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制御信号系列によって多機能性を実現する分子計算システムの理論とその設計基盤の構築

研究課題

研究課題/領域番号 19H04204
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関電気通信大学

研究代表者

小林 聡  電気通信大学, 大学院情報理工学研究科, 教授 (50251707)

研究分担者 小宮 健  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究プログラム), 研究員 (20396790)
藤本 健造  北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (90293894)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
17,810千円 (直接経費: 13,700千円、間接経費: 4,110千円)
2021年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2020年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2019年度: 11,310千円 (直接経費: 8,700千円、間接経費: 2,610千円)
キーワード分子コンピュータ / 分子ロボティクス / 計算モデル / 分子計算 / DNAコンピュータ / DNA計算
研究開始時の研究の概要

本研究は,従来のDNAコンピュータがベースとしている DNA 配列に情報処理機能をプログラミングするというアプローチから転換して,光照射や温度変化のような環境因子の変化系列(制御信号系列と呼ぶことにする)に個々の情報処理機能をプログラミングことにより,外部からの信号で多機能性を実現する汎用的な DNA コンピュータを設計する枠組みを提案することを目的とする.この目的の達成のため,外部信号によって制御される分子コンピュータの計算理論と,そこで得られる指針に基づいた設計基盤を構築する.これにより,DNAコンピュータの設計に新たな潮流を生み出す.

研究成果の概要

外部から信号系列を与えることによってさまざまな計算機能を実行することのできる分子コンピュータの設計基盤を与えるために,未知の振舞いをもつ制御付き計算モデルの理論,信号に応答する DNA デバイスの開発,DNAデバイス設計のための配列設計システムの構築,複数の DNA デバイスのシステム化に向けたデータや知見の蓄積を行った.理論と実験の連携をしながら,システム化においては,不可逆性の度合いに応じて機能を区分けして設計することの重要性を認識した.また,新しい光応答性塩基の開発により,1塩基レベルの入力の違いを情報処理に反映する技術を得た.これは,新しい制御付き計算モデル開拓への大きな刺激となった.

研究成果の学術的意義や社会的意義

従来の DNA コンピュータは,各計算機能ごとに DNA 配列を設計して実装する必要があったが,本研究は,外部からの信号(光照射や温度変化)系列による制御により,さまざまな計算機能を実現できる新しい分子コンピュータを提案し,そのような分子コンピュータによって何ができるのかを明らかにするために必要となる計算理論を構築した.これまでは,DNA 配列に計算機能をプログラミングしていたが,本研究により,外部信号系列にプログラミングするという新しい分子コンピュータの可能性を開拓した.

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (46件)

すべて 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 12件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (32件) (うち国際学会 11件、 招待講演 5件) 図書 (1件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [雑誌論文] Monotone Control of R Systems2022

    • 著者名/発表者名
      Ryutaro Yako, Daihei Ise, Ken Komiya, Kenzo Fujimoto, Satoshi Kobayashi
    • 雑誌名

      New Generation Computing

      巻: -

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular programming2022

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Robotics

      巻: -

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photocrosslinking of DNA using 4-methylpyranocarbazole nucleoside with thymine base selectivity2021

    • 著者名/発表者名
      Mihara Jun-ichi、Fujimoto Kenzo
    • 雑誌名

      Organic and Biomolecular Chemistry

      巻: 19 号: 45 ページ: 9860-9866

    • DOI

      10.1039/d1ob01621k

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reducing control alphabet size for the control of right linear grammars with unknown behaviors2021

    • 著者名/発表者名
      Kimoto Nobuya、Nakamura Shigetaka、Komiya Ken、Fujimoto Kenzo、Kobayashi Satoshi
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science

      巻: 862 ページ: 193-213

    • DOI

      10.1016/j.tcs.2020.11.051

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The effect of 5-substituent in cytosine to the photochemical C to U transition in DNA strand2021

    • 著者名/発表者名
      Kenzo Fujimoto, Wan Licheng, Shigetaka Nakamura
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      巻: 35 ページ: 127812-127812

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2021.127812

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete Photochemical Regulation of 8-17 DNAzyme Activity using Reversible DNA Photo-cross-linking2020

    • 著者名/発表者名
      Yasuha Watanabe, Kenzo Fujimoto
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 21 号: 22 ページ: 3244-3248

