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複数のテンソルからの効率的なデータ構造推定

研究課題

研究課題/領域番号 19H04169
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分61030:知能情報学関連
研究機関京都大学

研究代表者

馬見塚 拓  京都大学, 化学研究所, 教授 (00346107)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2021年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2020年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2019年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
キーワード機械学習 / バイオインフォマティクス / 高次元機械学習
研究開始時の研究の概要

現代社会のデータに急増する以下2つの組み合わせに着目する。
1) テンソル:例えば、購買データは従来の「ユーザx商品」から購買履歴データとして「ユーザx商品x時間」が得られる。
2) 複数データ:購買データのみならずSNS等からユーザ間のリンク(隣接行列:「ユーザxユーザ」)等が補助情報として得られ、モード(例えばユーザ)を共有する複数データ(行列)が得られる。
従って、「モードを共有する複数テンソルの内在構造の効率的解析手法」構築を目指す。具体的に、複数テンソルを表現(近似)可能なノルムを設計し、ノルムの低ランクパラメータの効率的学習手法の構築及び学習誤差の解析から問題の包括・普遍的理解を行う。

研究成果の概要

現代のビッグデータには、以下の2つの特徴がある。1,高次元データ(例えば、ユーザx商品x時間という購買データ)、2、モードを共有する複数データ(例えば、上記高次元データに、ユーザ間の情報を加えれば、ユーザというモードを共有する)。そこで、モードを共有する複数高次元データから、内在する因子を効率的に抽出するための、なるたけ一般的な手法を構築した。具体的には、複数高次元データを表現可能なノルムを、効率的な学習が可能なように開発し、その性質を解析するとともに、性能の優位性を実験的に示した。また、開発経験を活かし、高次元データと行列に関する様々な問題への解決手法を提案し、性能を応用において実証した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

現在、科学、工学、ビジネス等、社会の様々な場所で多様なデータが生まれるビッグデータの時代を迎えており、データに内在する構造を効率的に理解する技術の整備が喫緊の課題である。特に、現代では、モードを共有する複数高次元データがよく見られる。このようなデータに対し、本研究は、データに内在する構造を理解する一般的な枠組みと実際の事例を与える。また、本研究で得られた知見を使うことにより、関係するデータに対しても、効率的で精度の高い手法の構築が可能なことを示した。以上から、本研究は、現代に増大しつつある、より複雑な複数の関係データに対するデータ科学および機械学習手法開発の進展に大きく貢献する。

報告書

(4件)
  • 2022 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (30件) (うち国際共著 23件、 査読あり 29件、 オープンアクセス 18件)

  • [国際共同研究] Semmelweis University(ハンガリー)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] Fudan University(中国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] Aalto University(フィンランド)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] Semmelweis University(ハンガリー)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] Fudan University/XI'an Jiao Tong University(中国)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] Aalto University(フィンランド)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Central-Smoothing Hypergraph Neural Networks for Predicting Drug?Drug Interactions2023

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Duc Anh、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems

      巻: 0 号: 8 ページ: 1-6

    • DOI

      10.1109/tnnls.2023.3261860

    • 関連する報告書
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    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sc2Mol: a scaffold-based two-step molecule generator with variational autoencoder and transformer2022

    • 著者名/発表者名
      Liao Zhirui、Xie Lei、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 39 号: 1

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac814

    • 関連する報告書
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    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] SPARSE: a sparse hypergraph neural network for learning multiple types of latent combinations to accurately predict drug?drug interactions2022

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Duc Anh、Nguyen Canh Hao、Petschner Peter、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 38 号: Supplement_1 ページ: i333-i341

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac250

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  • [雑誌論文] DeepMHCII: a novel binding core-aware deep interaction model for accurate MHC-II peptide binding affinity prediction2022

    • 著者名/発表者名
      You Ronghui、Qu Wei、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 38 号: Supplement_1 ページ: i220-i228

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac225

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  • [雑誌論文] DIVERSE: Bayesian Data IntegratiVE Learning for Precise Drug ResponSE Prediction2022

