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ゲノム組成の変化を伴ってヨザルで実現した暗環境への適応:霊長類全般での再現性

研究課題

研究課題/領域番号 19H03311
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分45050:自然人類学関連
研究機関京都大学

研究代表者

古賀 章彦  京都大学, ヒト行動進化研究センター, 教授 (80192574)

研究分担者 田辺 秀之  総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 准教授 (50261178)
飯田 敦夫  名古屋大学, 生命農学研究科, 助教 (90437278)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2021年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2020年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2019年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
キーワード適応 / ゲノム / サテライトDNA / ヘテロクロマチン / 染色体 / 内在性レトロウイルス / 反復配列 / 霊長類 / 視細胞 / 有袋類
研究開始時の研究の概要

夜行性の哺乳類の多く(マウス、ムササビなど)で、微弱な光を捕らえる視細胞の核に、特殊な構造が存在することが、知られている。これが光を集めるレンズとして機能し、夜間視力の増強をもたらす。昼行性の生活様式を示す真猿類(霊長類のうち、ヒトやニホンザルを含む大きなグループ)にあって、ヨザル(夜猿)は、唯一の例外である。過去に昼行性から夜行性に移行している。この移行に伴い、ヨザルは視細胞に、核の特殊な構造を獲得した。この獲得の進化的過程に関して、ゲノムの構成や環境条件などの点で必要であった条件を、調べる。その結果から、条件さえそろえば同様の適応が霊長類全般(ヒトを含め)で起こり得るかを、推測する。

研究成果の概要

昼行性から夜行性への移行に関連して、夜間視力の増強につながる適応が、霊長類のヨザル(夜猿)で観察されていた。視細胞の中での微小レンズの形成である。この現象に関して、ヨザルでの過去のゲノム構成の変遷、および、より広い範囲の生物種での一般性を、追求した。以下の知見が得られた。[1] 短期間(ヨザルとマーモセットの分岐以降)で進行した。[2] サテライトDNA(同じ塩基配列が繰り返し現れる領域)の新規形成および急速な増幅を伴っていた。[3] 新規サテライトDNAが短期間で増幅する例を、有袋類で見出した。以上から、サテライトDNAが関与するホスト生物の適応は広く起こり得るとの推察に至った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

適応進化にはゲノムの変化が伴う。真核生物のゲノムにはほぼ例外なく、従来の概念での遺伝子のほかに、サテライトDNAが大量に存在する。その機能が続々と明らかにされているものの、適応進化に直接関わったといえる例は、ほとんどない。この状況にあって、ヨザルでの視細胞内微小レンズの形成は、サテライトDNAがもたらす適応進化の明瞭な例である。進化の観点からは、これがヨザルに限られるのかとの疑問が、順当に生じる。この疑問に応えるための実験や解析を行い、広い範囲の生物種で同様の適応進化が起こり得るとの推測に至った。この先の課題としての具体的な実例の同定に、効率的な解析手法の選定の指針を、提供することになる。

報告書

(4件)
  • 2022 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 4件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] カセサート大学(タイ)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] ケント州立大学(米国)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] The medaka fish <i>Tol2</i> transposable element is in an early stage of decay: identification of a nonautonomous copy2022

    • 著者名/発表者名
      S. Hayashi, T. Tsukiyama, A. Iida, M. Kinoshita, A. Koga
    • 雑誌名

      Genome

      巻: 65 号: 3 ページ: 183-187

    • DOI

      10.1139/gen-2021-0010

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An endogenous retrovirus presumed to have been endogenized or relocated recently in a marsupial, the red-necked wallaby2022

    • 著者名/発表者名
      Hayashi S, Shimizu K, Honda Y, Katsura Y, Koga A
    • 雑誌名

      Genome

      巻: 65 号: 5 ページ: 277-286

    • DOI

      10.1139/gen-2021-0047

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Marsupial satellite DNA as faithful reflections of long-terminal repeat retroelement structure2022

    • 著者名/発表者名
      Hayashi S, Honda Y, Kanesaki E, *Koga A
    • 雑誌名

      Genome

      巻: 65 号: 9 ページ: 469-478

    • DOI

      10.1139/gen-2022-0039

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Marsupial genome analysis suggests that satellite DNA formation from walb endogenous retrovirus is an event specific to the red‐necked wallaby2022

    • 著者名/発表者名
      Koga Akihiko、Hashimoto Kenji、Honda Yusuke、Nishihara Hidenori
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 28 号: 2 ページ: 149-155

    • DOI

      10.1111/gtc.12999

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A mutant gene for albino body color is widespread in natural populations of tanuki (Japanese raccoon dog)2021

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto S, Murase M, Miyazaki M, Hayashi S, *Koga A
    • 雑誌名

