| 研究課題/領域番号 |
19H03214
|
|---|
| 研究種目 |
基盤研究(B)
|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 応募区分 | 一般 |
|---|
| 審査区分 |
小区分43050:ゲノム生物学関連
|
|---|
| 研究機関 | 東京医科歯科大学 (2021)
国立研究開発法人理化学研究所 (2019-2020) |
|---|
研究代表者 |
笹川 洋平 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授 (10404344)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2021年度)
|
| 配分額 *注記 |
16,640千円 (直接経費: 12,800千円、間接経費: 3,840千円)
2021年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2020年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2019年度: 7,410千円 (直接経費: 5,700千円、間接経費: 1,710千円)
|
|---|
| キーワード | cDNA変換 / 長鎖RNA配列 / poly-A tagging / Terminal transferase / 全長cDNA配列 / 逆転写反応 / ターミナルトランスフェラーゼ / 完全長cDNA / ポリAタギング |
|---|
| 研究開始時の研究の概要 |
1細胞以下の細胞内区画や細胞小器官ならび細胞外に放出される膜小胞などの検体に存在する超微量RNA配列の完全長を得る要望は高まっている。そのためには、RNAから増幅可能でかつ完全長cDNAに高効率で変換される必要がある。ターミナルトランスフェラーゼ依存的アダプター付与反応は有力な方法であるが、変換効率が低く、反応に最も重要である、逆転写反応による1本鎖cDNAの3’末端への鋳型非依存的な塩基配列付与の法則が不明である。本研究では、塩基付与の法則を解くことで、cDNA変換効率を抜本的に向上させ、超微量RNAからの全長配列取得を可能にする。
|
| 研究成果の概要 |
本研究では、1細胞以下の細胞内区画や細胞小器官などの検体に存在する超微量RNAの全長配列を高感度に捉えるために、cDNA変換の精緻化及びcDNA全長配列のハイスループットな検出方法の開発を行った。cDNA変換の精緻化では、効率を改善させる複数の候補因子を発見した。加えて、長鎖シーケンサーに適合した全長cDNA検出方法への最適化も行い、おおむねのワークフローを確立することに成功した。
|
| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
1細胞以下の超微量RNAの検出の要望は高まっておりcDNA変換効率の改善が必要であるが、ほとんど改善されないまま使われていた。またcDNA変換は、基礎的な分子生物学的な技術であり、その改善は、微量RNAを扱う研究者・産業界など広範囲に影響を及ぼすと考えられる。本研究での知見は、幅広い分野に直接的な技術貢献をするとともに、超微量RNAからの完全長RNAを可能にし、未知RNAの発見につながると期待される。
|
