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バーチャル空間における機能性分子創製法の確立とその実験的検証

研究課題

研究課題/領域番号 19H04202
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関国立感染症研究所 (2022)
東京大学 (2019-2021)

研究代表者

黒田 大祐  国立感染症研究所, 治療薬・ワクチン開発研究センター, 主任研究官 (60756732)

研究分担者 田部 亜季  国立感染症研究所, エイズ研究センター, 研究員 (60786367)
森本 淳平  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 講師 (70754935)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,160千円 (直接経費: 13,200千円、間接経費: 3,960千円)
2022年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2021年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2020年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2019年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
キーワード抗体設計 / ペプチド設計 / 分子シミュレーション / 機械学習 / 親和性成熟 / 安定性 / 分子設計 / 抗体工学 / 抗体 / ペプチド / 物性計測 / 機能計測 / 分子デザイン / 単ドメイン抗体 / Supercharging / 蛋白質工学 / シミュレーション / タンパク質工学 / 熱安定性 / 凝集性
研究開始時の研究の概要

物質を分子レベルで自在に設計・制御する技術は、多くの研究者にとって「夢の技術」である。蛋白質の物性を自在に制御できるようになれば、基礎研究のみならず、医薬品や新規素材開発への応用など、その社会へのインパクトも大きい。本研究では、主に蛋白質の「機能」に焦点を当て、ランダムな変異導入ではなく、コンピュータ技術に基づき、合理的に機能性分子を創製するための分子設計手法を開発する。コンピュータを用いた情報処理技術と蛋白質工学実験による計測を駆使して、機能性分子の創製法の確立を目指す。

研究成果の概要

分子シミュレーションと機械学習に基づくバーチャル空間での変異導入実験を通して、より高機能な抗体設計技術を考案し、以下の成果を得た。1)2種類の異なる抗体の物性の向上に成功した。(2)3種類の異なる抗体の機能の向上に成功した。(3)機能性ペプチドの創製に成功した。(4)抗体の親和性成熟過程を解析し、抗体進化の過程で導入される変異の役割を明らかにした。(5)単ドメイン抗体の抗原認識部位の配列-構造相関を明らかにした。(6)上記1~5で同定されたデザイン変異を機械学習によりどの程度予測できるかを検証した。(7)分子動力学計算を用いて、さまざまなタンパク質工学実験結果の合理的な解釈を試みた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

物質を分子レベルで自在に設計・制御する技術は、多くの研究者にとって「夢の技術」である。タンパク質の物性を自在に制御できるようになれば、基礎研究のみならず、医薬品や新規素材開発への応用など、その社会へのインパクトも大きい。また、脊椎動物の免疫系に関わる抗体分子は、異物に対して高い特異性を持ち、生体防御を担っている。抗体に関する研究は、生体分子の特異的分子認識機構に関する知見を与えるだけではなく、近年注目を集めている抗体医薬品などの開発にもつながる。

報告書

(3件)
  • 2022 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 2件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 1件、 招待講演 7件)

  • [雑誌論文] Oligo(N‐methylalanine) as a Peptide‐Based Molecular Scaffold with a Minimal Structure and High Density of Functionalizable Sites2022

    • 著者名/発表者名
      Yokomine Marin、Morimoto Jumpei、Fukuda Yasuhiro、Shiratori Yota、Kuroda Daisuke、Ueda Takumi、Takeuchi Koh、Tsumoto Kouhei、Sando Shinsuke
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 61 号: 14 ページ: 6994-7000

    • DOI

      10.1002/anie.202200119

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Current advances in biopharmaceutical informatics: guidelines, impact and challenges in the computational developability assessment of antibody therapeutics2022

    • 著者名/発表者名
      Khetan R, Curtis R, Deane CM, Hadsund JT, Kar U, Krawczyk K, Kuroda D, Robinson SA, Sormanni P, Tsumoto K, Warwicker J, Martin ACR.
    • 雑誌名

      mAbs

      巻: 14 号: 1 ページ: 2020082-2020082

    • DOI

      10.1080/19420862.2021.2020082

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Peptoid-based reprogrammable template for cell-permeable inhibitors of protein?protein interactions2021

    • 著者名/発表者名
      Fukuda Y, Yokomine M, Kuroda D, Tsumoto K, Morimoto J, Sando S.
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 12 号: 40 ページ: 13292-13300

