ゲノム医療を目指した網羅的coding variant解析による機能的多型の同定

• 研究課題/領域番号: 19H03881
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分58020:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含む
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 谷川 千津 東京大学, 医科学研究所, 助教 (30422421)
• 研究分担者: 鎌谷 洋一郎 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (00720880) ; 松田 浩一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90401257)
• 研究期間 (年度): 2019-04-01 – 2022-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2021年度)
• 配分額: 17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円); 2021年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円); 2020年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円); 2019年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
• キーワード: SNP / ゲノム医療

研究開始時の研究の概要

近年の大規模なゲノム解析によって、様々な疾患感受性遺伝子が次々と明らかとなっているが、日本人での検証や機能的意義の解明、さらに医療応用がまだ十分に進んでいない。本研究では、約17万人の日本人症例を用いて、coding variantを対象とし、①117疾患、②58の血液生化学検査値、さらに③生命予後・死因について、網羅的ゲノム解析を実施することで、上記の問題点を克服しゲノム医療の実現へ向けた基盤情報を構築することを目指す。我々の研究成果は、ゲノム解析による疾患ハイリスク群の同定や個別化検査の実施などのゲノム医療の実現、さらには健康長寿社会の実現のための基盤情報となると期待される。

研究成果の概要

近年の大規模なゲノム解析によって、様々な疾患感受性遺伝子が次々と明らかとなっているが、日本人での検証や機能的意義の解明、さらに医療応用がまだ十分に進んでいないという問題がある。本研究では、約17万人の日本人症例を用いて、疾患・血液生化学検査値・生命予後・死因などについて、機能欠失型多型を対象とした網羅的ゲノム解析の実施を試みた。約6万人のゲノム情報によりマギル大学にて構築された高密度Imputation reference panelを利用し、約50,000箇所の機能欠失型多型の情報を取得した。これらのデータの公開準備を進めるとともに、370以上の疾患との関連解析を進めている。

研究成果の学術的意義や社会的意義

coding variantの頻度については、人種差が知られているため、日本人を対象とした大規模な解析を実施することで、新規の疾患関連遺伝子の同定や疾患ハイリスク群のスクリーニングなどに寄与する。本研究の成果は、ゲノム医療の実現、さらには健康長寿社会の実現のための基盤情報となると期待される。Imputationデータが公開されれば、情報の利活用が可能となる。

