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動態・局在ナノ相関法開拓:超解像1分子同時イメージングによる転写制御の相分離解明

研究課題

研究課題/領域番号 19H03192
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関東京工業大学

研究代表者

徳永 万喜洋  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (00192659)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2021年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2020年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2019年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
キーワード生物物理 / バイオイメージング / 超解像顕微鏡 / 1分子イメージング / 生体分子計測 / ナノ定量解析 / 生細胞分子動態 / 生体分子機能 / 細胞情報・動態 / 超解像イメージング / 1分子イメージング軌跡追跡 / 移動部分軌跡解析法 / 動態・局在ナノ相関解析 / 液相分離
研究開始時の研究の概要

超解像顕微鏡法と1分子イメージングの同時観察から得られる、10ナノメートルオーダーの局在・分子動態・分子間相互作用の定量データ群を、相関解析し統合的に関連付ける新しい方法として、“動態・局在ナノ相関解析法”を開拓する。
申請者らが開発した、1分子蛍光イメージングを用いた“移動部分軌跡解析法”は、分子動態と分子間相互作用を時間・空間の関数として定量することを可能にした。生細胞の高速超解像顕微鏡法等の独自技術を融合発展させ、従来に無い新しい種類の情報をもたらす。
ナノ相関解析法は、近年注目を集める液相分離研究に強力な新手法を提供する。遺伝子発現制御に適用し、液相の観点から新たな概念を創出する。

研究成果の概要

超解像顕微鏡法と1分子イメージングの同時観察から得られる分子局在・分子動態・分子間相互作用の定量データ群を、統合的に関連付ける新しい方法を開拓した。生細胞で、超解像イメージングと1分子蛍光イメージングとを同時観察できる蛍光顕微鏡を、従来開発技術を改良し高精度化した。1分子イメージング動態解析、超解像解析ともに、従来法の改良に加え、種々の定量法を導入し、多種の定量データを取得可能にした。ナノ局在・1分子イメージング・領域マーカーの多種多色画像を関連付け、解析する手法を開発し、分子機能の解明に結びつける方法を開拓した。転写複合体、核小体、ヘテロクマチンに関し、液相の観点から特徴を明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

生体分子の機能を明らかし、生命の働きの分子機構を解明することは、生命現象を分子レベルで理解するために必須である。この理解は、健康な生活や疾病の予防・治療へとつながる。現在、遺伝子やタンパク質などの配列情報や、生体分子の原子座標レベルでの立体構造は、格段の技術的進歩により大きく解明されている。しかし、実際に生きている細胞の中で、どのように分子が動き、他分子と相互作用し、生命機能を実現しているのかという、動的な状態と機能との関係は、未解明の点が多く残されている。本研究の成果は、この問題解決に新たな手法を提示し、分子機能と機構の解明に飛躍知をもたらす礎となり、生命科学全般への波及効果が期待できる。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (22件) (うち国際学会 2件、 招待講演 4件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Live imaging of transcription sites using an elongating RNA polymerase II-specific probe.2022

    • 著者名/発表者名
      Uchino S, Ito Y, Sato Y, Handa T, Ohkawa Y, Tokunaga M, Kimura H.
    • 雑誌名

      J Cell Biol.

      巻: 221 号: 2 ページ: 1-23

    • DOI

      10.1083/jcb.202104134

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ribosomal protein L5 facilitates rDNA-bundled condensate and nucleolar assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Matsumori Haruka、Watanabe Kenji、Tachiwana Hiroaki、Fujita Tomoko、Ito Yuma、Tokunaga Makio、Sakata-Sogawa Kumiko、Osakada Hiroko、Haraguchi Tokuko、Awazu Akinori、Ochiai Hiroshi、Sakata Yuka、Ochiai Koji、Toki Tsutomu、Ito Etsuro、Goldberg Ilya G、Tokunaga Kazuaki、Nakao Mitsuyoshi、Saitoh Noriko
    • 雑誌名

      Life Science Alliance

      巻: 5 号: 7 ページ: 1-18

    • DOI

      10.26508/lsa.202101045

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Visualizing looping of two endogenous genomic loci using synthetic zinc‐finger proteins with anti‐FLAG and anti‐HA frankenbodies in living cells2021

    • 著者名/発表者名
      Liu Yang、Zhao Ning、Kanemaki Masato T.、Yamamoto Yotaro、Sadamura Yoshifusa、Ito Yuma、Tokunaga Makio、Stasevich Timothy J.、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 26 号: 11 ページ: 905-926

    • DOI

      10.1111/gtc.12893

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Visualizing transcription sites in living cells using a genetically encoded probe specific for the elongating form of RNA polymerase II2021

    • 著者名/発表者名
      Uchino Satoshi、Ito Yuma、Sato Yuko、Handa Tetsuya、Ohkawa Yasuyuki、Tokunaga Makio、Kimura Hitoshi
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: - ページ: 441582-441582

