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地球温暖化緩和をめざした全原子構造情報に基づくヒドロゲナーゼ反応機構の全容解明

研究課題

研究課題/領域番号 19H03173
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構

研究代表者

玉田 太郎  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, グループリーダー (50391248)

研究分担者 廣本 武史  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 主幹研究員 (80609884)
栗原 和男  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 上席研究員 (50354890)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
13,650千円 (直接経費: 10,500千円、間接経費: 3,150千円)
2021年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2020年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2019年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
キーワードタンパク質 / 立体構造 / X線・中性子 / 水素 / 蛋白質 / X線・中性子
研究開始時の研究の概要

「水素の合成・分解」を触媒するヒドロゲナーゼの機能を真に理解するためには、反応中の各状態の水素原子を直接観測することが必須であるため、水素原子の直接観察に長けたプローブである「中性子」を中核に据え、X線を相補的に組み合わせた構造解析からヒドロゲナーゼ触媒サイクルにおける活性状態(Ni-R還元型, Ni-C還元型, Ni-SIa還元型)の全原子構造情報を高精度に取得する。

研究成果の概要

ヒドロゲナーゼが触媒する水素の合成・分解反応の全原子レベルでの全容解明を目指して、ヒドロゲナーゼ酸化型および還元型の中性子およびX線結晶構造解析を実施した。Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F由来ヒドロゲナーゼ酸化型の中性子構造解析では、先行研究で見出した新たなコンフォメーションも考慮した構造精密化を完了し、活性中心に存在する酸素原子種の同定やプロトン輸送・電子伝達経路の理解に繋がる水素/重水素の直接観察に成功した。還元型の構造解析では、メチルビオロゲン処理による還元条件の最適化を実施し、水素および重水素還元したヒドロゲナーゼの中性子回折データを収集した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ヒドロゲナーゼは水素の合成・分解を両方向に常温・常圧で触媒する特長を有している。水素原子の直接観察に長けた中性子を軸にした構造解析によるヒドロゲナーゼの反応メカニズムの全原子レベルでの全容解明を目指して研究を実施した。Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F由来ヒドロゲナーゼ酸化型の中性子結晶構造解析を完了し、還元型についても中性子回折データを収集出来た。精緻な構造情報に基づいたヒドロゲナーゼ模倣化合物や高機能ヒドロゲナーゼの作成を通じて、クリーンエネルギー実現、さらには温室効果ガス削減による環境問題解決が期待される。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 2件、 招待講演 4件)

  • [雑誌論文] The Challenge of Visualizing the Bridging Hydride at the Active Site and Proton Network of [NiFe]-Hydrogenase by Neutron Crystallography2021

    • 著者名/発表者名
      Hiromoto Takeshi、Nishikawa Koji、Tamada Taro、Higuchi Yoshiki
    • 雑誌名

      Topics in Catalysis

      巻: - 号: 9-12 ページ: 622-630

    • DOI

      10.1007/s11244-021-01417-0

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Towards cryogenic neutron crystallography on the reduced form of [NiFe]-hydrogenase2020

    • 著者名/発表者名
      Hiromoto Takeshi、Nishikawa Koji、Inoue Seiya、Matsuura Hiroaki、Hirano Yu、Kurihara Kazuo、Kusaka Katsuhiro、Cuneo Matthew、Coates Leighton、Tamada Taro、Higuchi Yoshiki
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      巻: 76 号: 10 ページ: 946-953

    • DOI

      10.1107/s2059798320011365

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 中性子回折によるヒドロゲナーゼを構成する全原子の可視化2021

    • 著者名/発表者名
      廣本武史、西川幸志、樋口芳樹、玉田太郎
    • 学会等名
      量子生命科学会第3回大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F株由来[NiFe]-ヒドロゲナーゼの中性子結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      玉田太郎、廣本武史、西川幸志、平野優、日下勝弘、Leighton Coates、樋口芳樹
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 中性子結晶解析でかなうウェットとドライの融合2021

    • 著者名/発表者名
      玉田太郎
    • 学会等名
      CBI研究機構 量子構造生命科学研究所 中性子産業利用推進協議会 生物 ・ 生体材料研究会 合同シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 中性子回折を用いた構造解析の展望2021

    • 著者名/発表者名
      玉田太郎
    • 学会等名
      2020年度中性子構造生物学研究会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Neutron diffraction studies of [NiFe]-hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2020

    • 著者名/発表者名
      T. Tamada, T. Hiromoto, K. Nishikawa, Y. Hirano, K. Kusaka, L. Coates, Y. Higuchi
    • 学会等名
      The 20th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 中性子回折によるヒドロゲナーゼの立体構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      廣本武史、西川幸志、樋口芳樹、玉田太郎
    • 学会等名
      量子生命科学会第2回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 量子構造生物学への展望と1MWへの期待2020

    • 著者名/発表者名
      玉田太郎
    • 学会等名
      高エネルギー加速器研究機構1MWワークショップ
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F株由来[NiFe]-ヒドロゲナーゼの中性子回折実験2019

    • 著者名/発表者名
      玉田 太郎、廣本 武史、西川 幸志、井上 誠也、平野 優、樋口 芳樹
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学大会 合同年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Neutron diffraction experiments on [NiFe]-hydrogenase crystallized under H2 atmosphere2019

    • 著者名/発表者名
      Hiromoto T, Nishikawa K, Matsuura H, Hirano Y, Kusaka K, Cuneo M, Tamada T, Higuchi Y
    • 学会等名
      International Symposium on Diffraction Structure Biology 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F株由来[NiFe]-ヒドロゲナーゼの中性子回折実験2019

    • 著者名/発表者名
      玉田 太郎、廣本 武史、西川 幸志、井上 誠也、平野 優、樋口 芳樹
    • 学会等名
      日本結晶学会令和元年(2019)度年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Structural biology relating to electron transfer2019

    • 著者名/発表者名
      Tamada T and Hirano Y
    • 学会等名
      3rd QST International Symposium
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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