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PDIファミリーメンバーP5による小胞体内蛋白質品質管理の解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K06520
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関東北大学

研究代表者

奥村 正樹  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 助教 (50635810)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2021年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円)
2020年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2019年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワードタンパク質品質管理 / ジスルフィド結合 / X線小角散乱法 / 小胞体 / NMR / 二量体化モチーフ / 酸化的フォールディング / PDI family / P5 / シャペロン / SAXS / PDI / IRE1 / oxidative folding / 溶液散乱
研究開始時の研究の概要

細胞内小器官の一つ小胞体には、厳正な蛋白質品質管理システムが存在する。近年、不良蛋白質の蓄積により誘導される小胞体ストレス応答因子の1つであるIRE1の機能制御に、PDIファミリー酵素の1つであるP5が関わっていることが報告された。しかしながら、P5は構造未知であり、機能的解析も十分に進んでいないため、同酵素による「フォールディング補助」および「小胞体ストレス応答因子の制御」の分子機構は未解明である。そこで本申請は、特に同酵素の酸化的フォールディング促進活性・シャペロン活性・小胞体ストレス応答因子の調節機構の詳細を構造生物学的、細胞生物学的手法により解明する。

研究成果の概要

小胞体内のタンパク質品質管理を担うジスルフィド異性化酵素ファミリーに属するP5が、溶液中で二量体構造をとり、またその二量体構造が非常に動きに富むことを発見した。構造情報から二量体を形成できない変異型P5を作製したところ、立体構造が不安定化し小胞体ストレスセンサーの制御能が低下した。さらに、P5はPDIと複合体を組むことで、酸化的フォールディングを促し、P5はERp72と複合体を組むことでシャペロン機能を亢進することを見出した。以上の研究により、P5による基質認識機構とパートナータンパク質との協奏的機能の役割を明らかとし、P5を介したタンパク質品質管理の全容を解明した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

細胞内の小胞体には新生タンパク質に、構造を安定化するためにジスルフィド結合を導入する仕組みが存在する。このジスルフィド結合の触媒を担っているのがPDIファミリー酵素である。特にPDIファミリー酵素のひとつP5は、癌などの疾患や小胞体ストレス応答、血液凝固といった様々な生理機能と関わることが報告されていたが、全体構造が不明なため詳しいメカニズムは不明であった。本課題では全長P5がユニークな構造モチーフを介して二量体構造をとることを明らかにし本モチーフが本酵素の機能発現にとって重要であることを提示した。従って本酵素の構造機能相関研究に基づき、本成果は医学的にも重要な知見をもたらす。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (53件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (17件) (うち国際共著 10件、 査読あり 17件、 オープンアクセス 15件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 7件、 招待講演 17件) 図書 (5件) 産業財産権 (1件)

  • [国際共同研究] 韓国基礎科学研究所(韓国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Glasgow(英国)

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  • [国際共同研究] KBSI(韓国)

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  • [国際共同研究] KBSI(韓国)

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      2019 実施状況報告書
  • [国際共同研究] University of Glasgow(英国)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] A unique leucine-valine adhesive motif supports structure and function of protein disulfide isomerase P5 via dimerization2021

    • 著者名/発表者名
      Okumura M, Kanemura S., Matsusaki M., Kinoshita M., Saio T., Ito D., Hirayama C., Kumeta H., Watabe M., Amagai Y., Lee Y. H., Akiyama S. and Inaba K.
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 29 号: 12 ページ: 1-14

    • DOI

      10.1016/j.str.2021.03.016

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Functional Interplay between P5 and PDI/ERp72 to Drive Protein Folding.2021

    • 著者名/発表者名
      Matsusaki M, Okada R, Tanikawa Y, Kanemura S, Ito D, Lin Y, Watabe M, Yamaguchi H, Saio T, Lee YH, Inaba K, and *Okumura M.
    • 雑誌名

      Biology

      巻: 10 号: 11 ページ: 1112-1112

    • DOI

      10.3390/biology10111112

    • NAID

      120007168792

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Ca2+ Regulates ERp57-Calnexin Complex Formation.2021

    • 著者名/発表者名
      Tanikawa Y,# Kanemura S,# Ito D, Lin Y, Matsusaki M, Kuroki K, Yamaguchi H, Maenaka K, Lee YH, Inaba K, and *Okumura M.
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 26 号: 10 ページ: 2853-2853

    • DOI

      10.3390/molecules26102853

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Conjugate of Thiol and Guanidyl Units with Oligoethylene Glycol Linkage for Manipulation of Oxidative Protein Folding2021

    • 著者名/発表者名
      Okada Shunsuke、Matsusaki Motonori、Okumura Masaki、Muraoka Takahiro
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 26 号: 4 ページ: 879-879

    • DOI

      10.3390/molecules26040879

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Distinct roles and actions of protein disulfide isomerase family enzymes in catalysis of nascent-chain disulfide bond formation2021

    • 著者名/発表者名
      Hirayama, C., Machida, K., Noi, K., Murakawa, T., Okumura, M., Ogura, T., Imataka, H., and Inaba, K.*
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 4 号: 4 ページ: 102296-102296

