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ナノ地球微生物学:酸化鉄ナノ鉱物の生成・溶解を駆動する微生物から紐解く元素循環

研究課題

研究課題/領域番号 19H03310
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分45040:生態学および環境学関連
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

加藤 真悟  国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソース研究センター, 上級研究員 (40554548)

研究分担者 鈴木 庸平  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (00359168)
伊藤 隆  国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソース研究センター, 特別嘱託研究員 (80321727)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,030千円 (直接経費: 13,100千円、間接経費: 3,930千円)
2023年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2022年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2021年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2019年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
キーワード鉄酸化菌 / 鉄還元菌 / 分離培養 / メタゲノム / バイオミネラル / 生物地球化学的循環 / ナノ鉱物 / 微生物ダークマター / 鉄バクテリア / 生物地球化学循環 / 鉄酸化微生物 / 鉄還元微生物 / バイオミネラリゼーション / 微生物
研究開始時の研究の概要

微生物による鉄の酸化還元及び酸化鉄ナノ鉱物の生成溶解、それに伴う様々な元素の吸着溶脱は、地球規模での物質循環や生態系の成り立ちを理解する上で、鍵となる反応である。本研究では、「多種多様な未培養微生物が、酸化鉄ナノ鉱物の生成と溶解を駆動し、地球表層環境における様々な元素の挙動・循環を支配している」という作業仮説を立て、分離培養を基軸として、最先端の分子生物学および鉱物学的手法を駆使して、その検証を行う。本研究は、地球規模での元素循環を理解する上でのパラダイムシフトとなる可能性を秘めている。

研究成果の概要

本研究では、微生物の分離培養を通じて、地球表層環境における酸化鉄ナノ鉱物の生成・溶解プロセスの実態を解明することを目的とした。様々な環境から、系統的に新規かつ多様な鉄酸化微生物および鉄還元微生物の分離株の獲得およびリソース化に成功した。中性pH付近で、単独で鉄を酸化も還元もできる微生物が存在することを、世界で初めて報告した。培養実験により、これらの鉄酸化・還元微生物が酸化鉄ナノ鉱物を生成・溶解することを実証した。以上、自然界における鉄および関連元素の循環への微生物による貢献の一端を明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、鉄循環を駆動する新規微生物の存在を実証しただけでなく、まだ同定されていない鉄駆動微生物が自然界には多種存在していることを示唆している。本研究で獲得した新規微生物は、公的菌株保存機関に寄託され、一部は一般の研究者にすでに公開されているため、さらなる基礎・応用研究に利用可能である。本研究によって得られた成果は、自然界の元素循環に対する新たな視点を提示するものであり、さらには資源枯渇や環境汚染問題解決へ向けた応用バイオ技術の飛躍的な発展に貢献する可能性を秘めている。

報告書

(6件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件) 備考 (5件)

  • [雑誌論文] Bullet-shaped magnetosomes and metagenomic-based magnetosome gene profiles in a deep-sea hydrothermal vent chimney2023

    • 著者名/発表者名
      Nakano Shinsaku、Furutani Hitoshi、Kato Shingo、Kouduka Mariko、Yamazaki Toshitsugu、Suzuki Yohey
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 14 ページ: 1174899-1174899

    • DOI

      10.3389/fmicb.2023.1174899

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Insights into ecological roles of uncultivated bacteria in Katase hot spring sediment from long-read metagenomics2022

    • 著者名/発表者名
      Kato Shingo、Masuda Sachiko、Shibata Arisa、Shirasu Ken、Ohkuma Moriya
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 13 ページ: 1045931-1045931

    • DOI

      10.3389/fmicb.2022.1045931

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Sideroxyarcus emersonii gen. nov. sp. nov., a neutrophilic, microaerobic iron- and thiosulfate-oxidizing bacterium isolated from iron-rich wetland sediment2022

    • 著者名/発表者名
      Kato Shingo、Itoh Takashi、Iino Takao、Ohkuma Moriya
    • 雑誌名

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      巻: 72 号: 4 ページ: 005347-005347

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.005347

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Single Bacterium Capable of Oxidation and Reduction of Iron at Circumneutral pH2021

    • 著者名/発表者名
      Kato Shingo、Ohkuma Moriya
    • 雑誌名

      Microbiology Spectrum

      巻: 9 号: 1

    • DOI

      10.1128/spectrum.00161-21

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Conexivisphaera calida gen. nov., sp. nov., a thermophilic sulfur- and iron-reducing archaeon, and proposal of Conexivisphaeraceae fam. nov., Conexivisphaerales ord. nov., and Conexivisphaeria class. nov. in the phylum Thaumarchaeota2021

    • 著者名/発表者名
      Kato Shingo、Ohnishi Masafumi、Nagamori Mai、Yuki Masahiro、Takashina Tomonori、Ohkuma Moriya、Itoh Takashi
    • 雑誌名

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      巻: 71 号: 1 ページ: 004595-004595

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.004595

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Athalassotoga saccharophila Strain NAS-01, a Deep-Branching Thermophilic Lineage in the Phylum Thermotogae2020