    • DOI

      10.1039/d1sc01560e

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Anion solvation enhanced by positive supercharging mutations preserves thermal stability of an antibody in a wide pH range2021

    • 著者名/発表者名
      Kasahara Keisuke、Kuroda Daisuke、Tanabe Aki、Kawade Raiji、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 563 ページ: 54-59

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.05.053

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Microsecond molecular dynamics suggest that a non-synonymous mutation, frequently observed in patients with mild symptoms in Tokyo, alters dynamics of the SARS-CoV-2 main protease2021

    • 著者名/発表者名
      Kuroda D, Tsumoto K.
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 18 号: 0 ページ: 215-222

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v18.022

    • NAID

      130008088919

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Delicate balance among thermal stability, binding affinity, and conformational space explored by single-domain VHH antibodies2021

    • 著者名/発表者名
      Ikeuchi E, Kuroda D, Nakakido M, Murakami A, Tsumoto K.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 20624-20624

    • DOI

      10.1038/s41598-021-98977-8

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Engineering Stability, Viscosity, and Immunogenicity of Antibodies by Computational Design2020

    • 著者名/発表者名
      Kuroda Daisuke、Tsumoto Kouhei
    • 雑誌名

      Journal of Pharmaceutical Sciences

      巻: 109 号: 5 ページ: 1631-1651

    • DOI

      10.1016/j.xphs.2020.01.011

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Per-Residue Program of Multiple Backbone Dihedral Angles of β-Peptoids via Backbone Substitutions2020

    • 著者名/発表者名
      Jumpei Morimoto, Jungyeon Kim, Daisuke Kuroda, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto, Shinsuke Sando
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 号: 5 ページ: 2277-2284

    • DOI

      10.1021/jacs.9b10496

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] How the protonation state of a phosphorylated amino acid governs molecular recognition: insights from classical molecular dynamics simulations2019

    • 著者名/発表者名
      Kawade Raiji、Kuroda Daisuke、Tsumoto Kouhei
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 594 号: 5 ページ: 903-912

    • DOI

      10.1002/1873-3468.13674

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Effects of a remote mutation from the contact paratope on the structure of CDR-H3 in the anti-HIV neutralizing antibody PG162019

    • 著者名/発表者名
      Kondo Hiroko X.、Kiribayashi Ryo、Kuroda Daisuke、Kohda Jiro、Kugimiya Akimitsu、Nakano Yasuhisa、Tsumoto Kouhei、Takano Yu
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 19840-19840

    • DOI

      10.1038/s41598-019-56154-y

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A Peptoid with Ectended Shape in Water2019

    • 著者名/発表者名
      Morimoto J, Fukuda Y, Kuroda D, Watanabe T, Yoshida F, Asada M, Nakamura T, Senoo A, Nagatoishi S, Tsumoto K, *Sando S
    • 雑誌名

      J Am Chem Soc.

      巻: 141 号: 37 ページ: 14612-14623

    • DOI

      10.1021/jacs.9b04371

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 抗体設計に関する分子シミュレーション研究2022

    • 著者名/発表者名
      黒田大祐
    • 学会等名
      スーパーコンピュータワークショップ2021「 生体分子の構造・機能・デザインの計算科学」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] コンピュータ技術を用いた生体分子の解析と設計2021

    • 著者名/発表者名
      黒田大祐
    • 学会等名
      次世代医療技術研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Computational analysis of antibodies and antibody-antigen interactions2021

    • 著者名/発表者名
      黒田 大祐, 津本浩平
    • 学会等名
      第19回あわじ感染と免疫国際フォーラム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Exploring designability of antibodies through computational design2021

    • 著者名/発表者名
      黒田大祐
    • 学会等名
      大阪大学・蛋白研セミナー
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The mechanism by which positive supercharging mutations confer pH-independent thermal stability of an antibody2021

    • 著者名/発表者名
      笠原慶亮・黒田大祐・河出来時・田部亜季・長門石曉・津本浩平
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Addressing the Benefits of Simulations in Computer-aided Antibody Engineering2019

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kuroda
    • 学会等名
      Biologics Manufacturing Japan
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] コンピュータ技術に基づく抗体の物性・機能予測の現状と課題2019

    • 著者名/発表者名
      黒田大祐
    • 学会等名
      CBI学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Computational modeling algorithm in antibody engineering: How precise are they?2019

    • 著者名/発表者名
      黒田大祐, 津本浩平
    • 学会等名
      19回日本蛋白質科学会年会,
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-12-25  

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