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次世代シーケンサー導入による植物相調査の迅速化~ベトナム中部高原地帯を事例として

研究課題

研究課題/領域番号 19K06149
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分40010:森林科学関連
研究機関東京学芸大学 (2020-2022)
首都大学東京 (2019)

研究代表者

小栗 恵美子  東京学芸大学, 教育学部, 研究員 (10608954)

研究分担者 田金 秀一郎  鹿児島大学, 総合研究博物館, 特任助教 (10616080)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2020年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2019年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード植物多様性 / 植物分類 / DNAバーコーディング / 分子系統 / ベトナム / 種同定 / アカネ科 / 新種 / DNAバーコード / 次世代シーケンシング / 生物多様性
研究開始時の研究の概要

世界的にも生物多様性が豊かなベトナムにおいて自然保護地域を適切に管理することは、生物多様性を保全する上で不可欠である。本研究では、ベトナム中部高原地帯のKon Chu Rang自然保護区及びKon Ka Kinh国立公園で維管束植物相調査を行い、次世代シーケンサーを用いた分子同定法と形態比較により、種を識別・同定し、種分類体系を更新する。さらに、限られた人員、予算、時間の中で、迅速かつ正確に維管束植物相を解明するためのワークフローを提案する。

研究成果の概要

本研究では、ベトナム中部高原地帯ザライ省のKon Chu Rang自然保護区およびKon Ka Kinh国立公園で、ベルトトランセクト法による網羅的な維管束植物相調査を行い、DNAバーコーディングによる分子同定法と形態比較により、種を識別・同定した。野外調査は2019年8月と2022年12月に行い、計1,830点の標本を得た。2019年8月に採集したすべての標本について、葉緑体rbcLの部分配列を解読し、分子同定と形態比較により種同定を行った。その結果、Kon Chu Rang自然保護区において、Lasianthus(アカネ科)とLeptochilus(ウラボシ科)からそれぞれ新種を発見した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、種同定をより正確かつ効率よく行うために葉緑体rbcLのDNAバーコーディングを活用している。本研究により、限られた人員、予算、時間の中で、迅速かつ正確に維管束植物相の解明のためのワークフローを構築・提案できる。それは、本研究の現地共同研究機関であるベトナム生態学生物資源研究所が、将来的に、独自にベトナム全土の植生調査を進めていく際の標準的なワークフローとなり得る。

報告書

(5件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2023 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 1件)

  • [国際共同研究] ベトナム生態学生物資源研究所(ベトナム)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] ベトナム生態学生物資源研究所(ベトナム)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ベトナム生態学生物資源研究所(ベトナム)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ベトナム生態学生物資源研究所(ベトナム)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Leptochilus ornithopus (Polypodiaceae), a new hemiepiphytic fern species from central highlands of Vietnam2023

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara T, Quang BH, Tagane S, Murakami N, Oguri E
    • 雑誌名

      Phytotaxa

      巻: 584 号: 3 ページ: 149-160

    • DOI

      10.11646/phytotaxa.584.3.2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 小笠原諸島固有種ムニンヒサカキの保全に関連した生育状況2023

    • 著者名/発表者名
      小栗恵美子・石坂あゆみ
    • 雑誌名

      小笠原研究

      巻: 49 ページ: 169-179

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] <p><strong>A new species of <em>Lasianthus</em> (Rubiaceae), <em>L. konchurangensis,</em> from the Central Highlands of Vietnam</strong></p>2020

    • 著者名/発表者名
      HA THI DUNG、QUANG BUI HONG、TRAN THE BACH、DO HAI VAN、THANH HUONG NGUYEN THI、THU HA BUI、TAGANE SHUICHIRO、OGURI EMIKO、NAIKI AKIYO、DANG VAN-SON
    • 雑誌名

      Phytotaxa

      巻: 451 号: 2 ページ: 161-168

    • DOI

      10.11646/phytotaxa.451.2.6

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 海洋島に自生する固有種の地理的起源と性表現の進化2021

    • 著者名/発表者名
      小栗 恵美子
    • 学会等名
      日本植物分類学会第85回大会(八王子)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ベトナム中部高原地帯における維管束植物の多様性評価2020

    • 著者名/発表者名
      小栗恵美子、田金秀一郎、須貝杏子、陶山佳久、Bui Hong Quang
    • 学会等名
      日本植物分類学会第19回大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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