    • 著者名/発表者名
      Kato Shingo、Itoh Takashi、Ohkuma Moriya
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 9 号: 16

    • DOI

      10.1128/mra.00322-20

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Sulfuracidifex tepidarius gen. nov., sp. nov. and transfer of Sulfolobus metallicus Huber and Stetter 1992 to the genus Sulfuracidifex as Sulfuracidifex metallicus comb. nov.2020

    • 著者名/発表者名
      Itoh Takashi、Miura Tatsuki、Sakai Hiroyuki D.、Kato Shingo、Ohkuma Moriya、Takashina Tomonori
    • 雑誌名

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      巻: 70 号: 3 ページ: 1837-1842

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.003981

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書 2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Modern precipitation of hydrogenetic ferromanganese minerals during on-site 15-year exposure tests2020

    • 著者名/発表者名
      Usui A., Hino H., Suzushima D., Tomioka N., Suzuki Y., Sunamura M., Kato S., Kashiwabara T., Kikuchi S., Uramoto G.-I., Suzuki K., Yamaoka K.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1038/s41598-020-60200-5

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Metabolic Potential of As-yet-uncultured Archaeal Lineages of <i>Candidatus</i> Hydrothermarchaeota Thriving in Deep-sea Metal Sulfide Deposits2019

    • 著者名/発表者名
      Kato Shingo、Nakano Shinsaku、Kouduka Mariko、Hirai Miho、Suzuki Katsuhiko、Itoh Takashi、Ohkuma Moriya、Suzuki Yohey
    • 雑誌名

      Microbes and environments

      巻: 34 号: 3 ページ: 293-303

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME19021

    • NAID

      130007711469

    • ISSN
      1342-6311, 1347-4405
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Microbial metabolisms in an abyssal ferromanganese crust from the Takuyo-Daigo Seamount as revealed by metagenomics2019

    • 著者名/発表者名
      Kato Shingo、Hirai Miho、Ohkuma Moriya、Suzuki Katsuhiko
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 14 号: 11 ページ: e0224888-e0224888

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0224888

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Isolation and characterization of a thermophilic sulfur- and iron-reducing thaumarchaeote from a terrestrial acidic hot spring2019

    • 著者名/発表者名
      Kato Shingo、Itoh Takashi、Yuki Masahiro、Nagamori Mai、Ohnishi Masafumi、Uematsu Katsuyuki、Suzuki Katsuhiko、Takashina Tomonori、Ohkuma Moriya
    • 雑誌名

      The ISME Journal

      巻: 13 号: 10 ページ: 2465-2474

    • DOI

      10.1038/s41396-019-0447-3

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Novel bacterial players driving iron cycle in freshwater sediments2022

    • 著者名/発表者名
      Shingo Kato, Ohkuma Moriya
    • 学会等名
      JpGU 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Exploration of Iron Reducing, Thermoacidophilic Archaea in Oku-Shiobara Hot Spring2022

    • 著者名/発表者名
      Sora Sakasai, Takashi Itoh, Shingo Kato, Moriya Ohkuma, Tomonori Takashina
    • 学会等名
      13th International Congress on Extremophiles
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 鉄代謝微生物研究の最前線とアストロバイオロジーへの展開2022

    • 著者名/発表者名
      加藤真悟
    • 学会等名
      2021年度 ISAS宇宙生命探査シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Oxidation and reduction of iron by a single Rhodoferax isolate at circumneutral pH2021

    • 著者名/発表者名
      Shingo Kato, Takashi Itoh, and Moriya Ohkuma
    • 学会等名
      JpGU2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 淡水性環境中の鉄サイクルを駆動する新規鉄酸化・還元細菌の探索2021

    • 著者名/発表者名
      加藤真悟, 大熊盛也
    • 学会等名
      日本微生物資源学会第27回大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] シングルセルソーティングの威力~鉄サイクルを駆動する微生物生態の新展開~2021

    • 著者名/発表者名
      加藤真悟
    • 学会等名
      新学術領域シンポジウム「ポストコッホ型の生態を見る・知る」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ロングリードメタゲノミクスによる未培養性温泉微生物の完全ゲノム再構築2021

    • 著者名/発表者名
      加藤真悟、増田幸子、柴田ありさ、白須賢、大熊盛也
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第34回大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Research and resource development of archaea/extremophiles in RIKEN-JCM2020

    • 著者名/発表者名
      Shingo Kato, Takashi Itoh and Moriya Ohkuma
    • 学会等名
      生物工学Webシンポジウム2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [備考]

    • URL

      https://www.jcm.riken.jp/JCM/staff/skato/index.html

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 単独で鉄を酸化も還元もできる微生物の発見 -微生物による鉄代謝の新たな一面-

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2021/20210902_2/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] “微生物ダークマター”を追え!

    • URL

      https://www.riken.jp/pr/closeup/2021/20211201_1/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 研究成果等を紹介するホームページ

    • URL

      https://www.jcm.riken.jp/JCM/staff/skato/index.html

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      https://jcm.brc.riken.jp/ja/

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

URL: 

公開日: 2019-04-18   更新日: 2025-01-30  

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