    • 著者名/発表者名
      Paltun Betul Guvenc、Kaski Samuel、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 19 号: 4 ページ: 2197-2207

    • DOI

      10.1109/tcbb.2021.3065535

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    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] HPODNets: deep graph convolutional networks for predicting human protein?phenotype associations2021

    • 著者名/発表者名
      Liu Lizhi、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 38 号: 3 ページ: 799-808

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btab729

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    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Crop loss identification at field parcel scale using satellite remote sensing and machine learning2021

    • 著者名/発表者名
      Hiremath Santosh、Wittke Samantha、Palosuo Taru、Kaivosoja Jere、Tao Fulu、Proll Maximilian、Puttonen Eetu、Peltonen-Sainio Pirjo、Marttinen Pekka、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 16 号: 12 ページ: e0251952-e0251952

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0251952

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    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Machine Learning for Metabolic Identification2021

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Dai Hai、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Creative Complex Systems

      巻: - ページ: 329-350

    • DOI

      10.1007/978-981-16-4457-3_20

    • ISBN
      9789811644566, 9789811644573
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  • [雑誌論文] Drug3D-DTI: Improved Drug-target Interaction Prediction by Incorporating Spatial Information of Small Molecules2021

    • 著者名/発表者名
      Liao Zhirui、Huang Xiaodi、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Proceedings of the IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2021)

      巻: - ページ: 340-347

    • DOI

      10.1109/bibm52615.2021.9669707

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      2020 実績報告書 2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Machine learning approaches for drug combination therapies2021

    • 著者名/発表者名
      G?ven??Paltun Bet?l、Kaski Samuel、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 22 号: 6

    • DOI

      10.1093/bib/bbab293

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    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Learning subtree pattern importance for Weisfeiler-Lehman based graph kernels2021

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Dai Hai、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Machine Learning

      巻: 110 号: 7 ページ: 1587-1607

    • DOI

      10.1007/s10994-021-05991-y

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  • [雑誌論文] DeepGraphGO: graph neural network for large-scale, multispecies protein function prediction2021

    • 著者名/発表者名
      You Ronghui、Yao Shuwei、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 37 号: Supplement_1 ページ: i262-i271

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btab270

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  • [雑誌論文] HPOFiller: identifying missing protein?phenotype associations by graph convolutional network2021

    • 著者名/発表者名
      Liu Lizhi、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 37 号: 19 ページ: 3328-3336

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btab224

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    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] XGSEA: CROSS-species gene set enrichment analysis via domain adaptation2021

    • 著者名/発表者名
      Cai Menglan、Hao Nguyen Canh、Mamitsuka Hiroshi、Li Limin
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 22 号: 5

    • DOI

      10.1093/bib/bbaa406

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  • [雑誌論文] Eukaryotic virus composition can predict the efficiency of carbon export in the global ocean2021

    • 著者名/発表者名
      Kaneko Hiroto、Blanc-Mathieu Romain、Endo Hisashi、Chaffron Samuel、Delmont Tom O.、Gaia Morgan、Henry Nicolas、Hern?ndez-Vel?zquez Rodrigo、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi、Forterre Patrick、Jaillon Olivier、de Vargas Colomban、Sullivan Matthew B.、Suttle Curtis A.、Guidi Lionel、Ogata Hiroyuki
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 24 号: 1 ページ: 102002-102002

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.102002

    • NAID

      120006951684

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    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Reshaped tensor nuclear norms for higher order tensor completion2021

    • 著者名/発表者名
      Wimalawarne Kishan、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Machine Learning

      巻: 110 号: 3 ページ: 507-531

    • DOI

      10.1007/s10994-020-05927-y

    • NAID

      120007002690

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    • 査読あり
  • [雑誌論文] BERTMeSH: deep contextual representation learning for large-scale high-performance MeSH indexing with full text2020

    • 著者名/発表者名
      You Ronghui、Liu Yuxuan、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 37 号: 5 ページ: 684-692

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btaa837

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    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Learning on Hypergraphs with Sparsity2020