    • DOI

      10.1016/j.isci.2021.102296

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A unique leucine-valine adhesive motif supports structure and function of protein disulfide isomerase P5 via dimerization2021

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M.,* Kanemura, S.,# Matsusaki, M., # Kinoshita, M., # Saio, T., Ito, D., Hirayama, C., Kumeta, H., Watabe, M., Amagai, Y., Lee, Y.H., Akiyama, S., and Inaba, K.*
    • 雑誌名

      Structure

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Distinct roles and actions of protein disulfide isomerase family enzymes in catalysis of co-translational disulfide bond formation2021

    • 著者名/発表者名
      Hirayama, C., Machida, K., Noi, K., Murakawa, T., Okumura, M., Ogura, T., Imataka, H., and Inaba, K*.
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 4 ページ: 102296-102296

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Conjugate of Thiol and Guanidyl Units with Oligoethylene Glycol Linkage for Manipulation of Oxidative Protein Folding2021

    • 著者名/発表者名
      Okada, S., Matsusaki, M., Okumura, M.,* and Muraoka, T.*
    • 雑誌名

      molecules

      巻: 26 ページ: 879-879

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Visualization of structural dynamics of protein disulfide isomerase enzymes in catalysis of oxidative folding and reductive unfolding2021

    • 著者名/発表者名
      Okumura M, Noi K, and Inaba K*
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 66 ページ: 49-57

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Visualization of structural dynamics of protein disulfide isomerase enzymes in catalysis of oxidative folding and reductive unfolding2020

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M., Noi, K. and Inaba, K.*
    • 雑誌名

      Curr. Opin. Struct. Biol.

      巻: 66 ページ: 49-57

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2020.10.004

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] PDI Family Members as Guides for Client Folding and Assembly2020

    • 著者名/発表者名
      Kanemura, S, Matsusaki, M, Inaba, K, and Okumura, M.*
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 21

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Antipsychotic olanzapine-induced misfolding of proinsulin in the ER accounts for atypical development of diabetes2020

    • 著者名/発表者名
      Ninagawa S*, Tada S,# Okumura M,# Inoguchi K,# Kinoshita M, Kanemura S, Imami K, Umezawa H, Ishikawa T, Okada T, Mackin R, Torii S, Ishihama Y, Inaba K, Anazawa T, Nagamine T, Mori K*
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 9

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Biochemical characterization of ER-resident peroxidases, GPx7 and GPx8, reveals their different and regulated oxidative activities2020

    • 著者名/発表者名
      Kanemura S., Sofia E., Hirai N., Okumura M., Kadokura H., and Inaba K.*
    • 雑誌名

      JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY

      巻: 295 ページ: 12772-12785

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Solution NMR for investigation of liquid-liquid phase separation2020

    • 著者名/発表者名
      Saio T*, Okumura M, Lee Y.H*
    • 雑誌名

      JKMRS

      巻: 24 ページ: 47-52

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Diverse Structural Conversion and Aggregation Pathways of Alzheimer's Amyloid-β (1-40)2019

    • 著者名/発表者名
      Lin Y, Sahoo BR, Ozawa D, Kinoshita M, Kang J, Lim MH, Okumura M, Huh YH, Moon E, Jang JH, Lee HJ, Ryu KY, Ham S, Won HS, Ryu KS, Sugiki T, Bang JK, Hoe HS, Fujiwara T, Ramamoorthy A, Lee YH
    • 雑誌名

      ACS nano

      巻: 27 号: 8 ページ: 8766-8783

    • DOI

      10.1021/acsnano.9b01578

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Dynamic assembly of protein disulfide isomerase in catalysis of oxidative folding2019

    • 著者名/発表者名
      Okumura Masaki、Noi Kentaro、Kanemura Shingo、Kinoshita Misaki、Saio Tomohide、Inoue Yuichi、Hikima Takaaki、Akiyama Shuji、Ogura Teru、Inaba Kenji
    • 雑誌名

      Nature Chemical Biology

      巻: 15 号: 5 ページ: 499-509

    • DOI

      10.1038/s41589-019-0268-8

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Protein Disulfide Isomerase family: from Proteostasis to Pathogenesis2019

    • 著者名/発表者名
      Matsusaki M.#, Kanemura S.#, Kinoshita M.#, Lee Y.H., Inaba K.*, and Okumura M.* (#equal contribution *corresponding authors)
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta-general subjects

      巻: in press 号: 2 ページ: 30080-30087

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.04.003

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Understanding the proteostasis network in the endoplasmic reticulum2022

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      Korea-Japan Joint Workshop on Biofunctional Chemistry
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] PDI familyの動的な会合による小胞体内タンパク質品質管理の理解2021

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      分子生物学会 WS
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体内で液滴を形成する因子の生理学的機能の理解2021

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第5回LLPS研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体内酸化的フォールディングの触媒システムの理解2021

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第21回 日本蛋白質科学会 年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] プロテインジスルフィドイソメラーゼ群による基質触媒機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      天野財団第22回酵素応用シンポジウム研究奨励賞受賞講演
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 液液相分離する小胞体内シャペロンの発見、機能、制御機構2020