    • DOI

      10.1101/2021.04.27.441582

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] Live imaging of the initiation and elongation forms of RNA polymerase II using phosphorylation-specific probes2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Uchino, Yuma Ito, Jessica Dai, Yuko Sato, Tetsuya Handa, Yasuyuki Ohkawa, Makio Tokunaga, Hiroshi Kimura
    • 学会等名
      The 30th Hot Spring Harbor International Symposium
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Simultaneous single molecule imaging of RNA polymerase II dynamics and chromatin nanostructures in living cells2022

    • 著者名/発表者名
      Ito Y, Tokunaga M
    • 学会等名
      66th Biophysical Society Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Single-molecule imaging analysis of RNA-dependent dynamics of phase-separated nucleolar protens in living cells2021

    • 著者名/発表者名
      伊藤 由馬, Sirisukhodom Supanut, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule super-resolution analysis for nano-scale interaction between RNA polymeraseII and chromatin2021

    • 著者名/発表者名
      伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Structural changes in heterochromatin involved in cell cycle using single-molecule and super-resolution imaging2021

    • 著者名/発表者名
      中野 真徳, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule analysis of state-specific histone mobility in chromatin subcompartments with different epigenetic modifications2021

    • 著者名/発表者名
      廣瀬 仁教, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] A simulation study to evaluate improvement of three-dimensional localization precision of single molecule images using adaptive optics2021

    • 著者名/発表者名
      周 翔, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 生細胞プローブを用いた不活性化X染色体動態と転写制御の解析2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤 優子, 内野 哲志, 堀 真弥子, 伊藤 由馬, 前原 一満, 大川 恭行, 徳永 万喜洋, 木村 宏
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] RPL5 maintains spatial organization of the ribosomal DNA arrays through regulation of biophysical properties of the nucleolus2021

    • 著者名/発表者名
      斉藤 典子, 松森 はるか, 渡邉 健司, 立和名 博昭, 伊藤 由馬, 十川 久美子, 徳永 万喜洋, 粟津 暁紀, 中尾光善
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 転写伸長型RNAポリメラーゼII可視化プローブによる生細胞内における 転 写伸長部位の観察2021

    • 著者名/発表者名
      内野 哲志, 伊藤 由馬, Jessica Dai, 佐藤 優子, 半田 哲也, 大川 恭行, 徳永 万喜洋, 木村 宏
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] リン酸化型RNAポリメラーゼII可視化プローブによる転写部位の生細胞観察2021

    • 著者名/発表者名
      内野 哲志, 伊藤 由馬, 佐藤 優子, 半田 哲也, 大川 恭行, 徳永 万喜洋, 木村 宏
    • 学会等名
      第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 多色1分子イメージングによる免疫細胞活性化における中心体移動とマイクロクラスター形成の機構2020

    • 著者名/発表者名
      徳永 万喜洋
    • 学会等名
      HiHA Webセミナー
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Quantification of dynamics and kinetics using single-molecule and super-resolution imaging in living cells2020

    • 著者名/発表者名
      伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Nano-scale localization analysis of histone variants in living cells using single-molecule super-resolution imaging2020

    • 著者名/発表者名
      伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Dynamics of Heterochromatin protein 1α inside and outside chromocenter domain in living cells using single-molecule imaging2020

    • 著者名/発表者名
      中野 真徳, 伊藤 由馬, 前田 高宏, 小布施 力史, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Light field simulation of single-molecule imaging for aberration correction using adaptive optics2020

    • 著者名/発表者名
      周 翔, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Multicolor single-molecule imaging analysis of the nucleolar proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Sirisukhodom Supanut, 伊藤 由馬, 斉藤 典子, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule super-resolution imaging of chromatin proteins for quantification of nanoscale dynamics and localization2019

    • 著者名/発表者名
      伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学大会 合同年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A single-molecule localization approach to quantify the interaction between transcriptional machinery and chromatin structure2019

    • 著者名/発表者名
      伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular localization and dynamics of Mediator regulating transcription elongation using single-molecule and super-resolution microscopy2019

    • 著者名/発表者名
      伊藤 由馬, 國見 慎之介, 高橋 秀尚, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Single-molecule dynamics and localization of nucleolar proteins in phase-separated compartments of nucleolus2019

    • 著者名/発表者名
      Sirisukhodom Supanut, 松本 大輝, 伊藤 由馬, 斉藤 典子, 十川 久美子, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Dynamics and localization of Heterochromatin protein 1α involved in phase separation using single-molecule and super-resolution imaging2019

    • 著者名/発表者名
      前田 高宏, 伊藤 由馬, 磯部 真也, 小布施 力史, 徳永 万喜洋
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] 東京工業大学 生命理工学院 徳永研究室

    • URL

      http://www.toku.bio.titech.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
  • [備考] 東京工業大学 生命理工学研究科 生命情報専攻 徳永・十川研究室

    • URL

      http://www.toku.bio.titech.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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