    • DOI

      10.1002/cbic.202000227

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photochemical RNA editing of C to U using ultrafast reversible RNA photo-cross-linking in DNA/RNA duplexes2020

    • 著者名/発表者名
      Shigetaka Nakamura, Kanako Ishino, Kenzo Fujimoto
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 21 号: 21 ページ: 3067-3070

    • DOI

      10.1002/cbic.202000269

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 分子コンピュータ設計のための計算モデル2019

    • 著者名/発表者名
      小林 聡
    • 雑誌名

      計測と制御

      巻: 58 号: 4 ページ: 241-246

    • DOI

      10.11499/sicejl.58.241

    • NAID

      130007633045

    • ISSN
      0453-4662, 1883-8170
    • 年月日
      2019-04-10
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Monotonically controlling right linear grammars with unknown behaviors to output a target string2019

    • 著者名/発表者名
      Nobuya Kimoto, Ken Komiya, Kenzo Fujimoto, Satoshi Kobayashi
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science

      巻: 777 ページ: 387-408

    • DOI

      10.1016/j.tcs.2019.01.009

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Leak-free million-fold DNA amplification with locked nucleic acid and targeted hybridization in one pot2019

    • 著者名/発表者名
      Komiya K.、Komori M.、Noda C.、Kobayashi S.、Yoshimura T.、Yamamura M.
    • 雑誌名

      Organic & Biomolecular Chemistry

      巻: 17 号: 23 ページ: 5708-5713

    • DOI

      10.1039/c9ob00521h

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Measurement of microRNA with isothermal DNA amplification on fully automated immunoassay analyzers2019

    • 著者名/発表者名
      Komori M.、Komiya K.、Shirakawa T.、Morikawa T.J.、Yoshimura T.
    • 雑誌名

      Analytical and Bioanalytical Chemistry

      巻: 411 号: 17 ページ: 3789-3800

    • DOI

      10.1007/s00216-019-01878-z

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isothermal amplification of specific DNA molecules inside giant unilamellar vesicles2019

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Sato, Ken Komiya, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Shin-ichiro M. Nomura
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 印刷中 号: 62 ページ: 9084-9087

    • DOI

      10.1039/c9cc03277k

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 分子サイバネティクスのための上流からのRRI実践のこころみ2022

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      発動分子科学 × 分子サイバネティクス共催ワークショップ
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子ロボット技術の将来像を共創する対話と研究者の自治2022

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      分子ロボット倫理キックオフ研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] On Monotone Control of Right Linear Grammars with Unknown Behaviors2021

    • 著者名/発表者名
      Daihei Ise, Shigetaka, Nakamura, Ken Komiya, Kenzo Fujimoto, Satoshi Kobayashi
    • 学会等名
      International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA Sequence Search for Temperature Dependent DNA Devices2021

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Suzuki, Ken Komiya, Satoshi Kobayashi
    • 学会等名
      International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA 光架橋反応を用いたDNA 鎖置換反応の光制御2021

    • 著者名/発表者名
      平井佑宜, 橋本浩寿, 中村重孝, 小林聡, 藤本健造
    • 学会等名
      2021年度北陸地区講演会と研究発表会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Investigation of the optimal arrangement of state sequences for efficient operation of a DNA state machine2021

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya, Satoshi Kobayashi, Masayuki Yamamura, John A. Rose
    • 学会等名
      CBI学会2021年大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] DNAが切り拓くものつくりについて2021

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      近畿青年技術士懇談会 2021年7月度例会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Reduction of the length of state sequences for efficient operation of a DNA state machine under low temperature conditions2021

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 「細胞を創る」を社会に接続する素朴な対話2021

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会14.0
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 分子ロボット技術の継続的なRRI実践モデルの構築2021

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      第5回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] On the control of R systems2021

    • 著者名/発表者名
      Ryutaro Yako, Satoshi Kobayashi
    • 学会等名
      26th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 未知の振る舞いを持つ制御付き右正則文法の生成能力について2021

    • 著者名/発表者名
      伊勢大平,小林聡
    • 学会等名
      電子情報通信学会,コンピュ―テーション研究会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] DNAコンピューティングによる“機器不要”診断薬の創製に向けて2021

