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腸内細菌科におけるmRNAの3'末端を介したRNA制御ネットワークの解析

研究課題

研究課題/領域番号 19H03464
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分49050:細菌学関連
研究機関筑波大学

研究代表者

宮腰 昌利  筑波大学, 医学医療系, 准教授 (60755809)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2022年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2021年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2020年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2019年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
キーワードsmall RNA / 3'UTR / 転写後調節 / 3´UTR / サルモネラ / 大腸菌
研究開始時の研究の概要

大腸菌やサルモネラなどの腸内細菌科細菌で見出されたmRNAの3’UTRから生成するsmall RNA (sRNA) は、従来型のsRNAと同様に転写後レベルで遺伝子発現を調節する機能を持つ新しいタイプの制御因子である。本研究はmRNAの長年見過ごされていた機能を浮き彫りにし、RNAの機能を理論的に拡張することで遺伝子の概念を覆すことを狙いとしている。また、病原性細菌のRNAによる遺伝子発現制御について新しい知見を得ることで、細菌感染症の抑止に応用することが期待される。

研究成果の概要

細菌においてmRNAは3´UTRからsmall RNA (sRNA)を生成し、従来型のsRNAと同様に遺伝子発現を調節する機能を持つ。mRNAの3'UTRから派生するsRNAは少なくとも大腸菌やサルモネラにおいて30種類以上存在するが、未だ数例しかその機能は実証されていない。本研究では、グルタミン合成酵素遺伝子glnAの3'UTRからsRNA GlnZがRNase Eによるプロセシングを経て発現し、2-オキソグルタル酸デヒドロゲナーゼの発現を抑制することが明らかになった。また、GlnZはRNase EによるプロセシングによってmRNAから遊離して初めて機能を発揮することが示された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

腸内細菌科細菌を代表するサルモネラや大腸菌において、3´UTRからsRNAを生成するmRNAを見出し、特にグルタミン合成酵素をコードするglnAから細菌種によって異なる塩基配列を持つsRNA GlnZが生成することを明らかにした。窒素飢餓条件でグルタミン合成酵素が発現する際に、そのmRNA 3´UTRからsRNA GlnZが生成し、2-オキソグルタル酸デヒドロゲナーゼの発現を抑制することが明らかになった。また、GlnZはRNase EによるプロセシングによってmRNAから遊離して初めて機能を発揮することが示された。2-オキソグルタル酸の代謝フローの切り替えに重要な転写後調節機構を発見した。

報告書

(5件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 3件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] ヴュルツブルク大学(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] ヴュルツブルク大学(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Glutamine synthetase mRNA releases sRNA from its 3′UTR to regulate carbon/nitrogen metabolic balance in Enterobacteriaceae2022

    • 著者名/発表者名
      Miyakoshi Masatoshi、Morita Teppei、Kobayashi Asaki、Berger Anna、Takahashi Hiroki、Gotoh Yasuhiro、Hayashi Tetsuya、Tanaka Kan
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 11

    • DOI

      10.7554/elife.82411

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mining RNA‐seq data reveals the massive regulon of GcvB small RNA and its physiological significance in maintaining amino acid homeostasis in Escherichia coli2021

    • 著者名/発表者名
      Miyakoshi Masatoshi、Okayama Haruna、Lejars Maxence、Kanda Takeshi、Tanaka Yuki、Itaya Kaori、Okuno Miki、Itoh Takehiko、Iwai Noritaka、Wachi Masaaki
    • 雑誌名

      Molecular Microbiology

      巻: 117 号: 1 ページ: 160-178

    • DOI

      10.1111/mmi.14814

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A bacterial small RNA regulates the adaptation of Helicobacter pylori to the host environment2021

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita-Daitoku, R., Kiga, K., Miyakoshi, M. et al.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 2085-2085

    • DOI

      10.1038/s41467-021-22317-7

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Transcriptome Analysis of Zygotic Induction During Conjugative Transfer of Plasmid RP42020

    • 著者名/発表者名
      Miyakoshi Masatoshi、Ohtsubo Yoshiyuki、Nagata Yuji、Tsuda Masataka
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 11 ページ: 1125-1125

    • DOI

      10.3389/fmicb.2020.01125

    • NAID

      120007165442

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 腸内細菌科細菌におけるmRNAから生成するsmall RNAによる転写後調節2023

    • 著者名/発表者名
      宮腰昌利
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌における3´UTRから生成するsmall RNAによる転写後調節ー窒素飢餓応答とTCA回路分岐点の制御を例にー2022

    • 著者名/発表者名
      宮腰昌利
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Post-transcriptional regulation at the branch point between carbon and nitrogen metabolism by an NtrC-dependent small RNA in Salmonella2022

    • 著者名/発表者名
      Miyakoshi Masatoshi, Asaki Lejars
    • 学会等名
      RNA & Microbes 2022
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 腸内細菌科細菌のグルタミン合成酵素遺伝子glnA mRNA の3'UTR による転写後調節2022

    • 著者名/発表者名
      宮腰 昌利、ルジャー朝紀
    • 学会等名
      第95回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌のGcvB small RNAによるアミノ酸トランスポーターの転写後調節2022

    • 著者名/発表者名
      宮腰昌利、神田健
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Expanding the regulon of the master regulator small RNA GcvB in E. coli2021

    • 著者名/発表者名
      Maxence Lejars, Takeshi Kanda, Masatoshi Miyakoshi
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ドイツ・ヴュルツブルクでの感染生物学研究2021

    • 著者名/発表者名
      宮腰昌利
    • 学会等名
      第94回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌とサルモネラのglnA 3´UTRによるSucAの転写後調節2021

    • 著者名/発表者名
      宮腰昌利
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 細菌のmRNAに隠された遺伝子発現制御機能2020

    • 著者名/発表者名
      宮腰昌利
    • 学会等名
      第93回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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