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生体分子マシンが誘起する細胞内レオロジー応答の理論研究

研究課題

研究課題/領域番号 19J20271
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
審査区分 小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連
研究機関東京都立大学

研究代表者

保阪 悠人  東京都立大学, 大学院理学研究科, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2019-04-25 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
2021年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2020年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2019年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワード生体分子マシン / 反対称粘性率 / 粘性率 / 非平衡性 / 細胞内環境 / 理論的解析 / 流体相互作用 / 拡散係数 / 高分子溶液
研究開始時の研究の概要

本研究は、生命現象において重要な役割を担う生体分子マシンに注目し、その集団が引き起こす細胞内レオロジー応答の理論的解析を行う。このレオロジー応答から細胞内の巨視的物性の抽出が可能であり、従来の局所的レオロジー測定と合わせることで細胞内環境全域の情報が得られる。具体的には、生体分子マシンをアクティブ・ダンベルに置き換え、(1)一つの生体分子マシン、(2)生体分子マシン希薄溶液、(3)生体分子マシン濃厚溶液の三つの研究課題に取り組む。本研究の完成により、細胞内の非平衡性の包括的な理解や生体分子マシンが担う細胞内機能の理解に大きな寄与がもたらされる。

研究実績の概要

近年、細胞内化学反応に関わる遺伝子を特定することによって、分子生物学的な観点から細胞内の機械的性質を明らかにする研究が行われてきた。一方、細胞内の非平衡性を定量化することで、機械的性質とは対極をなす細胞の生物らしさを抽出する研究が最近では幅広く行われている。私は、大域的な測定から得られる巨視的な粘性率に注目して、 細胞内非平衡性の定量化を目指す細胞内レオロジーという新たな理論的枠組みを提案した。以下に、2021年度の研究課題に関して実施した二つの研究を報告する。
(1)反対称粘性率をもつ二次元液滴に作用する流体力学的な揚力
本研究では、二次元流体内を移動する液体ドメインに働く力に対する反対称粘性率の影響を議論した。生体系では、自己回転する生体分子マシンがドメイン内部に局在化することで脂質ドメインを形成しているため、ドメインの内外で異なる反対称粘性率を考慮した。二次元流体から外部への運動量の流出を導入することで、移動するドメインに働く流体力学的な力を計算した。ドメイン内外で反対称粘性率が異なる場合にのみ、揚力が発生することが明らかになった。この成果は、Physical Review E誌から出版された。
(2)反対称粘性率を持つ流体におけるアクティブな酵素の集団運動
本研究では、生体系におけるアクティブマターの振る舞いを理解するために、反対称粘性率をもつ流体における酵素タンパク質の集団運動を解析する。反対称粘性率をもつ二次元流体中に二つの酵素分子を導入し、粒子間相互作用を考慮した二体問題を解析した。解析の結果、反対称粘性率が存在しない平衡状態では、二粒子間距離が発散するような振る舞いが見られた。一方、アクティブな流体の場合、二粒子が螺旋状の軌跡を示すことが分かった。反対称粘性率が十分大きい極限では、酵素が円状と放射状軌道の二種類の振動的な振る舞いを示すことが明らかになった。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 4件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 2件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] テルアビブ大学(イスラエル)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] テルアビブ大学(イスラエル)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] フリッツ・ハーバー研究所(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] The Onsager-Machlup Integral for Non-Reciprocal Systems with Odd Elasticity2022

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Kento、Kobayashi Akira、Lin Li-Shing、Hosaka Yuto、Sou Isamu、Komura Shigeyuki
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 91 号: 1 ページ: 015001-015001

    • DOI

      10.7566/jpsj.91.015001

    • NAID

      210000159508

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Hydrodynamic lift of a two-dimensional liquid domain with odd viscosity2021

    • 著者名/発表者名
      Hosaka Yuto、Komura Shigeyuki、Andelman David
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 104 号: 6 ページ: 064613-064613

