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機械学習を用いた溶媒和モデルの精度向上に関する研究

研究課題

研究課題/領域番号 19K05381
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分32010:基礎物理化学関連
研究機関筑波大学

研究代表者

松井 亨  筑波大学, 数理物質系, 准教授 (70716076)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2021年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円)
2020年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2019年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワード溶媒和モデル / 機械学習 / 酸解離定数 / 酸化還元電位 / 密度汎関数理論 / 金属錯体 / 分配係数 / logP / 量子化学計算
研究開始時の研究の概要

量子化学計算において、溶媒和モデルを用いて様々な化合物の物理量を算出できるようになったが、まだ十分な精度が得られない場合が多い。これまではモデル化・定式化することで改善策を得てきているが、人為的な補正項や線形近似にとどまっているケースが多く十分なエビデンスがない。そこで、本研究では新しい試みとして「機械学習」を取り入れて、分子から与えられた情報から溶媒和モデルで得られる溶媒和自由エネルギーで生じる誤差を評価する関数を作成して、精度を向上させる補正の手段・スキームを考察する。

研究成果の概要

本研究で、我々は量子化学計算と溶媒和モデルとの組み合わせ用いて、次の3点を改善した。(1) 機械学習を使用して溶媒和エネルギーの補正を行い、より正確な分配係数(logP)の算出を試みた。(2) 酸化電位を解析し、Lasso回帰を使用して誤差の重要な因子を特定した。114種の有機化合物の実験値と計算値を比較し、機械学習による解析を行った。(3) 酸解離定数の計算においては、従来は官能基が同じ化合物で計算し線形近似を行っていたが、その理由や化合物の選択に不自然な点があったため、多重回帰を用いて酸解離定数の導出を提案し、より正確な結果を得ることを試みた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究を通して、量子化学と情報科学・データサイエンスとが融合する形態が第3ステージの量子化学になると考えて「量子化学3.0の時代」という造語を提唱するに至る段階になったと考えている。 「機械学習」や「人工知能」「自動化」など情報科学分野の進展は目覚ましい。それに付随して、機械学習・深層学習が多くの分野で普及が進んでいる昨今ではデータベース化がより進行している。したがって、今後の量子化学ではコンピュータによる自動的なデータ収集などが主流になると予測できるが、アウトプットとゴール(大抵の場合は実験値)との「差」をどう解釈するかは今後も課題であり続けるだろう。

報告書

(5件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] A Theoretical Study on Rate Constants of Excited State Proton Transfer Reaction in Anthracene-Urea Derivatives2023

    • 著者名/発表者名
      Onozawa Shu、Nishimura Yoshinobu、Matsui Toru
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 96 号: 3 ページ: 215-222

    • DOI

      10.1246/bcsj.20220332

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Factor analysis of error in oxidation potential calculation: A machine learning study2022

    • 著者名/発表者名
      Kanamaru Yuki、Matsui Toru
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 43 号: 22 ページ: 1504-1512

    • DOI

      10.1002/jcc.26953

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Practical Prediction of LogPo/w through Semiempirical Electronic Structure Calculations with Dielectric Continuum Model2021

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Teruyuki、Matsui Toru、Hengphasatporn Kowit、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 94 号: 7 ページ: 1807-1814

    • DOI

      10.1246/bcsj.20210035

    • NAID

      130008076923

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recent Developments of Computational Methods for pKa Prediction Based on Electronic Structure Theory with Solvation Models2021

    • 著者名/発表者名
      Fujiki Ryo、Matsui Toru、Shigeta Yasuteru、Nakano Haruyuki、Yoshida Norio
    • 雑誌名

      J

      巻: 4 号: 4 ページ: 849-864

    • DOI

      10.3390/j4040058

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Unique photophysical properties of 1,8-naphthalimide derivatives: generation of semi-stable radical anion species by photo-induced electron transfer from a carboxy group2021

    • 著者名/発表者名
      H. Izawa, F. Yasufuku, T. Nokami, S. Ifuku, H. Saimoto, T. Matsui, K. Morihashi, M. Sumita
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 6 号: 20 ページ: 13456-13465

    • DOI

      10.1021/acsomega.1c01685

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Estimation of Acid Dissociation Constants (pKa) of N-Containing Heterocycles in DMSO and Transferability of Gibbs Free Energy in Different Solvent Conditions2020

    • 著者名/発表者名
      Hengphasatporn Kowit、Matsui Toru、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 49 号: 3 ページ: 307-310

    • DOI

      10.1246/cl.190946

    • NAID

      130007805919

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Machine Learning Assisted DFT Calculation Using Solvation Model2023

    • 著者名/発表者名
      Toru Matsui
    • 学会等名
      The 10th meeting of the Asia Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Interaction analysis of FIV protease and HIV-1 protease inhibitors using the FMO method2023

    • 著者名/発表者名
      Shohei Osaki, Toru Matsui
    • 学会等名
      The 10th meeting of the Asia Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 荷電系において溶媒和モデルが記述する溶媒静電ポテンシャルの解析2023

    • 著者名/発表者名
      金丸 雄基, 松井 亨
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 原田 秦冴, 松井 亨2023

    • 著者名/発表者名
      長距離補正密度汎関数理論を用いた有機薄膜太陽電池材料となる高分子の軌道準位の計算
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 酸化電位算出における誤差の機械学習を用いた要因解析2022

    • 著者名/発表者名
      金丸 雄基, 松井 亨
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 酸化還元電位算出における誤差の機械学習を用いた要因解析2022

    • 著者名/発表者名
      金丸雄基, 松井亨
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] FIVプロテアーゼとHIV-1プロテアーゼ阻害剤の相互作用解析2022

    • 著者名/発表者名
      大﨑象平, 松井亨
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 酸化還元電位算出における誤差の機械学習を用いた要因解析2021

    • 著者名/発表者名
      金丸雄基, 松井亨
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 機械学習による溶媒和モデルの半経験的改善法2020

    • 著者名/発表者名
      登坂 夏名、尾﨑 大和、松井 亨
    • 学会等名
      日本化学会第100春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 長距離補正密度汎関数による領域分割パラメータの簡便な決定法2019

    • 著者名/発表者名
      尾﨑 大和、藤田 健宏、松井 亨、寺山 慧、隅田 真人、守橋 健二
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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