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細菌Ⅲ型分泌装置構成因子が受ける新奇な翻訳後多段階プロセシングの分子機構

研究課題

研究課題/領域番号 19K06562
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43030:機能生物化学関連
研究機関京都大学

研究代表者

檜作 洋平  京都大学, 医生物学研究所, 助教 (70568930)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2020年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2019年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
キーワード膜タンパク質 / 膜内切断プロテアーゼ / Rhomboid / べん毛 / III型分泌装置 / 翻訳後修飾 / 品質管理 / 抗体ラベリング / 大腸菌 / 膜内タンパク質分解 / 基質認識機構 / 構造解析 / S2P / 抗体標識 / PAタグ / ジスルフィド架橋 / タンパク質間相互作用 / in vivo光架橋法 / kinetics解析 / FRET / ロンボイド / アシル化
研究開始時の研究の概要

細菌べん毛III型分泌装置構成因子FliOは予想外に複雑な翻訳後多段階プロセシングを受ける。(A)膜内切断プロテアーゼGlpGによるFliOの「切断」と、(B)FliOの新奇な「N末端アシル化修飾」について、以下の解析からその意義を明らかにする。
■(A)-【1】様々な架橋法を用いたGlpG―基質間の相互作用解析
■(A)-【2】in vitro再構成系でのGlpGによるFliO切断の反応速度論的解析
■(B)-【3】未知の細胞膜外N末端アシル化修飾酵素の探索
■(B)-【4】FliOにおけるN末端アシル化修飾の生理的意義の解明
■(B)-【5】膜タンパク質の膜外N末端アシル化修飾のグローバル解析

研究成果の概要

本研究は、細菌べん毛III型分泌装置関連因子FliOの切断と修飾という翻訳後多段階プロセシングの実態解明を目指すものである。大腸菌膜内切断プロテアーゼGlpGを介したFliOの膜内切断制御機構の解析を行い、二か所の切断部位での認識機構の共通性と相違点を明らかにし、残基レベルの相互作用様式を明らかにするとともに、FliO切断の生理的意義を示した。また、高感度・高親和性のPAタグを用いたタンパク質抗体ラベリング技術の改良を行い、FliOの切断・修飾反応の動態解析技術を進展させた。さらに他ファミリー膜内切断プロテアーゼの新規X線結晶構造を決定し、ゲート構造を介した機能制御機構モデルを提案した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

膜内切断プロテアーゼはアルツハイマー病やパーキンソン病等の重大な遺伝病の発症や微生物病原性等に深く関わるため、その分子的・酵素学的理解は創薬にもつながる重要な課題である。本研究ではFliOの多段階翻訳後プロセシングの一端であるGlpGによる膜内切断の分子機構を明らかにした。これは膜タンパク質の翻訳後機能調節機構の新たな側面を示すとともに、細菌の病原性発揮にも関わるべん毛構築の制御機構の解明につながり、細菌感染症治療においても意義がある。また、PAタグを用いたタンパク質の抗体ラベリング技術は、タンパク質への非破壊的な抗体結合を可能とし、高収量・高純度のタンパク質精製や構造解析にも応用しうる。

報告書

(5件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (12件) (うち招待講演 5件) 備考 (7件)

  • [雑誌論文] Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by E. coli site-2 protease homolog RseP2022

    • 著者名/発表者名
      Imaizumi Yuki、Hirata Kunio、Nogi Terukazu et al.
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 号: 34

    • DOI

      10.1126/sciadv.abp9011

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Escherichia coli S2P intramembrane protease RseP regulates ferric citrate uptake by cleaving the sigma factor regulator FecR2021

    • 著者名/発表者名
      Yokoyama Tatsuhiko、Niinae Tomoya、Tsumagari Kazuya、Imami Koshi、Ishihama Yasushi、Hizukuri Yohei、Akiyama Yoshinori
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 296 ページ: 100673-100673

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.100673

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Moving toward generalizable NZ-1 labeling for 3D structure determination with optimized epitope-tag insertion2021

    • 著者名/発表者名
      Risako Tamura-Sakaguchi, Rie Aruga, Mika Hirose, Toru Ekimoto, Takuya Miyake, Yohei Hizukuri, Rika Oi, Mika K Kaneko, Yukinari Kato, Yoshinori Akiyama, Mitsunori Ikeguchi, Kenji Iwasaki, Terukazu Nogi
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr D Struct Biol

      巻: 77 号: 5 ページ: 645-662

    • DOI

      10.1107/s2059798321002527

    • NAID

      120007032351

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reversible auto-inhibitory regulation of Escherichia coli metallopeptidase BepA for selective β-barrel protein degradation.2020

    • 著者名/発表者名
      Daimon 他7名
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA.

