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ナノポアシークエンサーを用いたRNA二次構造決定法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19H04210
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

佐藤 健吾  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 講師 (20365472)

研究分担者 加藤 有己  大阪大学, 医学系研究科, 助教 (10511280)
河原 行郎  大阪大学, 医学系研究科, 教授 (80542563)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 交付 (2021年度)
配分額 *注記
13,260千円 (直接経費: 10,200千円、間接経費: 3,060千円)
2021年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2020年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2019年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
キーワードRNA二次構造 / RNA修飾 / ナノポアシークエンサー / 深層学習
研究開始時の研究の概要

本研究では,RNAの構造と機能の網羅的な相関解析へ向けて,その基盤となるRNA二次構造決定のための新しい技術を開発する.具体的には,RNA二次構造特異的な化学修飾を引き起こす化合物でRNA配列を処理し,ナノポアシークエンサーでその化学修飾を直接読み取ることによって二次構造プロファイルを計測する方法を確立する.また,得られた二次構造プロファイルをRNA二次構造予測に利用することによって予測精度の劇的な向上を目指す.

研究実績の概要

近年の研究から,ゲノムの80%以上の領域からRNAが転写され,そのほとんどがタンパク質をコードしない非コードRNAであることが明らかとなった.配列長の長い長鎖非コードRNA (lncRNA) の多くが様々な機構に関与し,その機能と二次構造の相関が注目されている.本研究では,RNAの構造と機能の網羅的な相関解析へ向けて,その基盤となるRNA二次構造決定のための新しい技術を開発する.具体的には,RNA二次構造特異的に化学修飾を引き起こす化合物でRNA配列を処理し,ナノポアシークエンサーでその化学修飾を直接読み取ることによって二次構造プロファイ ルを計測する方法を確立する.次に,得られた二次構造プロファイルを利用し,RNA修飾に対応した二次構造予測アルゴリズムを実装する.これによって,lncRNAのような長いRNA配列に対する二次構造予測の精度を劇的に改善することを目指す.本年度は,ナノポアシークエンサーで読み取り可能な二次構造特異的化学修飾の条件検討を行なった.二次構造特異的な化学修飾としてSelective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension (SHAPE)を用いた.従来のシークエンサーでSHAPE修飾を間接的に検出する手法を参考に,ナノポアシークエンサーによるdirect RNA-seqでRNAに付加されたSHAPE修飾を直接読むことが可能な条件を検討した.次に,direct RNA-seqに対応した塩基修飾検出ツールの検討を行い,SHAPE修飾の検出精度を検討した.現時点に利用可能なツールでは十分な精度を得ることができないことが判明した.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の予定通り,SHAPE修飾をナノポアシークエンサーによるdirect RNA-seqで読み取るための実験条件を検討することができたため,おおむね順調に進展していると言える.

今後の研究の推進方策

RNA塩基修飾を検出する既存ツールの精度が十分でないため,自前でのツール開発を行なって検出精度の向上を目指す.さらに,RNA二次構造予測アルゴリズムと組み合わせることによって検出精度を補完する.

報告書

(1件)
  • 2019 実績報告書

研究成果

(3件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] An improved de novo genome assembly of the common marmoset genome yields improved contiguity and increased mapping rates of sequence data2020

    • 著者名/発表者名
      Jayakumar Vasanthan、Ishii Hiromi、Seki Misato、Kumita Wakako、Inoue Takashi、Hase Sumitaka、Sato Kengo、Okano Hideyuki、Sasaki Erika、Sakakibara Yasubumi
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 21 ページ: 243-243

    • DOI

      10.1186/s12864-020-6657-2

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model2020

    • 著者名/発表者名
      Akiyama, M., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      Noncoding RNAs: Mechanism,Function and Therapies, Keystone Symposia
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model2019

    • 著者名/発表者名
      Akiyama, M., Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 学会等名
      RNA Informatics
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2021-08-30  

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