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湖沼深水層に卓越する微生物の世界

研究課題

研究課題/領域番号 19H03302
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分45040:生態学および環境学関連
研究機関京都大学

研究代表者

中野 伸一  京都大学, 生態学研究センター, 教授 (50270723)

研究分担者 三木 健  龍谷大学, 先端理工学部, 教授 (00815508)
山口 保彦  滋賀県琵琶湖環境科学研究センター, 総合解析部門, 研究員 (50726221)
早川 和秀  滋賀県琵琶湖環境科学研究センター, 総合解析部門, 部門長 (80291178)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2021年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2020年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2019年度: 7,150千円 (直接経費: 5,500千円、間接経費: 1,650千円)
キーワード琵琶湖 / 深水層 / 微生物ループ / CL500-11細菌 / 溶存態有機物 / 準易分解性溶存有機物 / キネトプラスチド鞭毛虫 / 溶存有機物 / 湖沼深水層 / CL500-11 / 原生生物 / 湖沼 / 細菌
研究開始時の研究の概要

湖沼の深水層において、細菌による溶存有機物の利用、原生生物の摂食およびウィルスの感染による細菌の死滅までを調べ、湖沼深水層における微生物ループの動態を明らかにする。群集・ゲノム解析による細菌と原生生物の多様性と生理生態学的特性の解明、最先端測定機器による有機物化学分析による細菌餌資源の検討、海外研究者との共同による最先端技術を用いる細菌の死滅過程の定性・定量的解析を行う。これらにより、湖沼深水層の微生物ループを基軸とした「Hypolimnion ecology(湖沼深水層生態学)」を提唱し、これまで未解明な秘境生態系とも言える湖沼深水層における生態学の学術基盤を構築する。

研究成果の概要

本研究は、湖沼深水層における微生物ループの動態解明を通じて、湖沼深水層における生態学の学術基盤を構築することを目的とした。主に植物プランクトンの沈降により深水層へと供給された有機物は、CL500-11細菌などの深水層で優占する細菌群集により高分子溶存態有機物へと変換されることが示唆された。深水層の細菌群集は、現場に存在する溶存態有機物に局所適応した分解能力を有していなかった。本研究では琵琶深水層について、世界的に質・量ともに類を見ない規模のゲノムカタログを得ただけでなく、琵琶湖に特化した細菌遺伝子発現カタログも作成した。一方、細菌の死滅過程については、さらなる課題が見つかった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

従来、湖沼の生態学的プロセスに関する研究は、そのほとんどが太陽光が透過する光合成が活発な表水層において行われてきた。一方、湖沼の最下層で底泥を含まない深水層は、太陽光が届かず、水温も低く、生物の現存量・生産が低いために、多くの研究者の注目を受けることが無かった。深水層の生態系は、細菌や原生生物などの微生物が優占するシステムであると考えられ、本研究は深水層の生態学的プロセスの全容を解明する端緒となる。また、気候変動により湖沼深水層の貧酸素化が懸念される現在、本研究は地球環境問題に対しても重要な情報を提供する。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 7件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] チェコ科学アカデミー・水生生物研究所(チェコ)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] チェコ科学アカデミー・水生生物研究所(チェコ)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] チェコ科学アカデミー・水生生物研究所(チェコ)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Application of image analysis for algal biomass quantification: a low-cost and non-destructive method based on HSI color space2021

    • 著者名/発表者名
      Jiang, M., S. Nakano
    • 雑誌名

      Journal of Applied Phycology

      巻: 33 号: 6 ページ: 3709-3717

    • DOI

      10.1007/s10811-021-02571-4

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phylogenetic diversity of the picocyanobacterial community from a novel winter bloom in Lake Biwa2021

    • 著者名/発表者名
      Cai, J., Y. Hodoki, S. Nakano
    • 雑誌名

      Limnology

      巻: 22 号: 2 ページ: 161-167

    • DOI

      10.1007/s10201-020-00649-5

    • NAID

      40022532743

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Influence of potential grazers on picocyanobacterial abundance in Lake Biwa revealed with empirical dynamic modeling2020

    • 著者名/発表者名
      Cai, J., Y. Hodoki, M. Ushio, S. Nakano
    • 雑誌名

      Inland Waters

      巻: 10 号: 3 ページ: 386-396

    • DOI

      10.1080/20442041.2020.1711682

    • NAID

      120007184435

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome‐resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus‐host interactions in a deep freshwater lake2019

    • 著者名/発表者名
      Okazaki Yusuke、Nishimura Yosuke、Yoshida Takashi、Ogata Hiroyuki、Nakano Shin‐ichi
    • 雑誌名

