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クローナル植物の過去を解き明かすメチル化DNA遺伝子座プロファイリング法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19K06131
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分40010:森林科学関連
研究機関鶴岡工業高等専門学校

研究代表者

南 淳  鶴岡工業高等専門学校, その他部局等, 准教授 (50270210)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2020年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2019年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードクローナル植物 / クローナル低木 / 林床 / DNAメチル化 / エピジェネティクス / MSAP / マイクロサテライトマーカー / ヤブコウジ / 林床植物 / マイクロサテライト / 森林生態系 / エコロジカル・エピジェネティクス
研究開始時の研究の概要

クローナル植物の全体(遺伝的な個体、ジェネット)は、多数の機能上の個体(ラメット)が地下茎などで繋がって構成されている。このクローナル植物は森林などの生態系において重要な成員であり、これが長い年月の間にどのように成長、拡大していくのかを知ることは、生態系の動態を予測するのに必要である。ひとつのジェネットの各ラメットは、DNAの塩基配列は同一であるが、DNAの化学修飾(メチル化)の状態は次第に変わっていく。この事を利用して各ラメットの親子関係を明らかにする方法を開発する。様々な森林の林床に群落を形成する、矮性の低木であるヤブコウジをモデルとして研究する。

研究成果の概要

クローナル植物の個体のDNAメチル化状態により群落の形成過程を推定する方法の開発をめざした。森林性クローナル低木ヤブコウジArdisia japonicaのマイクロサテライトマーカーを開発しジェネット(遺伝的個体)を識別した。1.3 x 1.7 kmの調査区のサンプリング箇所の73%を3つのジェネットが占め、その範囲は半径1 km程度にもなった。高効率なMSAP(メチル化感受性増幅断片長)法によりラメット間のDNAメチル化遺伝子座の変異を解析した。地下茎でつながったラメットでは、当年葉より前年葉のDNAメチル化の違いは大きかった。しかし、ラメットの系譜とDNAメチル化との関係は見られなかった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

クローナル植物は、森林の植物群集の重要な構成員であり、森林生態系の動態に重要な役割を持つ。しかしながら、個体識別に分子生物学的実験が必要になることから、その生態に関する研究は遅れている。本研究では様々な森林の林床において優勢な低木であるヤブコウジについて解析し、その遺伝学的個体が非クローナル植物に比べて遥かに巨大で高寿命であることを示した。これは身近な森林の見方を変える知見である。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件)

  • [学会発表] 森林性クローナル低木ヤブコウジの巨大なジェネット2021

    • 著者名/発表者名
      南淳、菅原颯人、西村泰介
    • 学会等名
      日本植物学会第85回大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] クローナル低木ヤブコウジのSSRマーカーの開発とクローン構造の解析2020

    • 著者名/発表者名
      南淳、菅原颯人、西村泰介
    • 学会等名
      第85回日本植物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 地下茎性クローナル植物ヤブコウジにおけるラメット間の DNA メチル化プロファイルの変化2019

    • 著者名/発表者名
      南 淳、菅原 颯人、熊谷 一輝、西村 泰介
    • 学会等名
      日本植物学会第83回大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Deduction of the Developmental Process of Clonal Plant Populations by Comparing the Methylation Pattern of Genomic DNA of Each Functional Individuals.2019

    • 著者名/発表者名
      Hayato Sugawara , Atsushi Minami , Soichiro Goto , Kazuki Kumagai , Yuma Saito , Taiga Saito, Taisuke Nishimura
    • 学会等名
      The 4th International Conference on "Science of Technology Innovation" 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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