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細胞内で機能するRNA構造スイッチの最適化および合理的設計技術の構築

研究課題

研究課題/領域番号 19K05723
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分37020:生物分子化学関連
研究機関甲南大学

研究代表者

遠藤 玉樹  甲南大学, 先端生命工学研究所, 准教授 (90550236)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードRNA / 構造変化 / バイオセンサー / セレクション / 合理設計
研究開始時の研究の概要

本研究では、細胞内で効率良く機能するRNA構造スイッチを合理的に設計する技術基盤を確立する。そのために、
1.細胞内分子環境でのRNA構造スイッチの簡便な最適化技術を【構築する】
2.細胞内でのRNA構造スイッチの機能を【実証する】
3.RNA構造スイッチの熱安定性解析から合理的な設計技術を【確立する】
という3つの研究課題を段階的に遂行し、RNA構造の熱安定性に多大な影響を及ぼす分子環境の影響を考慮に入れつつ、細胞内で効率的に機能するRNA構造スイッチの合理的な設計技術を確立する。これにより、細胞内における特定の代謝産物のバイオイメージング技術や人工的な遺伝子の発現制御技術を飛躍的に発展させる。

研究成果の概要

本研究課題では、細胞内で効率良く機能するRNA構造スイッチを合理的に設計する技術基盤を確立することを目的とした。蛍光分子に結合してその蛍光シグナルを増強させるライトアップアプタマーを機能性RNAのモデルとし、合理的に設計したRNA構造スイッチで標的分子を蛍光イメージングにより検出することを試みた。研究成果として、RNAが固定化された微粒子群(R-CAMPs)を独自に開発し、ライトアップアプタマーおよびRNA構造スイッチの効率的な最適化を可能にした。さらに、最適化されたRNA配列を活用し、細胞内で機能するRNA構造スイッチの合理的な設計が可能であることを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で構築したRNA構造スイッチを活用することで、標的分子の動態を細胞内でリアルタイムに解析するイメージング技術や、特定の外部刺激分子による遺伝子の発現制御技術などを合理的に設計できるようになる。それ故、本研究成果は、分析化学、遺伝子工学、細胞工学など幅広い基礎学術分野への貢献が可能である。加えて、特定の分子に応答した構造変化に基づいて薬理作用を発揮するといった、分子環境応答型の核酸医薬品の開発などにも本研究成果を活用できる。つまり本研究成果は、医工学分野への活用も期待され、その社会的意義は極めて大きい。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (34件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 3件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 6件、 招待講演 4件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] Binghamton University(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] Slovenian NMR Center(スロベニア)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] National Institute of Chemistry(スロベニア)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Triple-Helical Binding of Peptide Nucleic Acid Inhibits Maturation of Endogenous MicroRNA-1972021

    • 著者名/発表者名
      Endoh Tamaki、Brodyagin Nikita、Hnedzko Dziyana、Sugimoto Naoki、Rozners Eriks
    • 雑誌名

      ACS Chemical Biology

      巻: 16 号: 7 ページ: 1147-1151

    • DOI

      10.1021/acschembio.1c00133

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Transcriptome screening followed by integrated physicochemical and structural analyses for investigating RNA-mediated berberine activity2021

    • 著者名/発表者名
      Satpathi Sagar、Endoh Tamaki、Podbevsek Peter、Plavec Janez、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 49 号: 15 ページ: 8449-8461

    • DOI

      10.1093/nar/gkab189

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Chemical Biology of Double Helical and Non-Double Helical Nucleic Acids: “To <i>B</i> or Not To <i>B</i>, That Is the Question”2021

    • 著者名/発表者名
      Sugimoto Naoki、Endoh Tamaki、Takahashi Shuntaro、Tateishi-Karimata Hisae
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 94 号: 7 ページ: 1970-1998

    • DOI

      10.1246/bcsj.20210131

    • NAID

      130008076882

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Nearest-neighbor parameters for predicting DNA duplex stability in diverse molecular crowding conditions2020

    • 著者名/発表者名
      S. Ghosh, S. Takahashi, T. Ohyama, T. Endoh, H. Tateishi-Karimata, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA.

      巻: 117 号: 25 ページ: 14194-14201

    • DOI

      10.1073/pnas.1920886117

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Improved nearest-neighbor parameters for the stability of RNA/DNA hybrids under a physiological condition2020

    • 著者名/発表者名
      D. Banerjee, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, S. Ghosh, T. Endoh, S. Takahashi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 48 号: 21 ページ: 12042-12054

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa572

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Effects of Modifying Thioflavin T at the N3-Position on Its G4 Binding and Fluorescence Emission2020

    • 著者名/発表者名
      Y. Kataoka, H. Fujita, T. Endoh, N. Sugimoto, and M. Kuwahara
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 25 号: 21 ページ: 4936-4936

    • DOI

      10.3390/molecules25214936

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Signaling Aptamer Optimization through Selection Using RNA-Capturing Microsphere Particles2020