    • DOI

      10.1103/physreve.104.064613

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Odd Microswimmer2021

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Kento、Hosaka Yuto、Sou Isamu、Komura Shigeyuki
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 90 号: 7 ページ: 075001-075001

    • DOI

      10.7566/jpsj.90.075001

    • NAID

      210000159108

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Irreversibility and entropy production of a thermally driven micromachine2021

    • 著者名/発表者名
      Sou Isamu、Hosaka Yuto、Yasuda Kento、Komura Shigeyuki
    • 雑誌名

      Physica A: Statistical Mechanics and its Applications

      巻: 562 ページ: 125277-125277

    • DOI

      10.1016/j.physa.2020.125277

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Autonomous elastic microswimmer2021

    • 著者名/発表者名
      Era Katsutomo、Koyano Yuki、Hosaka Yuto、Yasuda Kento、Kitahata Hiroyuki、Komura Shigeyuki
    • 雑誌名

      EPL (Europhysics Letters)

      巻: 133 号: 3 ページ: 34001-34001

    • DOI

      10.1209/0295-5075/133/34001

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nonreciprocal response of a two-dimensional fluid with odd viscosity2021

    • 著者名/発表者名
      Hosaka Yuto、Komura Shigeyuki、Andelman David
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 103 号: 4 ページ: 042610-042610

    • DOI

      10.1103/physreve.103.042610

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Mechanochemical enzymes and protein machines as hydrodynamic force dipoles: the active dimer model2020

    • 著者名/発表者名
      Hosaka Yuto、Komura Shigeyuki、Mikhailov Alexander S.
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 16 号: 47 ページ: 10734-10749

    • DOI

      10.1039/d0sm01138j

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Shear viscosity of two-state enzyme solutions2020

    • 著者名/発表者名
      Hosaka Yuto、Komura Shigeyuki、Andelman David
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 101 号: 1 ページ: 012610-012610

    • DOI

      10.1103/physreve.101.012610

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Nonequilibrium probability flux of a thermally driven micromachine2019

    • 著者名/発表者名
      Sou Isamu、Hosaka Yuto、Yasuda Kento、Komura Shigeyuki
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 100 号: 2 ページ: 022607-022607

    • DOI

      10.1103/physreve.100.022607

    • NAID

      130008156909

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Collective dynamics of active enzymes in an odd-viscous fluid2022

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      日本物理学会第77回年次大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Nonreciprocal hydrodynamic forces on a liquid domain in a fluid with odd viscosity2021

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      日本物理学会2021年秋季大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Hydrodynamic lift of a two-dimensional liquid domain with odd viscosity2021

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      第20回関東ソフトマター研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Non-reciprocal response of a two-dimensional fluid with odd viscosity2021

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      Active Matter Workshop 2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Hydrodynamic response of a two-dimensional compressible fluid with odd viscosity II2021

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      日本物理学会第 76 回年次大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Hydrodynamic response of a two-dimensional compressible fluid with odd viscosity2020

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      日本物理学会2020年秋季大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Hydrodynamic non-reciprocal response of a compressible monolayer with odd viscosity2020

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      第19回関東ソフトマター研究会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Shear viscosity of active enzyme solutions2019

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      Workshop on Soft Matter Out of Equilibrium: from driven to active systems
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Shear viscosity of active enzyme solutions2019

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      The 5th International Soft Matter Conference
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Shear viscosity of catalytic enzyme solutions2019

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      第18回関東ソフトマター研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Shear viscosity of two-state enzyme solutions2019

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      第9回ソフトマター研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Hydrodynamics of a membrane domain having odd viscosity2019

    • 著者名/発表者名
      保阪悠人
    • 学会等名
      日本物理学会第75回年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] 研究者のホームページ

    • URL

      https://www.comp.tmu.ac.jp/colloid/hosaka/main.html

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
  • [備考] Yuto HOSAKA (TMU)

    • URL

      http://www.comp.tmu.ac.jp/colloid/hosaka/main.html

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

URL: 

公開日: 2019-05-29   更新日: 2024-03-26  

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