, Mika K. Kaneko, Yukinari Kato, Terukazu Nogi
    • 学会等名
      AsCA2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Exploration of structural determinants of binding selectivity in semaphorin-plexin pairs through hybrid approach of in vitro/in silico analyses2019

    • 著者名/発表者名
      Tsubasa Tanaka, Erena Shimoji, Meri Nagatomo, Tsutomu Yamane, Toru Ekimoto, Makiko Neyazaki, Rika Oi, Mitsunori Ikeguchi, Terukazu Nogi
    • 学会等名
      AsCA2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [備考] 構造医科学部門・構造生物学研究室(禾グループ)

    • URL

      http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/xtal-mls/members/nogi/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/xtal-mls/members/nogi/index.html

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 横浜市立大学大学院生命医科学研究科構造生物学研究室

    • URL

      http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/xtal-mls/members/nogi/index.html

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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