      Genes & Genetic Systems

      巻: 96 号: 1 ページ: 33-39

    • DOI

      10.1266/ggs.20-00047

    • NAID

      130008035922

    • ISSN
      1341-7568, 1880-5779
    • 年月日
      2021-02-01
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Replacement of owl monkey centromere satellite by a newly evolved variant was a recent and rapid process2021

    • 著者名/発表者名
      Nishihara Hidenori、Stanyon Roscoe、Tanabe Hideyuki、Koga Akihiko
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 26 号: 12 ページ: 979-986

    • DOI

      10.1111/gtc.12898

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The heterochromatin block that functions as a rod cell microlens in owl monkeys formed within a 15-Myr time span2021

    • 著者名/発表者名
      Tanabe H, Kusakabe KT, Imai H, Yokota SI, Kuraishi T, Hattori S, Kai C, *Koga A
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 13 号: 3

    • DOI

      10.1093/gbe/evab021

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Baboon bearing resemblance in pigmentation pattern to Siamese cat carries a missense mutation in the tyrosinase gene2020

    • 著者名/発表者名
      *Koga A, Hisakawa C, Yoshizawa M
    • 雑誌名

      Genome

      巻: 63 号: 5 ページ: 275-279

    • DOI

      10.1139/gen-2020-0003

    • NAID

      120006846483

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Complex intragene deletion leads to oculocutaneous albinism in tanuki (Japanese raccoon dog)2020

    • 著者名/発表者名
      Mae Yuji、Nagara Kenji、Miyazaki Manabu、Katsura Yukako、Enomoto Yuki、Koga Akihiko
    • 雑誌名

      Genome

      巻: 63 号: 10 ページ: 517-523

    • DOI

      10.1139/gen-2020-0049

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The CENP-B box, a nucleotide motif involved in centromere formation, has multiple origins in New World monkeys2019

    • 著者名/発表者名
      Thongchum R、Nishihara H、Srikulnath K、Hirai H、*Koga A
    • 雑誌名

      Genes & Genetic Systems

      巻: 94 号: 6 ページ: 301-306

    • DOI

      10.1266/ggs.19-00042

    • NAID

      130007791988

    • ISSN
      1341-7568, 1880-5779
    • 年月日
      2019-12-01
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural variations of subterminal satellite blocks and their source mechanisms as inferred from the meiotic configurations of chimpanzee chromosome termini2019

    • 著者名/発表者名
      *Hirai H, Hirai Y, Udono T, Matsubayashi K, Tosi AJ, Koga A
    • 雑誌名

      Chromosome Research

      巻: 27 号: 4 ページ: 321-332

    • DOI

      10.1007/s10577-019-09615-z

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Alpha satellite DNA-repeat OwlAlp1 forms centromeres in Azara's owl monkey.2019

    • 著者名/発表者名
      Oizumi Y., Koga A., Kanoh J.
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 24 号: 7 ページ: 511-517

    • DOI

      10.1111/gtc.12701

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 内在性レトロウイルスが縦列に重複して大規模サテライトを形成する:カンガルーでの実例2つ2022

    • 著者名/発表者名
      賀章彦・林咲良・田辺秀之
    • 学会等名
      日本遺伝学会第94回大(北海道大学)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Evolution of the microlens structure in photoreceptor cells clarified through owl monkey studies2022

    • 著者名/発表者名
      Koga A, Hirai A, Stanyon R, Tanabe H, Prakhongcheep O, Srikulnath K
    • 学会等名
      1st Animal Genomics and Bioresource for ESG & SDG Seminar (Kasetsart University, Thailand)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 哺乳類で最近転移したと推測できるLTRレトロトランスポゾン2021

    • 著者名/発表者名
      古賀章彦・清水小波・本田祐介・林咲良
    • 学会等名
      日本遺伝学会第93回大会(オンライン)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 有袋類の新規LTRレトロトランスポゾンの進化的起源2021

    • 著者名/発表者名
      林咲良・桂有加子・古賀章彦
    • 学会等名
      日本遺伝学会第93回大会(オンライン)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] シャム猫みたいなマントヒヒ2020

    • 著者名/発表者名
      古賀章彦・久川智恵美・吉澤未来
    • 学会等名
      第36回日本;霊長類学会大会(オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ヒト培養細胞におけるイネ活性型MITE・mPing の転移2020

    • 著者名/発表者名
      林咲良・古賀章彦・築山拓司
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学会年会(オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] なくてもよいけれど,あれば多少は有利と言えそうな,DNA の短いモチーフ2019

    • 著者名/発表者名
      古賀章彦
    • 学会等名
      日本進化学会第21回年大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 中央アルプスの白タヌキは黒色素合成に必須の遺伝子で5個のエクソンのうちの1個が欠けている2019

    • 著者名/発表者名
      古賀章彦
    • 学会等名
      日本遺伝学会第91回大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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