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結晶スポンジ法によるゲノムマイニングのワークフロー刷新

研究課題

研究課題/領域番号 19J22015
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
審査区分 小区分34020:分析化学関連
研究機関東京大学

研究代表者

和田 直樹  東京大学, 工学系研究科, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2019-04-25 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
2021年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2020年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2019年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
キーワード結晶スポンジ法 / 天然物化学 / テルペン / 構造解析 / 絶対配置 / 生合成研究 / 合成生物学 / 生合成 / 単結晶X線構造解析 / テルペノイド
研究開始時の研究の概要

生体から化合物を探索し構造決定することは、化学ばかりでなく創薬の観点からも意義深い。ゲノムマイニングは化合物を合成するタンパク質をゲノム情報から探索できるため、新規化合物を供給する強力な手法になることが期待されている。しかしながら、確度高く化合物の構造を求めるため大スケールでの培養実験が必要とされることが実験者の負担となっており、化合物の探索速度を制限する原因となっている。結晶スポンジ法は近年開発された分子構造解析手法であり、わずかな試料から化合物の三次元構造を与える。本研究では、ゲノムマイニングのワークフローに結晶スポンジ法を導入し、実験系の省スケール化・高速化を実現する。

研究実績の概要

一昨年度からJing-Ke Weng准教授(アメリカ・ホワイトヘッド生物医学研究所)と続けている共同研究において、紅藻Laurencia pacificaの遺伝子情報から取得されたテルペン環化酵素の一種が産生する新規化合物の構造解析に成功した。本化合物は非結晶性の油状化合物であり既存の構造解析手法では正確な構造決定が困難であると予想されたものの、結晶スポンジ法によってその絶対配置を含めた化学構造が容易に導かれた。本化合物は独特の甘い香りを発することから、香料等の産業的な応用が期待される。また、これまで結晶スポンジ法においてほとんど用いられてこなかった極性溶媒(ケトン・エステル等)を解析対象化合物と混合することで、結晶スポンジ法においてステロイド化合物包接錯体の結晶構造解析がより高い信頼性をもって行えることを見出し、本知見をOrganic Letters誌に論文として発表した。本研究で得られた成果は、テルペン・ステロイド化合物の迅速かつ高信頼性のある構造解析に結晶スポンジ法の応用が有効であることを実証するものであり、生合成研究など微量化合物の構造解析が必要とされる研究分野においてその応用が今後も多く現れることが期待される。
そのほか、結晶スポンジ法が2013年に初めて発表された以降8年の期間において、国内外の研究グループが達成した結晶スポンジ法における技術的改良や構造解析実施例について調査し、総説論文を発表した。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件)

  • [国際共同研究] ホワイトヘッド生物医学研究所/マサチューセッツ工科大学(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] ホワイトヘッド生物医学研究所/マサチューセッツ工科大学(米国)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] ホワイトヘッド生物医学研究所/マサチューセッツ工科大学/アイオワ州立大学(米国)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystalline Sponge Method: X‐ray Structure Analysis of Small Molecules by Post‐Orientation within Porous Crystals?Principle and Proof‐of‐Concept Studies2021

    • 著者名/発表者名
      Zigon Nicolas、Duplan Vincent、Wada Naoki、Fujita Makoto
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 60 号: 48 ページ: 25204-25222

    • DOI

      10.1002/anie.202106265

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solvent Effects in the Crystalline Sponge Method: Importance of Co-solvents for Ordering Absorbed Guests2021

    • 著者名/発表者名
      Wada Naoki、Kageyama Ko、Jung Youngcheol、Mitsuhashi Takaaki、Fujita Makoto
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 23 号: 23 ページ: 9288-9291

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.1c03660

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Repeated evolution of cytochrome P450-mediated spiroketal steroid biosynthesis in plants2019

    • 著者名/発表者名
      Christ Bastien、Xu Chengchao、Xu Menglong、Li Fu-Shuang、Wada Naoki、Mitchell Andrew J.、Han Xiu-Lin、Wen Meng-Liang、Fujita Makoto、Weng Jing-Ke
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10 号: 1 ページ: 3206-3206

    • DOI

      10.1038/s41467-019-11286-7

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 結晶スポンジ法による天然化合物の構造決定2019

    • 著者名/発表者名
      和田 直樹、藤田 誠
    • 雑誌名

      ファルマシア

      巻: 55 号: 7 ページ: 668-670

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.55.7_668

    • NAID

      130007671609

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Complete Structural Determination of Novel Sesquiterpenoids in Microgram Scales by the Crystalline Sponge Method2021

    • 著者名/発表者名
      Naoki Wada, Takaaki Mitsuhashi, Roland Kersten, Jing-Ke Weng, Makoto Fujita
    • 学会等名
      ACS Publications Symposium | The Power of Chemical Transformations
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 結晶スポンジ法による紅藻由来テルペン環化酵素微量産物の構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      和田 直樹, 三橋 隆章, Roland Kersten, Jing-Ke Weng, 藤田 誠
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 結晶スポンジ法による酸化コレステロール異性体の立体配置解析2020

    • 著者名/発表者名
      和田 直樹、影山 洸、ジョン ヨンチョル、三橋 隆章、藤田 誠
    • 学会等名
      日本化学会第100春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Configurational Analysis of Cholesterol Metabolites by the Crystalline Sponge Method2019

    • 著者名/発表者名
      Naoki Wada、Ko Kageyama、Bastien Christ、Chengchao Xu、Menglong Xu、Jing-Ke Weng、Makoto Fujita
    • 学会等名
      錯体化学会第69 回討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-05-29   更新日: 2024-03-26  

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