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共通のタンパク質立体構造が多彩なイオン輸送を可能にする分子メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 19J10830
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
審査区分 小区分32010:基礎物理化学関連
研究機関分子科学研究所

研究代表者

大友 章裕  分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2019-04-25 – 2021-03-31
研究課題ステータス 採択後辞退 (2020年度)
配分額 *注記
2,100千円 (直接経費: 2,100千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
キーワード共鳴ラマン分光法 / ロドプシン / イオンポンプ
研究開始時の研究の概要

光駆動型イオンポンプは、光エネルギーを利用して特定のイオンを細胞内外へと輸送するタンパク質である。イオンポンプは類似した構造、共通のトリガーによって機能するにも関わらず、多彩なイオン輸送を生み出すことができる。このことは、イオンポンプが輸送するイオンを認識・選択する機構をもつことを想起させるが、そのイオン選択性メカニズムを解明した研究例はない。そこで本研究では、1つのタンパク質で3つの異なるイオン輸送状態を示すKR2対して、部位選択的な観測が可能な時間分解共鳴ラマン分光法を適用する。スペクトル解析によって得られる機能と構造の相関から、イオンポンプの普遍的なイオン選択性メカニズムを明らかにする。

研究実績の概要

光駆動イオンポンプKR2のナトリウムイオン輸送過程のタンパク質構造変化を解明するため、時間分解紫外共鳴ラマン分光測定を行った。観測された時間分解共鳴ラマンスペクトルから、ミリ秒付近でのKR2の反応中間体のタンパク質構造を明らかにした。KR2では、ミリ秒の時間領域でナトリウムイオンの取込と放出が起きるため、この反応中間体の構造を知ることはナトリウムイオン輸送機構を解明するうえで重要である。さらに変異体を用いた実験から、この反応中間体の生成・消滅に伴い、タンパク質内部のTrp残基周辺の疎水的な環境が変化することが分かった。これらの結果をもとに、KR2がナトリウムイオンを輸送するために、細胞膜を介した過渡的なチャネルをタンパク質内部に形成するモデルを提案した。興味深いことに、プロトン輸送状態にあるKR2で同様の測定を行ったところ、類似した構造変化が観測された。この結果は、イオンを輸送するための過渡的なチャネル形成は、輸送されるイオンには依存しない共通の機構である可能性を示唆する。

現在までの達成度 (段落)

翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。

今後の研究の推進方策

翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。

報告書

(1件)
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] Allosteric Communication with the Retinal Chromophore upon Ion Binding in a Light-Driven Sodium Ion-Pumping Rhodopsin.2020

    • 著者名/発表者名
      A. Otomo, M. Mizuno, K. Inoue, H. Kandori, Y. Mizutani
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 59 (4) 号: 4 ページ: 520-529

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b01062

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 新規光受容タンパク質ヘリオロドプシンが持つ長寿命光反応中間体の発色団構造の解明2020

    • 著者名/発表者名
      潤井 泰斗、大友 章裕、水野 操、神取 秀樹、水谷 泰久
    • 学会等名
      日本化学会第100春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ナトリウムイオン輸送タンパク質KR2の発色団が持つ水素結合様式の特異性2020

    • 著者名/発表者名
      篠崎 友香、大友 章裕、水野 操、吉住 玲、神取 秀樹、水谷 泰久
    • 学会等名
      日本化学会第100春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Time-resolved UV resonance Raman observation of protein dynamics of a light-driven sodium ion-pumping rhodopsin2019

    • 著者名/発表者名
      Otomo Akihiro、Mizuno Misao、Inoue Keiichi、Kandori Hideki、Mizutani Yasuhisa
    • 学会等名
      The 19th Time Resolved Vibrational Spectroscopy Conference
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 時間分解紫外共鳴ラマン分光法によるKR2の構造ダイナミクスの観測2019

    • 著者名/発表者名
      大友 章裕、水野 操、井上 圭一、神取 秀樹、水谷 泰久
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-05-29   更新日: 2024-03-26  

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