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麹菌のゲノム編集時における大規模欠失を介した DNA 修復機構に関する研究

研究課題

研究課題/領域番号 19K05952
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分38060:応用分子細胞生物学関連
研究機関琉球大学

研究代表者

水谷 治  琉球大学, 農学部, 准教授 (10443996)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2020年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2019年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード麹菌 / ゲノム編集 / 人工ヌクレアーゼ (TALENs) / CRISPR/Cas9 / DNA 二本鎖切断修復 / 非相同末端結合 / 人工ヌクレアーゼ (TALEN) / ligD / 黄麹菌 / 黒麹菌 / DNA 修復機構
研究開始時の研究の概要

ゲノム編集は、対象生物のゲノム中の任意の位置に二本鎖切断を引き起こし、DNA 修復機構を利用して、自由に遺伝子改変を行える技術である。この技術を麹菌に用いると、酵母や動植物では、数 bp の欠失や挿入が観察されるのに対し、麹菌ではしばしば 1 kb 以上の大規模な欠失が引き起こされる。本研究では、この大規模欠失のメカニズムの解明に取り組み、関与遺伝子を明らかにする。更に、関与遺伝子を制御することで、ゲノム編集時に自由に欠失の規模をコントロールすることが可能かに挑戦する。

研究成果の概要

麹菌野生株において、非相同末端結合 (NHEJ) 修復エラーを介したゲノム編集を行うと、得られたゲノム編集株の約半分程度で 1 kb 以上もの大規模欠失が観察された。そこで、NHEJ 経路に関与すると予想された DNA 分解活性を有する DNA ポリメラーゼ (polD) 等の遺伝子破壊株を作成し、ゲノム編集による大規模欠失の有無を調べた結果、PolD は大規模欠失に関与していないことが示唆された。また、大規模欠失抑制株のゲノム解析から 17 個の変異遺伝子を発見した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、麹菌において非相同末端結合修復エラーを介したゲノム編集を行うと、酵母や高等動植物で観察されるような数 bp の欠失の他に 1 kb 以上もの大規模な欠失が高頻度で観察されることについて、どのような因子が大規模欠失に関与しているかを明らかにしようとしている。本研究が進展すれば、従来、他の生物と同様と考えられていた麹菌の DNA 2本鎖切断修復機構において、麹菌独自の機構の発見やこのメカニズムを利用した新たな麹菌育種法の開発等に繋がると期待される。

報告書

(5件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (3件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Construction of transcription factor gene deletion library of <i>Aspergillus luchuensis</i>2021

    • 著者名/発表者名
      Yamada Osamu、Nishibori Naoko、Hayashi Risa、Arima Toshihide、Mizutani Osamu
    • 雑誌名

      The Journal of General and Applied Microbiology

      巻: 67 号: 3 ページ: 118-123

    • DOI

      10.2323/jgam.2020.09.001

    • NAID

      130008069742

    • ISSN
      0022-1260, 1349-8037
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of Genes Involved in the Synthesis of the Fungal Cell Wall Component Nigeran and Regulation of Its Polymerization in Aspergillus luchuensis2021

    • 著者名/発表者名
      Uechi Keiko、Yaguchi Hajime、Tokashiki Jikian、Taira Toki、Mizutani Osamu
    • 雑誌名

      Applied and Environmental Microbiology

      巻: 87 号: 21

    • DOI

      10.1128/aem.01144-21

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of an itraconazole resistance gene as a dominant selectable marker for transformation in Aspergillus oryzae and Aspergillus luchuensis2021

    • 著者名/発表者名
      Tokashiki Jikian、Toyama Hirohide、Mizutani Osamu
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 85 号: 3 ページ: 722-727

    • DOI

      10.1093/bbb/zbaa080

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phenolic acid decarboxylase of Aspergillus luchuensis plays a crucial role in 4-vinylguaiacol production during awamori brewing2020

    • 著者名/発表者名
      Maeda Mayumi、Motosoko Marin、Tokashiki Tatsunori、Tokashiki Jikian、Mizutani Osamu、Uechi Keiko、Goto Masatoshi、Taira Toki
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 130 号: 4 ページ: 352-359

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.05.004

    • NAID

      40022381063

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Influence of α-1,3-glucan synthase gene agsE on protoplast formation for transformation of Aspergillus luchuensis2019

    • 著者名/発表者名
      Tokashiki Jikian、Hayashi Risa、Yano Shigekazu、Watanabe Taisuke、Yamada Osamu、Toyama Hirohide、Mizutani Osamu
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 印刷中 号: 2 ページ: 129-134

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2019.01.018

    • NAID

      40021976308

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of pepA deletion and overexpression in Aspergillus luchuensis on sweet potato shochu brewing2019

    • 著者名/発表者名
      Setoguchi Sho、Mizutani Osamu、Yamada Osamu、Futagami Taiki、Iwai Kenichi、Takase Yoshikazu、Tamaki Hisanori
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 128 号: 4 ページ: 456-462

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2019.03.019

    • NAID

      40022037155

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 麹菌で利用可能なイトラコナゾール耐性マーカーの構築2021

    • 著者名/発表者名
      渡嘉敷 直杏, 外山 博英, 水谷 治
    • 学会等名
      第 73 回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 麹菌におけるイトラコナゾール耐性を指標とした形質転換用マーカーの開発2020

    • 著者名/発表者名
      ○渡嘉敷直杏, 水谷 治, 外山博英
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2020 年度大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 黒麹菌 Aspergillus luchuensis のエレクトロポレーション法による形質転換系の開発2019

    • 著者名/発表者名
      ○上元 優, 玉井萌子, 渡嘉敷直杏, 外山博英, 水谷 治
    • 学会等名
      第 19 回糸状菌分子生物学コンファレンス
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [図書] Genome Engineering via CRISPR-Cas9 System 1st Edition (担当範囲: 5. Targeted genome editing using CRISPR-Cas9 system in fungi)2020

    • 著者名/発表者名
      Arazoe T., Mizutani O.
    • 総ページ数
      384
    • 出版者
      Elsevier
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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