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ネットワーク構造に基づく生命システムの恒常性創出原理の数理的解明

研究課題

研究課題/領域番号 19H03196
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関京都大学

研究代表者

望月 敦史  京都大学, 医生物学研究所, 教授 (10304726)

研究分担者 青木 一洋  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究, 生命創成探究センター, 教授 (80511427)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2021年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2020年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2019年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
キーワード反応ネットワーク / 制御ネットワーク / 数理理論 / 構造感度解析 / 構造分岐解析 / 細胞周期 / 恒常性 / ネットワーク / 感度解析 / 分岐解析 / チェックポイント制御 / ダイナミクス / 数理解析 / 構造理論 / 数理生物学
研究開始時の研究の概要

多数の化学反応からなる複雑なネットワークのダイナミクスから、細胞の生理機能が生まれ、酵素の量や活性が制御されることで、恒常性などの生体調節機能が実現されると考えられる。複雑なシステムの理論解析の難しさから、生理機能や調節機能が生まれる機構はこれまで充分に理解されてこなかった。本研究では申請者らが開発した新しい数理理論によりこれらの問題を解決し、実際の生命システムにおいて恒常性が生まれる原理や破たんする機構の解明を目指す。恒常性やその破綻が起こる条件をネットワークレベルで決定し、未知の反応の存在などの予測を導く。実験生物学者と共同研究し、予測検証的に生命システムの恒常性の原理を解明する。

研究成果の概要

多数の化学反応からなる複雑なネットワークのダイナミクスから、細胞の生理機能が生まれ、酵素の量や活性が制御されることで、恒常性などの生体調節機能が実現されると考えられる。複雑なシステムの理論解析の難しさから、生理機能や調節機能が生まれる機構はこれまで充分に理解されてこなかった。本研究では申請者らが開発した新しい数理理論によりこれらの問題を解決し、実際の生命システムにおいて恒常性が生まれる原理や破たんする機構の解明を目指す。我々が開発した理論により、恒常性やその破綻が起こる条件をネットワークレベルで決定し予測を導く。実験生物学者と共同研究し、予測検証的に生命システムの恒常性の原理を解明する。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では、ネットワーク構造だけからダイナミクスの振る舞いの解析を可能とする新しい理論を用いて、具体的な生命システムを数理的に解析し、恒常性が生まれる原理やそれが破たんする機構を解明する。これらの理論は以下の特徴を備えている。(i) 反応速度関数の形を仮定する必要がない。 (ii) 解を具体的に解く必要がない。本研究は、実験的に得られたネットワーク構造だけから、直接帰結を導けることが特徴であり、得られる結果は実験生物学的にも強力な情報となる。このような理論は他には無く、極めて独自性の高い研究となる。また、恒常性と破綻に注目することで、生命機能の維持や疾患の理解につなげられる可能性がある。

報告書

(4件)
  • 2022 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 2件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 1件、 招待講演 9件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Using linkage logic theory to control dynamics of a gene regulatory network of a chordate embryo2021

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Kenji、Maeda Kazuki、Tokuoka Miki、Mochizuki Atsushi、Satou Yutaka
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 4001-4001

    • DOI

      10.1038/s41598-021-83045-y

    • NAID

      120006997057

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The gene regulatory system for specifying germ layers in early embryos of the simple chordate2021

    • 著者名/発表者名
      Tokuoka Miki、Maeda Kazuki、Kobayashi Kenji、Mochizuki Atsushi、Satou Yutaka
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7 号: 24

    • DOI

      10.1126/sciadv.abf8210

    • NAID

      120007052732

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quantitative analyses reveal extracellular dynamics of Wnt ligands in Xenopus embryos2021

    • 著者名/発表者名
      Mii Yusuke、Nakazato Kenichi、Pack Chan-Gi、Ikeda Takafumi、Sako Yasushi、Mochizuki Atsushi、Taira Masanori、Takada Shinji
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 10 ページ: 55108-55108

    • DOI

      10.7554/elife.55108

    • NAID

      120007041648

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Flux-augmented bifurcation analysis in chemical reaction network systems2021

    • 著者名/発表者名
      Okada Takashi、Mochizuki Atsushi、Furuta Mikio、Tsai Je-Chiang
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 103 号: 6 ページ: 062212-062212

    • DOI

      10.1103/physreve.103.062212

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] IRAK1-dependent Regnase-1-14-3-3 complex formation controls Regnase-1-mediated mRNA decay2021

    • 著者名/発表者名
      Akaki Kotaro、Ogata Kosuke、Yamauchi Yuhei、Iwai Noriki、Tse Ka Man、Hia Fabian、Mochizuki Atsushi、Ishihama Yasushi、Mino Takashi、Takeuchi Osamu
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 10

    • DOI

      10.7554/elife.71966

    • NAID

      120007166024

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから解明する2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      明治非線形サマーセミナー
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝子ネットワークの構造に基づく細胞運命の操作2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      MathHuB研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから決定する2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      武蔵野大学数理工学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 化学反応ネットワークの構造に基づく振る舞いの解析 -基礎から生命機能まで-2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      開放系トポロジーの探求
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから決定する2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      第35回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Controlling cell fate specification system based on network structure2021

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Mochizuki
    • 学会等名
      DARS-SWARM2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 遺伝子ネットワークの構造に基づく細胞運命決定システムの制御2021

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      ゲーム理論ワークショップ2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命システムの振る舞いをネットワークの形だけから予測する2020

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      生物物理若手の会夏の学校
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 理論とデータの協働によるネットワークシステムの解明2020

    • 著者名/発表者名
      望月敦史
    • 学会等名
      日本数理生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 理論生物学概論2021

    • 著者名/発表者名
      望月 敦史
    • 総ページ数
      328
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      9784320058309
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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