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Hao Canh、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence

      巻: 1 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1109/tpami.2020.2974746

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  • [雑誌論文] Scaled Coupled Norms and Coupled Higher-Order Tensor Completion2020

    • 著者名/発表者名
      Wimalawarne Kishan、Yamada Makoto、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Neural Computation

      巻: 32 号: 2 ページ: 447-484

    • DOI

      10.1162/neco_a_01254

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  • [雑誌論文] Efficiently Enumerating Substrings with Statistically Significant Frequencies of Locally Optimal Occurrences in Gigantic String2020

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Atsuyoshi、Takigawa Ichigaku、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence

      巻: 34 号: 04 ページ: 5240-5247

    • DOI

      10.1609/aaai.v34i04.5969

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      2019 実績報告書
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  • [雑誌論文] Scalable Probabilistic Matrix Factorization with Graph-Based Priors2020

    • 著者名/発表者名
      Strahl Jonathan、Peltonen Jaakko、Mamitsuka Hirsohi、Kaski Samuel
    • 雑誌名

      Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence

      巻: 34 号: 04 ページ: 5851-5858

    • DOI

      10.1609/aaai.v34i04.6043

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      2019 実績報告書
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  • [雑誌論文] HPOLabeler: improving prediction of human protein?phenotype associations by learning to rank2020

    • 著者名/発表者名
      Liu Lizhi、Huang Xiaodi、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 36 号: 14 ページ: 4180-4188

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btaa284

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      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Improving drug response prediction by integrating multiple data sources: matrix factorization, kernel and network-based approaches2019

    • 著者名/発表者名
      Guvenq Paltun Betel、Mamitsuka Hiroshi、Kaski Samuel
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: - 号: 1 ページ: 346-359

    • DOI

      10.1093/bib/bbz153

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      2020 実績報告書 2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A survey on adverse drug reaction studies: data, tasks and machine learning methods2019

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Duc Anh、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Briefings in Bioinformatics

      巻: 1 号: 1 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1093/bib/bbz140

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      2020 実績報告書 2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] ADAPTIVE: leArning DAta-dePendenT, concIse molecular VEctors for fast, accurate metabolite identification from tandem mass spectra2019

    • 著者名/発表者名
      Dai Hai Nguyen, Canh Hao Nguyen, Hiroshi Mamitsuka
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 35 号: 14 ページ: 164-172

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btz319

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] NetGO: improving large-scale protein function prediction with massive network information2019

    • 著者名/発表者名
      You Ronghui、Yao Shuwei、Xiong Yi、Huang Xiaodi、Sun Fengzhu、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 47 号: W1 ページ: W379-W387

    • DOI

      10.1093/nar/gkz388

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Fast and Robust Multi-View Multi-Task Learning via Group Sparsity2019

    • 著者名/発表者名
      Sun Lu、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Proceedings of the 28th International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI 2019)

      巻: - ページ: 3499-3505

    • DOI

      10.24963/ijcai.2019/485

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Multiplicative Sparse Feature Decomposition for Efficient Multi-View Multi-Task Learning2019

    • 著者名/発表者名
      Sun Lu、Nguyen Canh Hao、Mamitsuka Hiroshi
    • 雑誌名

      Proceedings of the 28th International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI 2019)

      巻: - ページ: 3506-3512

    • DOI

      10.24963/ijcai.2019/486

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] AttentionXML: Label Tree-based Attention-Aware Deep Model for High-Performance Extreme Multi-Label Text Classification.2019

    • 著者名/発表者名
      You, R., Dai, S., Zhang, Z., Mamitsuka, H. and Zhu, S.
    • 雑誌名

      Proceedings of the 33rd Annual Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2019)

      巻: - ページ: 5820-5830

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] FullMeSH: improving large-scale MeSH indexing with full text2019

    • 著者名/発表者名
      Dai Suyang、You Ronghui、Lu Zhiyong、Huang Xiaodi、Mamitsuka Hiroshi、Zhu Shanfeng
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 36 号: 5 ページ: 1533-1541

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btz756

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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