研究成果

• [雑誌論文] Large-scale integrated analysis of genetics and metabolomic data reveals potential links between lipids and colorectal cancer risk (2022)
  • 著者名/発表者名: Shu Xiang、Kamatani Yoichiro、Matsuda Koichi、Matsuo Keitaro、Newcomb Polly A.、Oh Jae Hwan、Ose Jennifer、Oze Isao、Pai Rish K.、Pan Zhi-Zhong、Pharoah Paul D P.、Playdon Mary C.、Ren Ze-Fang、Schoen Robert E.、Shin Aesun、Shin Min-Ho、Shu Xiao-Ou、Sun Xiaohui、Tangen Catherine M.、Tanikawa Chizu、Zheng Wei
  • 雑誌名: Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention 巻: - 号: 6 ページ: 1216-1226
  • DOI: 10.1158/1055-9965.epi-21-1008
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic susceptibility to hepatocellular carcinoma in chromosome 22q13.31, findings of a genome‐wide association study (2021)
  • 著者名/発表者名: Wang Zhanwei、Iwasaki Motoki、Goto Atsushi、Suzuki Shiori、Matsuda Koichi、Tanikawa Chizu、Kamatani Yoichiro、Yu Herbert
  • 雑誌名: JGH Open 巻: 5 号: 12 ページ: 1363-1372
  • DOI: 10.1002/jgh3.12682
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Intracellular Accumulation of IFN-λ4 Induces ER Stress and Results in Anti-Cirrhotic but Pro-HCV Effects (2021)
  • 著者名/発表者名: Onabajo Olusegun O.、Wang Fang、Lee Mei-Hsuan、Florez-Vargas Oscar、Obajemu Adeola、Tanikawa Chizu、Vargas Joselin M.、Liao Shu-Fen、Song Ci、Huang Yu-Han、Shen Chen-Yang、Banday A. Rouf、O’Brien Thomas R.、Hu Zhibin、Matsuda Koichi、Prokunina-Olsson Ludmila
  • 雑誌名: Frontiers in Immunology 巻: 12
  • DOI: 10.3389/fimmu.2021.692263
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Collagen XVII inhibits breast cancer cell proliferation and growth through deactivation of the AKT/mTOR signaling pathway (2021)
  • 著者名/発表者名: Lothong Muttarin、Sakares Watchara、Rojsitthisak Pornchai、Tanikawa Chizu、Matsuda Koichi、Yodsurang Varalee
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 16 号: 7 ページ: e0255179-e0255179
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0255179
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] The simplified Kyoto classification score is consistent with the ABC method of classification as a grading system for endoscopic gastritis (2021)
  • 著者名/発表者名: Nishizawa Toshihiro、Toyoshima Osamu、Kondo Ryo、Sekiba Kazuma、Tsuji Yosuke、Ebinuma Hirotoshi、Suzuki Hidekazu、Tanikawa Chizu、Matsuda Koichi、Koike Kazuhiko
  • 雑誌名: Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ 巻: 68 号: 1 ページ: 101-104
  • DOI: 10.3164/jcbn.20-41
  • NAID: 130007965311
  • ISSN: 0912-0009, 1880-5086
  • 査読あり
• [雑誌論文] A single nucleotide polymorphism in <i>Prostate Stem Cell Antigen</i> is associated with endoscopic grading in Kyoto classification of gastritis (2021)
  • 著者名/発表者名: Toyoshima Osamu、Nishizawa Toshihiro、Sekiba Kazuma、Matsuno Tatsuya、Kondo Ryo、Watanabe Hidenobu、Suzuki Hidekazu、Tanikawa Chizu、Koike Kazuhiko、Matsuda Koichi
  • 雑誌名: Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ 巻: 68 号: 1 ページ: 73-77
  • DOI: 10.3164/jcbn.20-67
  • NAID: 130007965305
  • ISSN: 0912-0009, 1880-5086
  • 査読あり
• [雑誌論文] Endoscopy-based Kyoto classification score of gastritis related to pathological topography of neutrophil activity (2020)
  • 著者名/発表者名: Toyoshima Osamu、Nishizawa Toshihiro、Yoshida Shuntaro、Sakaguchi Yoshiki、Nakai Yousuke、Watanabe Hidenobu、Suzuki Hidekazu、Tanikawa Chizu、Matsuda Koichi、Koike Kazuhiko
  • 雑誌名: World Journal of Gastroenterology 巻: 26 号: 34 ページ: 5146-5155
  • DOI: 10.3748/wjg.v26.i34.5146
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseases (2020)
  • 著者名/発表者名: Ishigaki K, Akiyama M, Kanai M, Takahashi A, Kawakami E, Sugishita H, Sakaue S, Matoba N, Low SK, Okada Y, Yamaji T, et al
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 52 号: 7 ページ: 669-679
  • DOI: 10.1038/s41588-020-0640-3
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Claudin-2 deficiency associates with hypercalciuria in mice and human kidney stone disease (2020)