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹
    • 学会等名
      生化学会 年会 web セミナー
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体内ジスルフィド結合触媒ネットワークとインスリンフォールディングの品質管理2020

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 学会等名
      分子生物学会webフォーラム
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Direct observation of actions of Protein Disulfide Isomerase in the catalysis of oxidative folding2020

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      KBSI seminar
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] PDIファミリーのシャペロン機能の新展開2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第3回 タンパク質可塑性についての研究会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] PDIファミリーメンバーP5の新規構造と機能2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹, 金村進吾, 松崎元紀, 木下岬, 荒井堅太, 平山千尋, 天貝佑太, 門倉広, 秋山修志, 稲葉謙次
    • 学会等名
      第42回分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] PDIファミリー酵素によるヒト由来ガレクチンの構造機能制御機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      金村進吾, 黒井邦巧, 松崎元紀, 山口宏, 中林孝和, 稲葉謙次, 奥村正樹
    • 学会等名
      第42回分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 小胞体内タンパク質の品質管理のフロンティア~温故知新~2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      関西学院大学理工学部講演会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 小胞体内のタンパク質品質管理機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      次世代研究者シンポジウム2019、名古屋大学
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Coupling effects of thiol and urea-type groups for promotion of oxidative folding2019

    • 著者名/発表者名
      Motonori Matsusaki, Shunsuke Okada, Kenji Inaba, Takahiro Muraoka, Masaki Okumura
    • 学会等名
      International symposium on unfolded proteins, protein folding, and disease-causing aggregation, Korea
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural insights into the protein homeostasis mechanism in the endoplasmic reticulum2019

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      International symposium on unfolded proteins, protein folding, and disease-causing aggregation, Korea
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 新規レドックス分子のデザイン法確立と酸化的フォールディングへの応用2019

    • 著者名/発表者名
      松崎元紀, 岡田隼輔, 荒井堅太, 日高雄二, 稲葉謙次, 村岡貴博, 奥村正樹
    • 学会等名
      第92回生化学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] PDIファミリーによるβ2-microglubulinの品質管理機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      木下岬, 金村進吾, 松崎元紀, 李映昊, 稲葉謙次, 奥村正樹
    • 学会等名
      第92回生化学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] PDI family酵素によるヒト由来ガレクチンの機能制御機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      金村進吾, 黒井邦巧, 松崎元紀, 山口宏, 中林孝和, 稲葉謙次, 奥村正樹
    • 学会等名
      第92回生化学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] PDIファミリーが触媒する前駆体タンパク質の酸化的フォールディング機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      増田光紀, 金村進吾, 木下岬, 山口宏, 日高雄二, 稲葉謙次, 奥村正樹
    • 学会等名
      第92回生化学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Understanding the mechanism by PDI family control proteostasis2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 学会等名
      第92回生化学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structures and functions of PDI family members involved in proteostasis2019

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura
    • 学会等名
      University of Glasgow, UK
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] PDIファミリーによる小胞体内品質管理機構の最前線2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      成蹊大学セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 「可塑性」の学際的接点2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹
    • 学会等名
      第1回 タンパク質可塑性についての研究会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Newly developedthiol-disulfide exchange agent,guanidino-thiol2019

    • 著者名/発表者名
      Motonori Matsusaki, Shunsuke Okada, Kenta Arai, Yuji Hidaka, Kenji Inaba, Takahiro Muraoka, Masaki Okumura
    • 学会等名
      14th ER redox club meeting, Herrsching am Ammersee, Germany
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamic assembly/disassembly of Protein Disulfide Isomerase during the catalysis of oxidative protein folding2019

    • 著者名/発表者名
      Masaki Okumura, Kentaro Noi, Shingo Kanemura, Misaki Kinoshita, Tomohide Saio, Yuichi Inoue, Takaaki Hikima, Shuji Akiyama, Teru Ogura, Kenji Inaba
    • 学会等名
      14th ER redox club meeting, Herrsching am Ammersee, Germany
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [図書] 小胞体におけるMHCの品質管理2020

    • 著者名/発表者名
      金村 進吾、松崎 元紀、 前仲 勝実、 稲葉 謙次、 奥村 正樹
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      臨床免疫・アレルギー科
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [図書] 高速原子間力顕微鏡により明らかにされたプロテインジスルフィドイソメラーゼ(PDI)の構造ダイナミクス2020

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、稲葉 謙次
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      生化学会誌みにれびゅう
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [図書] 生化学2020

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      生化学会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [図書] 月間「細胞」構造生物学の最前線2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      北隆館
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [図書] 月刊「細胞」エレクトロンバイオダイナミクスが支える生命の生存戦略2019

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、稲葉謙次
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      北隆館
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [産業財産権] 液滴及びその製造方法2020

    • 発明者名
      奥村 正樹、松﨑 元紀、金村 進吾、齋尾 智英、稲葉 謙次
    • 権利者名
      奥村 正樹、松﨑 元紀、金村 進吾、齋尾 智英、稲葉 謙次
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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