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集団ゲノミクスから探るペチュニア属植物の生殖形質進化

研究課題

研究課題/領域番号 19H03271
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分45020:進化生物学関連
研究機関東京大学 (2020-2021)
千葉大学 (2019)

研究代表者

土松 隆志  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (60740107)

研究分担者 上原 浩一  千葉大学, 大学院国際学術研究院, 教授 (20221799)
久保 健一  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任助教 (60403359)
渡辺 均  千葉大学, 環境健康フィールド科学センター, 教授 (80301092)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
17,810千円 (直接経費: 13,700千円、間接経費: 4,110千円)
2021年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2020年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2019年度: 10,400千円 (直接経費: 8,000千円、間接経費: 2,400千円)
キーワード自殖 / 自家不和合性 / 生殖様式 / 自殖シンドローム / 集団ゲノミクス / 生殖システム
研究開始時の研究の概要

植物の中には,自家不和合性をもち他家受精しか行わない種がいる一方で,自家不和合性をもたずに自家受精を行う植物もまた多く存在します.自家受精は,生存力の弱い子孫が生まれるという不利な点がある一方で,1個体でも子供を残せるなど有利な点もあり,植物の中で繰り返し進化してきました.自家受精する植物には,花弁が小さい,花粉の数が少ないなど典型的な花の特徴がいくつもみられます.私達は,進化の過程でどのような遺伝的な変革により自家受精をする植物が進化してきたのか,さまざまな花の特徴はどの遺伝子の変化により起きたのかなどを,ペチュニア属植物を用いて解き明かそうとしています.

研究成果の概要

自家受精する植物でしばしば見られる花形質群「自殖シンドローム」の進化過程を明らかにすることを目的に、ナス科ペチュニア属植物を用いた進化遺伝学的解析を行った。野生系統でみられた自殖シンドローム関連形質の変異の原因遺伝子座をQTL解析から多数同定した。さらに、自家不和合性遺伝子座の塩基配列解析を多検体かつ網羅的に行う新規手法を確立し、その手法を適用することで自家和合化の進化過程を推定した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

自家受精する植物には、花が小型化している、花粉数が少ないなどの典型的な性質が多くあり、これらの形質群をまとめて「自殖シンドローム」と呼びます。本研究では、自殖シンドロームがみられるナス科ペチュニア属植物を用いて、その進化の遺伝的背景を明らかにすることを目指しました。自殖シンドロームの原因となる遺伝子座を複数同定することに成功したほか、自殖性に関連する遺伝子を効率よく検出する新手法も確立しました。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 5件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (23件) (うち国際学会 1件、 招待講演 8件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] The selfing syndrome and beyond: diverse evolutionary consequences of mating system transitions in plants2022

    • 著者名/発表者名
      Takashi Tsuchimatsu, Sota Fujii
    • 雑誌名

      Philosophical Transactions of the Royal Society B

      巻: -

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pollen Number and Ribosome Gene Expression Altered in a Genome-Editing Mutant of REDUCED POLLEN NUMBER1 Gene2022

    • 著者名/発表者名
      Kakui Hiroyuki、Tsuchimatsu Takashi、Yamazaki Misako、Hatakeyama Masaomi、Shimizu Kentaro K.
    • 雑誌名

      Frontiers in Plant Science

      巻: 12 ページ: 1-13

    • DOI

      10.3389/fpls.2021.768584

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Development and characterization of nuclear microsatellite markers to reveal the neutral demographic background of flower color polymorphism in <i>Geranium thunbergii</i> (Geraniaceae)2021

    • 著者名/発表者名
      Kurata Seikan、Sakaguchi Shota、Mishima Hitomi、Tsuchimatsu Takashi、Ito Motomi
    • 雑誌名

      Genes & Genetic Systems

      巻: 96 号: 2 ページ: 99-104

    • DOI

      10.1266/ggs.20-00062

    • NAID

      130008064679

    • ISSN
      1341-7568, 1880-5779
    • 年月日
      2021-04-01
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolution of seed mass associated with mating systems in multiple plant families2021

    • 著者名/発表者名
      Tateyama Hirofumi、Chimura Kaori、Tsuchimatsu Takashi
    • 雑誌名

      Journal of Evolutionary Biology

      巻: 34 号: 12 ページ: 1981-1987

    • DOI

      10.1111/jeb.13949

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Massive rhizobial genomic variations associated with partner quality in Lotus-Mesorhizobium symbiosis2020

    • 著者名/発表者名
      Masaru Bamba, Seishiro Aoki, Tadashi Kajita, Hiroaki Setoguchi, Yasuyuki Watano, Shusei Sato, Takashi Tsuchimatsu
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Ecology

      巻: 96 号: 12

    • DOI

      10.1093/femsec/fiaa202

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Double-locking mechanism of self-compatibility in Arabidopsis thaliana: the synergistic effect of transcriptional depression and disruption of coding region in the male specificity gene.2020

