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エビのゲノムに残された化石ウイルスを復活させる

研究課題

研究課題/領域番号 19J21518
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
審査区分 小区分40040:水圏生命科学関連
研究機関東京海洋大学

研究代表者

川戸 智  東京海洋大学, 海洋科学技術研究科, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2019-04-25 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
2021年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2020年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2019年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワードクルマエビ / WSSV / 内在性ウイルス配列 / ニマウイルス科 / トランスポゾン / ゲノム / PRDV / PAV / EVE / 内在性ウイルス様配列 / シラエビ
研究開始時の研究の概要

ホワイトスポットシンドロームウイルス (WSSV) は、クルマエビ類の養殖における最も深刻な病原体である。我々はこれまでに、クルマエビ類のゲノム中には、WSSVに近縁なウイルス (ニマウイルス)のゲノムが化石化して組み込まれていることを明らかにしてきた。本研究では、この化石ウイルスゲノムを遺伝子工学的手法により再構築し、ウイルス粒子の再生を試みる。これにより、WSSVの感染、複製、および病原性発揮の機構を解明する比較実験材料の確立を目指す。

研究実績の概要

本年度は甲殻類の内在性ウイルス配列探索と解析を中心に行った。
甲殻類複数種の全ゲノムショットガンシーケンスを行い、甲殻類ゲノム中の内在性ウイルス配列を計22本得た。比較解析の結果、宿主ゲノム中への組み込みはニマウイルス科内で広く生じており、とりわけクルマエビ類の内在性ウイルスからなる系統がニマウイルス科でもっとも初期に分岐したことが分かった。内在性ニマウイルスは、甲殻類ゲノム中の反復領域に選択的に組み込まれており、また宿主から獲得した複数の遺伝子をイントロンを保持したまま保有していた。ニマウイルス科の姉妹群とみられる、陸生甲殻類から見出されたウイルス配列も、クルマエビ類の内在性ウイルスと類似した特徴を示した。このことから、宿主ゲノム中への組み込みはニマウイルス科の祖先から受け継がれた性質であることが示唆された。
以上のことを踏まえると、甲殻類ゲノム中の内在性ニマウイルスは、宿主ゲノム中に自らを挿入し、親から子へ垂直伝播することで自己複製を図る、トランスポゾンに似たライフスタイルをとっていると考えられた。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] Genome and transcriptome assemblies of the kuruma shrimp, <i>Marsupenaeus japonicus</i>2021

    • 著者名/発表者名
      Kawato Satoshi、Nishitsuji Koki、Arimoto Asuka、Hisata Kanako、Kawamitsu Mayumi、Nozaki Reiko、Kondo Hidehiro、Shinzato Chuya、Ohira Tsuyoshi、Satoh Noriyuki、Shoguchi Eiichi、Hirono Ikuo
    • 雑誌名

      G3 Genes|Genomes|Genetics

      巻: 11 号: 11

    • DOI

      10.1093/g3journal/jkab268

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genome Sequence of Vibrio nigripulchritudo Strain TUMSAT-TG-2018, Isolated from Diseased Pacific White Shrimp, Litopenaeus vannamei2020

    • 著者名/発表者名
      Kawato Satoshi、Lu Jian、Nozaki Reiko、Kondo Hidehiro、Hirono Ikuo
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 9 号: 49 ページ: 1-3

    • DOI

      10.1128/mra.01206-20

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Draft Genome Sequences of Vibrio atypicus Strains DSM 25292T and TUMSAT12020

    • 著者名/発表者名
      Kawato Satoshi、Nozaki Reiko、Kondo Hidehiro、Hirono Ikuo
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 9 号: 6 ページ: 1-2

    • DOI

      10.1128/mra.01526-19

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Phylogenetic Analysis with Complete Mitochondrial Genome Sequences of <i>Benedenia seriolae</i> Specimens Derived from Japanese <i>Seriola</i> spp.2019

    • 著者名/発表者名
      Kawato Satoshi、Kobayashi Keigo、Shirakashi Sho、Yanagi Soetsu、Fukuda Yutaka、Yamashita Hirofumi、Nozaki Reiko、Hirono Ikuo、Kondo Hidehiro
    • 雑誌名

      魚病研究

      巻: 54 号: 2 ページ: 27-33

    • DOI

      10.3147/jsfp.54.27

    • NAID

      130007687462

    • ISSN
      0388-788X, 1881-7335
    • 年月日
      2019-06-15
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] クルマエビのドラフトゲノム2021

    • 著者名/発表者名
      川戸智、西辻光希、有本飛鳥、久田香奈子、川満真由美、野崎玲子、近藤秀裕、新里宙也、大平剛、佐藤矩行、將口栄一、廣野育生
    • 学会等名
      第21回マリンバイオテクノロジー学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 日本産チョウ (ウオジラミ) Argulus japonicusの分子解析2021

    • 著者名/発表者名
      川戸智・野崎玲子・横田昌樹・原川明宏・廣野育生・近藤秀裕
    • 学会等名
      令和3年度日本水産学会春季大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] オオグソクムシ Bathynomus doederleini のミトコンドリアゲノム配列2020

    • 著者名/発表者名
      川戸智, 野崎玲子, 近藤秀裕, 廣野育生
    • 学会等名
      令和2年度日本水産学会春季大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Genomic footprints unveil the evolution of obscure crustacean virus family2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kawato, Reiko Nozaki, Hidehiro Kondo, Ikuo Hirono
    • 学会等名
      Joint Conference of the 12th International Marine Biotechnology Conference and the 12th Asia Pacific Marine Biotechnology Conference
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2019-05-29   更新日: 2024-03-26  

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