    • 著者名/発表者名
      Endoh Tamaki、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: - 号: 11 ページ: 7955-7963

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.0c01338

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RNA-Capturing Microsphere Particles (R-CAMPs) for Optimization of Functional Aptamers2019

    • 著者名/発表者名
      Endoh Tamaki、Ohyama Tatsuya、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Small

      巻: 15 号: 26 ページ: 1805062-1805062

    • DOI

      10.1002/smll.201805062

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Validation of the nearest-neighbor model for Watson?Crick self-complementary DNA duplexes in molecular crowding condition2019

    • 著者名/発表者名
      Ghosh Saptarshi、Takahashi Shuntaro、Endoh Tamaki、Tateishi-Karimata Hisae、Hazra Soumitra、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 47 号: 7 ページ: 0-0

    • DOI

      10.1093/nar/gkz071

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Conformational Dynamics of the RNA G-Quadruplex and its Effect on Translation Efficiency2019

    • 著者名/発表者名
      Endoh Tamaki、Sugimoto Naoki
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 24 号: 8 ページ: 1613-1613

    • DOI

      10.3390/molecules24081613

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (76) : Structure-based Derivatization of Berberine to Improve the Potency for Targeting RNA Structures2022

    • 著者名/発表者名
      S. Satpathi, T. Endoh, Y. Chen, S. Matsumoto, T. Ohyama, P. Podbevsek, J. Plavec, K. Onizuka, F. Nagatsugi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (75): Development of RNA-ligand pairs for multicolor RNA imaging in cells2022

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, Jia-Heng Tan, Shuo-Bin Chen, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第102回春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 非天然塩基含有PNAによる三重らせん構造を介したmiRNAの成熟阻害2021

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹, N. Brodyagin, D. Hnedzko, E. Rozners, 杉本直己
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Triplex-forming peptide nucleic acid inhibits maturation of endogenous miRNA2021

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, N. Brodyagin, D. Hnedzko, E. Rozners, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第48回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 脱ワトソン・クリックの核酸化学(65): ベルベリンによるRNAバルジ構造の認識および安定化の微視的解析2021

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹 , SATPATHI Sagar, 大山達也, PODBEVSEK Peter, PLAVEC Janez, 杉本直己
    • 学会等名
      日本化学会第101回春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] バルジを含むRNA二重鎖と天然アルカロイドとの相互作用解析2020

    • 著者名/発表者名
      遠藤 玉樹, SATPATHI Sagar, PODBEVSEK Peter, PLAVEC Janez, 杉本 直己
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Stability prediction of DNA duplexes available under diverse molecular crowding conditions2020

    • 著者名/発表者名
      GHOSH Saptarshi, 高橋俊太郎, 大山達也, 遠藤玉樹, 建石寿枝, 杉本直己
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Development of the prediction method for stability of RNA/DNA hybrids under a physiological condition2020

    • 著者名/発表者名
      BANERJEE Dipanwita, 建石寿枝, 大山達也, GHOSH Saptarshi, 遠藤玉樹, 高橋俊太郎, 杉本直己
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 同時かつ連続的な生体反応系における動的核酸構造変化の重要性2020

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹
    • 学会等名
      核酸化学懇話会2020(北海道・東北地区セミナー)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (60): Interaction analyses between natural alkaloids and RNAs with different structure motifs2020

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, S. Satpathi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第100回春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (61): Effect of neighboring base pairs of cytosine bulge on berberine Induced RNA stabilization2020

    • 著者名/発表者名
      S. Satpathi, T. Endoh, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第100回春季年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Interactions between Structured Nucleic Acids and π-conjugated Heterocyclic Chemicals2019

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh
    • 学会等名
      Fourteenth International Workshop on Supramolecular Nanoscience of Chemically Programmed Pigments (SNCPP19)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生理活性分子に結合する天然RNAの網羅的スクリーニング2019

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、杉本直己
    • 学会等名
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] RNA-capturing microsphere particles (R-CAMPs) for optimization of functional RNAs2019

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • 学会等名
      10th RSC-CSJ Joint Symposium
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Conformational Dynamics of the RNA G-Quadruplex and its Effect on Gene Expressions2019

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • 学会等名
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids "ANNA2019"
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Screening of transcriptomic RNAs that interact with thioflavin T derivative2019

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, M. Kuwahara, Y. Kataoka, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第46回国際核酸化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Sequence Optimization to Conditionally Regulate Functional RNAs for Biotechnological Applications2019

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • 学会等名
      13th Anniversary International Symposium on Nanomedicine (ISNM2019)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Light-up型蛍光小分子に結合する核酸配列の最適化技術の確立と応用2019

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹、村瀬裕貴、鬼塚和光、永次史、杉本直己
    • 学会等名
      第19回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [図書] 第II部 15. リボスイッチ(核酸科学ハンドブック、[監修]日本核酸化学会、[編]杉本直己)2020

    • 著者名/発表者名
      遠藤玉樹
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      9784065207864
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/index.php

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2019 実施状況報告書
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所ホームページ

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/index.php

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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