    • 著者名/発表者名
      Suwabe, K., Nagasaka, K., Windari, E. A., Hoshiai, C., Ota, T., Takada, M., Kitazumi, A., Masuko-Suzuki, H., Kagaya, Y., Yano, K., Tsuchimatsu, T., Shimizu, K. K., Takayama, S., Suzuki, G., and Watanabe, M.
    • 雑誌名

      Frontiers in Plant Science

      巻: 11 ページ: 576140-576140

    • DOI

      10.3389/fpls.2020.576140

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Adaptive reduction of male gamete number in the selfing plant Arabidopsis thaliana2020

    • 著者名/発表者名
      Takashi Tsuchimatsu, Hiroyuki Kakui, Misako Yamazaki, Cindy Marona, Hiroki Tsutsui, Afif Hedhly, Dazhe Meng, Yutaka Sato, Thomas Studler, Ueli Grossniklaus, Masahiro M. Kanaoka, Michael Lenhard, Magnus Nordborg and Kentaro K. Shimizu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 号: 1 ページ: 2885-2885

    • DOI

      10.1038/s41467-020-16679-7

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Niche conservatism promotes speciation in cycads: the case of Dioon merolae (Zamiaceae) in Mexico2020

    • 著者名/発表者名
      Gutierrez-Ortega J.S., Salinas-Rodriguez M.M., Ito T., Perez-Farrera M.A., Vovides A.P., Martinez J.F., Molina-Freaner F., Hernandez-Lopez A., Kawaguchi L., Nagano A.J., Kajita T., Watano Y., Tsuchimatsu T., Takahashi Y., Murakami M.
    • 雑誌名

      New Phytologist

      巻: 999 号: 6 ページ: 999-999

    • DOI

      10.1111/nph.16647

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] アブラナ科植物における自家不和合性研究の最前線と育種現場での利用2019

    • 著者名/発表者名
      Tsuchimatsu Takashi、Yasuda Shinsuke、Takada Yoshinobu、Kitashiba Hiroyasu、Niikura Satoshi、Fujimoto Ryo、Kakizaki Tomohiro
    • 雑誌名

      育種学研究

      巻: 21 号: 1 ページ: 61-68

    • DOI

      10.1270/jsbbr.21.W03

    • NAID

      130007664806

    • ISSN
      1344-7629, 1348-1290
    • 年月日
      2019-06-01
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] A stigmatic gene confers interspecies incompatibility in the Brassicaceae2019

    • 著者名/発表者名
      Fujii Sota、Tsuchimatsu Takashi、Kimura Yuka、Ishida Shota、Tangpranomkorn Surachat、Shimosato-Asano Hiroko、Iwano Megumi、Furukawa Shoko、Itoyama Wakana、Wada Yuko、Shimizu Kentaro K.、Takayama Seiji
    • 雑誌名

      Nature Plants

      巻: 5 号: 7 ページ: 731-741

    • DOI

      10.1038/s41477-019-0444-6

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Exploring genetic diversity and signatures of horizontal gene transfer in nodule bacteria associated with Lotus japonicus in natural environments2019

    • 著者名/発表者名
      Bamba, M., Aoki, S., Kajita, T., Setoguchi H., Watano, Y., Sato, S., and Tsuchimatsu, T.
    • 雑誌名

      Molecular Plant-Microbe Interactions

      巻: 印刷中 号: 9 ページ: 1110-1120

    • DOI

      10.1094/mpmi-02-19-0039-r

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ペチュニア野生集団の自家不和合性遺伝子の網羅的同定とその進化動態2022

    • 著者名/発表者名
      前之園大雅、礒野一帆、畑井美穂、黒沼尊紀、上原浩一、久保健一、渡辺均、土松隆志
    • 学会等名
      日本生態学会第69回全国大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ヒメミカヅキモにおける顕著なゲノムサイズ多型の進化的起源と発現パターンへの影響2022

    • 著者名/発表者名
      川口也和子、土金勇樹、 田中啓介、太治輝昭、豊田敦、西山智明、関本弘之、土松隆志
    • 学会等名
      日本生態学会第69回全国大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 被子植物における自家不和合性の進化と喪失の遺伝的基盤2022

    • 著者名/発表者名
      土松隆志
    • 学会等名
      基生研セミナー
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ペチュニア野生集団における自家不和合性遺伝子の網羅的探索と多様性把握2021

    • 著者名/発表者名
      前之園大雅、黒沼尊紀、上原浩一、久保健一、渡辺均、土松隆志
    • 学会等名
      日本植物学会第85回大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ヒメミカヅキモ種内にみられる大規模なゲノムサイズ変異の進化的起源2021

    • 著者名/発表者名
      川口也和子、土金勇樹、田中啓介、太治輝昭、豊田敦、西山智明、関本弘之、土松隆志
    • 学会等名
      日本進化学会第23回東京大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ミヤコグサ-根粒菌共生におけるGxG相互作用に関連する植物遺伝子の探索2021

