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DNAカーテンと粗視化シミュレーションによるコンデンシン分子モーターの機構解明

研究課題

研究課題/領域番号 19H03194
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関京都大学

研究代表者

寺川 剛  京都大学, 理学研究科, 助教 (20809652)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
18,070千円 (直接経費: 13,900千円、間接経費: 4,170千円)
2021年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2020年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2019年度: 13,910千円 (直接経費: 10,700千円、間接経費: 3,210千円)
キーワード1分子蛍光イメージング / DNAカーテン / 粗視化分子動力学シミュレーション / コンデンシン / 蛍光顕微鏡観察 / 一分子実験 / 分子モーター
研究開始時の研究の概要

クロマチンの構造とその変化は、DNAの転写・修復・複製に重要な役割を果たし、真核生物の根幹を支える現象である。クロマチンは、細胞分裂期にコンパクトな棒状の構造に変化する。申請者は近年、この構造変化を引き起こすコンデンシンというタンパク質が分子モーターであることを明らかにした。本研究では、粗視化分子動力学シミュレーションと1分子蛍光イメージングを併用することで、コンデンシン分子モーターの作動機構を解明する。

研究成果の概要

コンデンシンは、有糸分裂期に分子モーターとして染色体ループを形成することで、染色体凝縮を引き起こすタンパク質である。これまでの研究では、コンデンシンが染色体ループを形成する分子機構がわかっていなかった。本研究では、1分子蛍光イメージング (DNAカーテンアッセイ) と粗視化分子動力学シミュレーションを用いて、① コンデンシンのヒンジ領域が構造変化してDNAと結合できるようになること、②コンデンシンはそのヌクレオチド状態に応じてことなる構造に変化すること、③障害物を避けられるトランスロケーションモードと避けられないモードがあることを明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

染色体凝縮は、複製されたゲノムDNAの娘細胞への正確な分配を保証する、生命の根幹をなす重要な現象である。本研究では、染色体凝集を引き起こすコンデンシンが、染色体ループを形成する分子機構を明らかにすることができた。これは、複製されたゲノムDNAが娘細胞に正確に分配されるしくみを明らかにするために重要な成果である。また、コンデンシンのように染色体の構造形成に関わるタンパク質の不全はCornelia de Lange症候群のような遺伝疾患を引き起こす。それらの深刻な疾患の分子機序の理解に重要な成果である。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Single-molecule junction spontaneously restored by DNA zipper2021

    • 著者名/発表者名
      Harashima Takanori、Fujii Shintaro、Jono Yuki、Terakawa Tsuyoshi、Kurita Noriyuki、Kaneko Satoshi、Kiguchi Manabu、Nishino Tomoaki
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 5762-5762

    • DOI

      10.1038/s41467-021-25943-3

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The lane-switch mechanism for nucleosome repositioning by DNA translocase2021

    • 著者名/発表者名
      Nagae Fritz、Brandani Giovanni B、Takada Shoji、Terakawa Tsuyoshi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 49 号: 16 ページ: 9066-9076

    • DOI

      10.1093/nar/gkab664

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Modeling of DNA binding to the condensin hinge domain using molecular dynamics simulations guided by atomic force microscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Koide Hiroki、Kodera Noriyuki、Bisht Shveta、Takada Shoji、Terakawa Tsuyoshi
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 17 号: 7 ページ: e1009265-e1009265

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1009265

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Evaluation of DNA binding of yeast replisome toward single-molecule observation of DNA replication2021

    • 著者名/発表者名
      Mayu S. Terakawa、Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Molecular mechanism of MutS sliding on DNA explored by coarse-grained molecular dynamics simulations2021

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Inoue、Shoji Takada、Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] The lane switch mechanism: Nucleosome repositioning induced by a DNA translocase2021

    • 著者名/発表者名
      Fritz Nagae、Giovanni B. Brandani、Shoji Takada、Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics simulations of the yeast condensin holo complex towards elucidation of the mechanism of DNA loop extrusion2021

    • 著者名/発表者名
      Hiiroki Koide、Shoji Takada、Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Nucleosome repositioning dynamics upon collision with a translocase2021

    • 著者名/発表者名
      Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA translocase repositions a nucleosome by the lane-switch mechanism2021

    • 著者名/発表者名
      Fritz Nagae、Giovanni B. Brandani、Shoji Takada、Tsuyoshi Terakawa
    • 学会等名
      20th IUPAB Congress
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reconstitution of protein functions on chromatin curtain2020

    • 著者名/発表者名
      寺川剛
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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