      巻: 117 号: 45 ページ: 27989-27996

    • DOI

      10.1073/pnas.2010301117

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Involvement of a Membrane-Bound Amphiphilic Helix in Substrate Discrimination and Binding by an Escherichia coli S2P Peptidase RseP2020

    • 著者名/発表者名
      Miyake Takuya, Hizukuri Yohei, Akiyama Yoshinori
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 11 ページ: 607381-607381

    • DOI

      10.3389/fmicb.2020.607381

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An in vivo protease activity assay for investigating the functions of the Escherichia coli membrane protease HtpX2019

    • 著者名/発表者名
      Yoshitani Kohei, Hizukuri Yohei, Akiyama Yoshinori
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 593 号: 8 ページ: 842-851

    • DOI

      10.1002/1873-3468.13368

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 膜内切断プロテアーゼRsePのゲーティング機構モデルの検証と基質特異的認識に関する解析2023

    • 著者名/発表者名
      檜作洋平
    • 学会等名
      2022年度国立遺伝学研究所研究会「単細胞生物に見られる生体プロセスの恒常性維持システム」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 膜内タンパク質切断の制御機構の解明に向けた細菌由来Site-2 proteaseの構造生物学的研究2022

    • 著者名/発表者名
      今泉友希、髙貫一徳、大井里香、坂口(田村)梨沙子、三好賢一、有賀理江、廣瀬建、片桐静夏、三宅拓也、檜作洋平、秋山芳展、禾晃和
    • 学会等名
      第18回大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 全長結晶構造に基づく細菌膜内切断プロテアーゼRsePの基質取り込み・切断機構の解析2022

    • 著者名/発表者名
      三宅拓也、今泉友希、髙貫一徳、小林達也、横山達彦、大井里香、檜作洋平、禾晃和、秋山芳展
    • 学会等名
      第18回大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 細菌膜内切断プロテアーゼRsePの基質取り込み・切断時におけるダイナミックな構造変化モデル2022

    • 著者名/発表者名
      三宅拓也、今泉友希、高貫一徳、小林達也、横山達彦、大井里香、檜作洋平、禾晃和、秋山芳展
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePのTM4領域に着目した基質エントリーゲートの制御機構の検証2022

    • 著者名/発表者名
      小林達也、三宅拓也、今泉友希、高貫一徳、横山達彦、大井里香、檜作洋平、禾晃和、秋山芳展
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌S2Pファミリー膜内切断プロテアーゼRsePの切断基質の系統的解析による基質認識・切断特異性の検証2022

    • 著者名/発表者名
      檜作洋平、古味大雄、秋山芳展
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 立体構造に基づく膜内切断プロテアーゼRsePの基質取り込み・切断制御機構2022

    • 著者名/発表者名
      檜作洋平
    • 学会等名
      2021年度国立遺伝学研究所研究会「単細胞システムの複製と維持における生体高分子の機能」
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細菌パーシスター化における膜内切断プロテアーゼRsePの役割:生理学的及び構造学的アプローチ2022

    • 著者名/発表者名
      檜作洋平、横山達彦、三宅拓也、小林達也、今泉友希、高貫一徳、大井里香、禾晃和、秋山芳展
    • 学会等名
      第95回日本細菌学会総会 シンポジウム02:「バクテリアの表層変化と生存戦略」
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePを介したTA systemの制御: 細胞休眠・覚醒における意義2020

    • 著者名/発表者名
      檜作洋平、横山 達彦、秋山芳展
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会(公募シンポジウム「TAシステムを介した細菌の休眠と覚醒: 生化学と一細胞解析の融和を目指したアプローチ」内講演)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] FRET蛍光ペプチドを用いた細菌S2Pファミリー膜内切断プロテアーゼのリアルタイム切断kinetics計測系の構築2019

    • 著者名/発表者名
      檜作 洋平、秋山 芳展
    • 学会等名
      第92回 日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Kinetic analysis of the proteolytic reaction catalyzed by S2P family intramembrane protease RseP using a FRET-based real-time assay system2019

    • 著者名/発表者名
      檜作 洋平、秋山 芳展
    • 学会等名
      第57回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの切断基質探索から明らかとなってきた新奇生理機能2019

    • 著者名/発表者名
      檜作 洋平
    • 学会等名
      宮崎大学 第1回微生物化学研究室セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [備考] 京都大学プレスリリース「細胞膜の中ではたらく特殊なタンパク質分解酵素の構造を解明」

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-08-25

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 京都大学医生物学研究所HP 研究成果「細胞膜の中ではたらく特殊なタンパク質分解酵素の構造を解明」

    • URL

      https://www.infront.kyoto-u.ac.jp/post-2986/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 京都大学 医生物学研究所 生命システム研究部門 生体膜システム分野研究室HP

    • URL

      https://infront-biomembrane.jp/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 京都大学 医生物学研究所 生命システム研究部門 生体膜システム分野ホームページ

    • URL

      https://infront-biomembrane.jp/

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] 京都大学プレスリリース:タンパク質の抗体ラベリング技術を改良し、構造解析をアシスト

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2021-04-20-0

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] 京都大学ウイルス・再生医科学研究所 生命システム研究部門 生体膜システム分野ホームページ

    • URL

      https://infront-biomembrane.jp/

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 京都大学ウイルス・再生医科学研究所生命システム研究部門生体膜システム分野ホームページ

    • URL

      https://infront-biomembrane.jp/

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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