    • 著者名/発表者名
      番場大、青木誠志郎、梶田忠、瀬戸口浩彰、綿野泰行、佐藤修正、土松隆志
    • 学会等名
      日本進化学会第23回東京大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Doing a postdoc in Europe: On the lab choice, fellowships, and career development2021

    • 著者名/発表者名
      土松隆志
    • 学会等名
      EMBO-MBSJ Forum for Early Career Researchers: International Mobility and Exchange Opportunities for Japanese Early-Career Researchers: Experiences from Europe(第44回日本分子生物学会年会)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 植物の適応戦略をゲノムから探る2021

    • 著者名/発表者名
      土松隆志
    • 学会等名
      千葉大学先進科学センター
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 自家不和合性と自家受精の進化のゲノム基盤2020

    • 著者名/発表者名
      土松隆志
    • 学会等名
      オンライン植物研究者の会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 野生ペチュニアにおける自家不和合性遺伝子座の網羅的配列解析手法の確立2020

    • 著者名/発表者名
      前之園大雅、黒沼尊紀、上原浩一、渡辺均、土松隆志
    • 学会等名
      日本進化学会第22回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 全ゲノムデータからみたヒメミカヅキモの自殖系統におけるホメオログ間組み換え2020

    • 著者名/発表者名
      川口也和子、土金勇樹、田中啓介、太治輝昭、豊田敦、西山智明、関本弘之、土松隆志
    • 学会等名
      日本植物学会第84回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 自殖種は他殖種より種子が小さいか?:メタ解析によるアプローチ2020

    • 著者名/発表者名
      竪山裕文、土松隆志
    • 学会等名
      日本植物学会第84回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム量から明らかにするヒメミカヅキモの多様性2020

    • 著者名/発表者名
      土金勇樹、川口也和子、上原浩一、土松隆志
    • 学会等名
      日本植物学会第84回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] マメ科植物-根粒菌共生関係における遺伝子型×遺伝子型 (G×G) 相互作用に関連する植物遺伝子座にかかる自然選択2020

    • 著者名/発表者名
      番場大、青木誠志郎、梶田忠、瀬戸口浩彰、綿野泰行、佐藤修正、土松隆志
    • 学会等名
      日本共生生物学会第4回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] The evolutionary maintenance of diverse self-incompatibility systems in flowering plants2020

    • 著者名/発表者名
      Takashi Tsuchimatsu
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Genetic basis underlying the plant fitness variation in a nitrogen-fixing plant-microbe symbiosis2019

    • 著者名/発表者名
      M. Bamba, S. Aoki, T. Kajita, H. Setoguchi, Y. Watano, S. Sato, and T. Tsuchimatsu
    • 学会等名
      日本進化学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 接合藻ヒメミカヅキモにおける生殖様式の平行進化:全ゲノムデータから探る2019

    • 著者名/発表者名
      川口也和子,土金勇樹,田中啓介,太治輝昭,豊田敦,西山智明,関本弘之,土松隆志
    • 学会等名
      日本進化学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ミヤコグサ野生系統の生育と共生根粒菌ゲノムの関連2019

    • 著者名/発表者名
      番場大,青木誠志郎,梶田忠,瀬戸口浩彰,綿野泰行,佐藤修正,土松隆志
    • 学会等名
      日本植物学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 接合藻ヒメミカヅキモにおける生殖様式の進化:有性生殖関連遺伝子の系統間比較2019

    • 著者名/発表者名
      川口也和子,土金勇樹,田中啓介,太治輝昭,豊田敦,西山智明,関本弘之,土松隆志
    • 学会等名
      日本植物学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ペチュニア属植物における花形質の変異及びRAD-seqによる集団構造の解析2019

    • 著者名/発表者名
      佐々木星紀,渡辺均,上原浩一,土松隆志 ペチュニア属植物における花形質の変異及びRAD-seqによる集団構造の解析
    • 学会等名
      日本植物学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 自家不和合性システムと自家受精の進化2019

    • 著者名/発表者名
      土松隆志
    • 学会等名
      日本シダ学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] マメ科植物-根粒菌共生関係の多様性創出に関連する根粒菌ゲノム領域2019

    • 著者名/発表者名
      番場大,青木誠志郎,梶田忠,瀬戸口浩彰,綿野泰行,佐藤修正,土松隆志
    • 学会等名
      植物微生物学研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 植物における自家不和合性システムと自家受精の進化2019

    • 著者名/発表者名
      土松隆志
    • 学会等名
      岡山大学昆虫学土曜セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 「マメ科植物の生育を促す根粒菌の多様性解明」『バイオスティミュラントハンドブック ~植物の生理活性プロセスから資材開発、適用事例まで~』2022

    • 著者名/発表者名
      番場大、佐藤修正、土松隆志
    • 総ページ数
      500
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      9784860437695
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] Tsuchimatsu Lab

    • URL

      https://tsuchimatsu.wordpress.com/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書 2019 実績報告書

URL: 

公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-12-25  

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