  • 著者名/発表者名: Curry Joshua N.、Saurette Matthew、Askari Masomeh、Pei Lei、Filla Michael B.、Beggs Megan R.、Rowe Peter S.N.、Fields Timothy、Sommer Andre J.、Tanikawa Chizu、Kamatani Yoichiro、Evan Andrew P.、Totonchi Mehdi、Alexander R. Todd、Matsuda Koichi、Yu Alan S.L.
  • 雑誌名: Journal of Clinical Investigation 巻: 130 号: 4 ページ: 1948-1960
  • DOI: 10.1172/jci127750
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of a novel uterine leiomyoma GWAS locus in a Japanese population (2020)
  • 著者名/発表者名: Sakai Kensuke、Tanikawa Chizu、Hirasawa Akira、Terao Chikashi、Kamatani Yoichiro、Takahashi Atsushi、Momozawa Yukihide、Hirata Makoto、Kubo Michiaki、Matsuda Koichi
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 10 号: 1 ページ: 1024-1024
  • DOI: 10.1038/s41598-020-58066-8
  • NAID: 120006872359
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Identification of Novel Loci and New Risk Variant in Known Loci for Colorectal Cancer Risk in East Asians (2019)
  • 著者名/発表者名: Lu Yingchang、Tanikawa Chizu、Matsuo Keitaro、Kamatani Yoichiro、Matsuda Koichi、Zheng Wei
  • 雑誌名: Cancer Epidemiology Biomarkers & Prevention 巻: 29 号: 2 ページ: 477-486
  • DOI: 10.1158/1055-9965.epi-19-0755
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Identification of two novel breast cancer loci through large-scale genome-wide association study in the Japanese population (2019)
  • 著者名/発表者名: Low Siew-Kee、Chin Yoon Ming、Ito Hidemi、Matsuo Keitaro、et al.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 9 号: 1 ページ: 17332-17332
  • DOI: 10.1038/s41598-019-53654-9
  • NAID: 120006875665
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic variants of calcium and vitamin D metabolism in kidney stone disease (2019)
  • 著者名/発表者名: Howles Sarah A.、Wiberg Akira、Goldsworthy Michelle、Bayliss Asha L.、Gluck Anna K.、Ng Michael、Grout Emily、Tanikawa Chizu、Kamatani Yoichiro、Terao Chikashi、Takahashi Atsushi、Kubo Michiaki、Matsuda Koichi、Thakker Rajesh V.、Turney Benjamin W.、Furniss Dominic
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 10 号: 1
  • DOI: 10.1038/s41467-019-13145-x
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] INKA2, a novel p53 target that interacts with the serine/threonine kinase PAK4. (2019)
  • 著者名/発表者名: Liu, Y.Y., Tanikawa, C., Ueda, K., and Matsuda, K.
  • 雑誌名: International journal of oncology 巻: 54 ページ: 1907-1920
  • DOI: 10.3892/ijo.2019.4786
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Novel Risk Loci Identified in a Genome-Wide Association Study of Urolithiasis in a Japanese Population (2019)
  • 著者名/発表者名: Tanikawa Chizu、...、Ogishima Soichi、...、Matsuda Koichi
  • 雑誌名: Journal of the American Society of Nephrology 巻: 印刷中 号: 5 ページ: 855-864
  • DOI: 10.1681/asn.2018090942
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A Polymorphic Variant in p19Arf Confers Resistance to Chemically Induced Skin Tumors by Activating the p53 Pathway (2019)
  • 著者名/発表者名: Saito M, Okumura K, Isogai E, Araki K, Tanikawa C, Matsuda K, Kamijo T, Kominami R, Wakabayashi Y.
  • 雑誌名: Journal of Investigative Dermatology 巻: in press 号: 7 ページ: 30032-6
  • DOI: 10.1016/j.jid.2018.12.027
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Large-Scale Genome-Wide Association Study of East Asians Identifies Loci Associated With Risk for Colorectal Cancer. (2018)
  • 著者名/発表者名: Lu Y, Kweon SS, Tanikawa C, Jia WH, Xiang YB, Cai Q, Zeng C, Schmit SL, Shin A, Matsuo K, Jee SH, Kim DH, Kim J, Wen W, Shi J, Guo X, Li B, Wang N, Zhang B, Li X, Shin MH, Li HL, Ren Z, Oh JH, Oze I, Ahn YO, Jung KJ, Conti DV, Schumacher FR, Rennert G, Je
  • 雑誌名: Gastroenterology 巻: 156 号: 5 ページ: 1455-1466
  • DOI: 10.1053/j.gastro.2018.11.066
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著