      Environmental Microbiology

      巻: 21 号: 12 ページ: 4740-4754

    • DOI

      10.1111/1462-2920.14816

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Widespread dominance of kinetoplastids and unexpected presence of diplonemids in deep freshwater lakes.2019

    • 著者名/発表者名
      Mukherjee I, Hodoki Y, Okazaki Y, Fujinaga S, Ohbayashi K, Nakano S.
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 10 ページ: 2375-2375

    • DOI

      10.3389/fmicb.2019.02375

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Long term research in Lake Biwa with special reference to global climate change2021

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichi Nakano
    • 学会等名
      9th Congress of the East Asian Federation of Ecological Societies
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A Unique Microbial Loop in the Hypolimnion of Lake Biwa2021

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichi Nakano
    • 学会等名
      35th Congress of the International Society of Limnology
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 湖と河川における溶存有機物の分子サイズ別の生分解速度2021

    • 著者名/発表者名
      山口保彦, 霜鳥孝一, 今井章雄, 岡崎友輔, 尾原禎幸, 中村光穂, 七里将一, 岡本高弘, 早川和秀
    • 学会等名
      日本地球惑星科学連合2021年大会(オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Biodegradation kinetics and molecular-size distribution of freshwater dissolved organic matter during long-term incubations2021

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, Y. T., Shimotori, K., Imai, A., Okazaki, Y., Ohara, T., Nakamura, M., Hichiri, S., Okamoto, T., and Hayakawa K.
    • 学会等名
      ASLO 2021 Aquatic Sciences Meeting(オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Biodegradation kinetics of different molecular-size classes of freshwater dissolved organic matter during long-term incubations2021

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, Y. T., Shimotori, K., Imai, A., Okazaki, Y., Ohara, T., Nakamura, M., Hichiri, S., Okamoto, T., and Hayakawa K.
    • 学会等名
      SIL 2021: 35th Congress of the International Society of Limnology(オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 琵琶湖の水質と生態系の保全にかかる有機物循環の解析:溶存有機物の分子サイズ別分解速度と湖内物質循環への寄与2021

    • 著者名/発表者名
      山口保彦, 霜鳥孝一, 今井章雄, 岡崎友輔, 尾原禎幸, 中村光穂, 七里将一, 岡本高弘, 早川和秀
    • 学会等名
      2021年度日本腐植物質学会第37回講演会(オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 水圏溶存有機物のサイズ反応性連続体モデルを再考する2021

    • 著者名/発表者名
      山口保彦
    • 学会等名
      第38回有機地球化学シンポジウム(オンライン&札幌)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Ecogenomics of bacteria and viruses in the water column of Lake Biwa2021

    • 著者名/発表者名
      Okazaki, Y.
    • 学会等名
      SIL 2021: 35th Congress of the International Society of Limnology(オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ロングリード解析で拓くメタゲノムビニングの限界と環境細菌ゲノムの微小多様性2021

    • 著者名/発表者名
      岡崎友輔, 中野伸一, 豊田敦, 玉木秀幸
    • 学会等名
      微生物生態学会第34回大会 (2021.10, オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 湖内および湖間の細菌のゲノム多様性の解明2021

    • 著者名/発表者名
      岡崎友輔, 藤永承平, 田中敦, 高津文人, 大八木英夫, 中野伸一
    • 学会等名
      日本陸水学会第85回大会 (2021.9, オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Macroscale vertical power-law distribution of bacteria in dark oceans can emerge from microscale bacteria-particle interactions2021

    • 著者名/発表者名
      Takeshi MIKI, Po-Ju KE
    • 学会等名
      日本生態学会第68回全国大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Distribution of “minor” amino acids enantiomers in dissolved organic matter in marine vs. inland waters2020

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi, Y. T., McCarthy M. D., Yoshimizu C., Tayasu I., Koba K., and Hayakawa K.
    • 学会等名
      Goldschmidt2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 細菌由来の準易分解性溶存有機窒素が水圏の栄養塩供給経路となる可能性について2020

    • 著者名/発表者名
      山口保彦
    • 学会等名
      2020年度日本地球化学会第67回年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Major modelling approaches that are useful to environmental microbiology: their applicability and limitations2020

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Miki
    • 学会等名
      チリ微生物学会シンポジウム (Congreso SoMiCh 2020)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 大水深湖に生息する細菌の系統地理的パターンの解明2019

    • 著者名/発表者名
      岡崎友輔, 藤永承平, 田中敦, 高津文人, 大八木英夫, 中野伸一
    • 学会等名
      日本陸水学会第84回大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] メタゲノム解析による湖水中のファージの多様性と生態の解明2019

    • 著者名/発表者名
      岡崎友輔, 西村陽介, 吉田天士, 緒方博之, 中野伸一
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第33 回大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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