| 研究課題/領域番号 |
19H03424
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分48040:医化学関連
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
沖 真弥 京都大学, 医学研究科, 特定准教授 (90452713)
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| 研究分担者 |
大川 恭行 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80448430)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2021年度)
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| 配分額 *注記 |
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2021年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2019年度: 7,410千円 (直接経費: 5,700千円、間接経費: 1,710千円)
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| キーワード | 空間オミクス / 空間トランスクリプトーム / エピゲノム / ATAC-seq / 遺伝子発現 / 制御機構 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
組織特異的な遺伝子発現やエピゲノミクス解析においては、個体や臓器から特定の細胞集団を高い純度で「分取」しなければならない。しかしlaser microdissection法では微小な細胞集団の分離は難しく、cell sortingでは酵素処理で細胞懸濁するさいのダメージは避けられない。本研究はそのような「分取」とは異なる、まったく新たな手法を開発する。原理上、本手法の分離能は光学限界レベルまで引き上げることができ、また少数細胞に特化した既存のゲノミクス手法をわずかに改変したものであるため、感度に優れた汎用性の高い技術として広く利用されることが期待される。
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| 研究成果の概要 |
組織特異的な遺伝子発現やエピゲノミクス解析においては、個体や臓器から特定の細胞集団を高い純度で「分取」しなければならない。しかしlaser microdissection法では微小な細胞集団の分離は難しく、cell sortingでは酵素処理で細胞懸濁するさいのダメージは避けられない。本研究はそのような「分取」とは異なる、まったく新たな手法、Photo-Isolation Chemistryを開発し、光照射領域に限定したトランスクリプトーム解析に成功した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
ROIに対するUV照射の分解能は、光学限界のサブミクロンオーダーまで高められる。したがって１細胞レベルのROIに照射できるうえ、特定のオルガネラに局在する転写産物も分離できる。本手法は、caged オリゴDNAさえあればだれでも実験できるため、急速に普及することが期待される。また、本研究提案の根幹技術はATAC-seqやChIL-seqにも適用できると考えられるため、将来、組織特異的なエピゲノミクスデータを取得できると期待される。
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