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      バイオインダストリー奨励賞受賞者セミナー
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Optimization of the multi-step DNA computing reaction that implements a state machine2020

    • 著者名/発表者名
      Shuntaro Sato, Masayuki Yamamura, Ken Komiya
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Optimization of the multi-step DNA computing reaction using oxDNA MD simulation2020

    • 著者名/発表者名
      Shuntaro Sato, Masayuki Yamamura, Ken Komiya
    • 学会等名
      CBI学会2020年大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 分子ロボット将来像の共創に向けて2020

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      第4回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 反応システムの制御における信号数の削減2019

    • 著者名/発表者名
      矢光隆太郎,小林聡
    • 学会等名
      電子情報通信学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 未知の振る舞いを持つ正則文法に対する制御システムの信号数の削減2019

    • 著者名/発表者名
      木元達哉,小林聡
    • 学会等名
      電子情報通信学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Hill型の融解曲線をもつDNA塩基配列の設計2019

    • 著者名/発表者名
      池田 亮太, 小林 聡, 小宮 健
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Development of photochemical DNA and GCN4 peptide conjugation mediated by 3-cyanovinylcarbazole amino acid2019

    • 著者名/発表者名
      Qiu Zhiyong, Shigetaka Nakamura, Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      ISNAC2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Photochemical mC to T transition in dsDNA using reversible DNA photo-cross-linking2019

    • 著者名/発表者名
      Wan Licheng、Shigetaka Nakamura、Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      ISNAC2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] RNA FISH of 16S rRNA in E. coli using photo-cross-linkable beacon probe containing pyranocarbazole2019

    • 著者名/発表者名
      Nanami Watanabe, Misaki Hashimoto, Shigetaka Nakamura, Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      ISNAC2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA Photo-cross-linking of GCN4 Peptide Containing L-3-cyanovinylcarbazole Amino Acid to Duplex DNA2019

    • 著者名/発表者名
      Qiu Zhiyong, Shigetaka Nakamura, Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      The Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Photochemical Inhibition of GFP Protein Expression by Ultrafast RNA Photo-cross-linking in GFP-HeLa Cell2019

    • 著者名/発表者名
      Yasuha Watanabe, Hung Yang, Shigetaka Nakamura, Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      The Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] RNA fluorescence In situ hybridization using photo-cross-linkable beacon probes targeted to 16S rRNA in E. coli2019

    • 著者名/発表者名
      Shigetaka Nakamura, Misaki Hashimoto, Kenzo Fujimoto
    • 学会等名
      The Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effect of Surrounding Environment of Target Cytosine in Pinpoint RNA Editing Using RNA Photo-cross-linking2019

    • 著者名/発表者名
      Kenzo Fujimoto, Sethi siddhant, Nozomi Honda, Shigetaka Nakamura
    • 学会等名
      The Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Construction of DNA Amplification Circuit for Directing DNA Nanodevices and Quantifying Nucleic Acids2019

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya, Teruya Enomoto and Masayuki Yamamura
    • 学会等名
      Twentyfifth International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming (DNA25)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterization of DNA Generation Circuits for Controlling DNA Nanodevices2019

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya, Teruya Enomoto and Masayuki Yamamura
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Amplification of specific DNA molecules inside giant unilamellar vesicles at isothermal and physiological temperature2019

    • 著者名/発表者名
      Yuske Sato, Ken Komiya, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata and Shin-Ichiro M. Nomura
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Experimental Investigation of DNA Generation Circuits toward Molecular Robot Control2019

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya, Chizuru Noda, Teruya Enomoto and Masayuki Yamamura
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 分子から IoT まで、ものつくりのシンギュラリティ2019

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      Tokyo Tech Research Festival 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 核酸素子で生命のソフトウェア工学を探究する2019

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      核酸化学懇話会2020
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] 分子ロボットをめぐる対話要点集2022

    • 著者名/発表者名
      小長谷 明彦,小宮 健,河原 直人,河村 賢,標葉 隆馬,瀧ノ上 正浩 ,武田 浩平,森下 翔,山村 雅幸,吉田 省子
    • 総ページ数
      108
    • 出版者
      CBI 学会出版
    • ISBN
      9784910628011
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会・シンポジウム開催] International Conference on Unconventional Computation and Natural Computation 20192019

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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