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一分子分光による相分離した液滴中タンパク質の構造揺らぎ追跡

研究課題

研究課題/領域番号 19K06577
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関東北大学

研究代表者

小井川 浩之  東北大学, 多元物質科学研究所, 助教 (40536778)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2021年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2020年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2019年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
キーワード液-液相分離 / タンパク質 / 一分子蛍光測定 / FRET / LAF1-RGGドメイン / 蛍光一分子分光
研究開始時の研究の概要

タンパク質や核酸を含む溶液は、条件を整えると液-液相分離し、濃い相は液滴となって分散する。細胞内にも液滴があり、様々な過程に関わっている。液-液相分離を起こすタンパク質であるLAF1-RGGドメインを蛍光色素で二重標識し、これに対して二種類の装置を用いて蛍光分光測定を試みる。一つは独自開発した高時間分解能一分子FRET(蛍光共鳴エネルギー移動)測定装置であり、マイクロ秒時間分解能でタンパク質の構造変化をとらえることができる。もう一つは新規開発する顕微分光装置である。新規装置では液滴のFRET効率や、蛍光スペクトルを測定することができるようになる計画である。

研究成果の概要

タンパク質や核酸を含む溶液は条件次第で相分離し、濃い相は液滴となる。相分離を起こすタンパク質LAF1-RGGドメイン(LAF1-RGG)を蛍光色素で二重標識し、一分子蛍光測定を行うことで、液滴中のタンパク質の構造変化をとらえることを目指した。
高時間分解能一分子FRET測定を行った所、希薄溶液ではLAF1-RGGは収縮状態を保持していた。さらに、LAF1-RGG変異体に対する測定によって、液滴形成にはカチオン-πと疎水相互作用が主要な役割を担うことがわかった。
液滴中での一分子FRET測定を行うための装置は新規に開発した。しかし、液滴中でのLAF1-RGGの構造変化をとらえるまでには至らなかった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

液-液相分離に関する既存の研究の多くは、液滴を顕微鏡で観察、次に液滴に含まれるタンパク質と核酸の種類を調べ、最後に液滴内部で起こっている反応を類推するというトップダウンアプローチであった。しかし、このアプローチでは、液滴形成のメカニズムの詳細を理解することは難しかった。本研究成果の学術的な意義は、液滴を作るタンパク質の運動を一分子レベルで追跡するボトムアップアプローチによって、液滴形成のメカニズムに迫ることができたことである。
加えて、本研究の成果である新開発の一分子蛍光測定装置は様々な試料と条件にも応用可能である。実際、分子混雑環境下でのタンパク質一分子の構造変化を確かめることができた。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 4件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] インド工科大学マドラス校(インド)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Quantification of Entropic Excluded Volume Effects Driving Crowding-Induced Collapse and Folding of a Disordered Protein2022

    • 著者名/発表者名
      Rajendran Divya、Mitra Shrutarshi、Oikawa Hiroyuki、Madhurima Kulkarni、Sekhar Ashok、Takahashi Satoshi、Naganathan Athi N.
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 13 号: 13 ページ: 3112-3120

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c00316

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular principles of recruitment and dynamics of guest proteins in liquid droplets2021

    • 著者名/発表者名
      Kamagata Kiyoto、Iwaki Nanako、Hazra Milan Kumar、Kanbayashi Saori、Banerjee Trishit、Chiba Rika、Sakomoto Seiji、Gaudon Virginie、Castaing Bertrand、Takahashi Hiroto、Kimura Michiko、Oikawa Hiroyuki、Takahashi Satoshi、Levy Yaakov
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 19323-19323

    • DOI

      10.1038/s41598-021-98955-0

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Extracellular mRNA transported to the nucleus exerts translation-independent function2021

    • 著者名/発表者名
      Tomita Takeshi、Kato Masayoshi、Mishima Taishi、Matsunaga Yuta、Sanjo Hideki、Ito Ken-ichi、Minagawa Kentaro、Matsui Toshimitsu、Oikawa Hiroyuki、Takahashi Satoshi、Takao Toshifumi、Iwai Noriki、Mino Takashi、Takeuchi Osamu、Maru Yoshiro、Hiratsuka Sachie
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 3655-3655

    • DOI

      10.1038/s41467-021-23969-1

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Single molecule fluorescence investigations on the structure transitions of LAF-1 RGG upon the RNA binding and the droplet formation2021

    • 著者名/発表者名
      藤田かんな, 木村美智子, 高橋泰人, 高橋 聡, 小井川浩之
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Structural characterization of RNA upon the binding with SARS-CoV-2 N protein by single molecule fluorescence measurements2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木怜和, 小井川浩之, 高橋聡
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of molecular uptake and single-molecule dynamics in liquid droplets of p532021

    • 著者名/発表者名
      岩城奈那子, 上林さおり, Trishit Banerjee, 千葉梨佳, 木村美智子, 小井川浩之, 高橋聡, 鎌形清人
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule study of conformational dynamics of Intrinsically disordered E. coli Cytidine Repressor DNA Binding domain2021

    • 著者名/発表者名
      Shrutarshi Mitra, Hiroyuki Oikawa, Athi N. Naganathan, Satoshi Takahashi
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Conformational properties of the intrinsically-disordered RGG domain of LAF-1 detected by single-molecule fluorescence spectroscopy2020

    • 著者名/発表者名
      木村美智子, 中野沙耶, 高橋泰人, 小井川浩之, 高橋聡
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 天然変性タンパク質 LAF-1RGG ドメインの一分子蛍光分光測定による構造特性評価2020

    • 著者名/発表者名
      木村美智子, 中野沙耶, 高橋泰人, 小井川浩之, 高橋聡
    • 学会等名
      分子科学会オンライン討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Microsecond-resolved observation of F1-ATPase conformational changes by single molecular fluorescence spectroscopy2019

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Senmaru, Hiroyuki Oikawa, Mitsuhiro Sugawa, Satoshi Takahashi
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamics of the helix-coil transition of alanine-based polypeptides detected by nanosecond region fluorescence correlation spectroscopy2019

    • 著者名/発表者名
      Supawich Kamonprasertsuk, Hiroyuki Oikawa, Satoshi Takahashi
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamics of the helix-coil transition of alanine-based polypeptides detected by nanosecond region fluorescence correlation spectroscopy2019

    • 著者名/発表者名
      Supawich Kamonprasertsuk, Hiroyuki Oikawa, Satoshi Takahashi
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 一分子測定によって明らかにする液液相分離のメカニズム2019

    • 著者名/発表者名
      木村美智子,小井川浩之, 高橋聡
    • 学会等名
      日本生物物理学会 東北支部会2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Dynamics of the Helix-Coil Transition of Alanine-based Polypeptides Detected by Nanosecond Region Fluorescence Correlation Spectroscopy2019

    • 著者名/発表者名
      Supawich Kamonprasertsuk, Hiroyuki Oikawa, Satoshi Takahashi
    • 学会等名
      Indo-Japan mini-workshop, Frontiers in Molecular Spectroscopy: From Fundamentals to Applications in Chemistry and Biology
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [図書] 相分離生物学の全貌(現代化学増刊46), 第Ⅵ部, 76節2020

    • 著者名/発表者名
      高橋聡, 小井川浩之
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      東京化学同人
    • ISBN
      9784807913466
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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