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ヘモグロビン結晶構造の半網羅的機能決定

研究課題

研究課題/領域番号 19K06601
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関自治医科大学

研究代表者

柴山 修哉  自治医科大学, 医学部, 教授 (20196439)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2020年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2019年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワードヘモグロビン / アロステリー / 酸素親和性 / MWCモデル / 結晶構造解析 / ゾル・ゲル法 / アロステリックモデル / 結晶構造 / 酸素平衡曲線 / 多孔性シリカゲル / 酸素平衡機能 / 構造機能相関
研究開始時の研究の概要

Monod-Wyman-Changeuxの2状態アロステリックモデルは、生命科学における最も単純かつエレガントな理論モデルの一つである。しかし、原型のモデルでは、アロステリック蛋白質の典型であるヘモグロビンの挙動を定量的に記述できないこともまた知られている。本研究では、結晶中ヘモグロビンの酸素平衡曲線測定による結晶構造の直接機能決定、及び、水を含む多孔性シリカゲル中で状態間遷移を凍結したヘモグロビンの機能解析(全機能状態の洗い出し)を行う。これらの方法を駆使して、ヘモグロビン分子のとりうる全ての構造状態の機能を決定し、構造機能連関を説明する最終的なモデルを確立する。

研究成果の概要

タンパク質分子の機能調節に関わる構造変化は、ヘモグロビン(Hb)の事例を下敷きとしてTense(T)状態とRelaxed(R)状態との間の2状態転移で説明されることが多い。しかし、肝心のHbでは、2状態モデル的な理解が定量的な意味で成功していない。HbはX線結晶構造解析法が最初に適用されたタンパク質の一つであるが、その結晶構造と溶液中機能との関係が未だ整理されておらず、未解決の課題として残されている。本研究では、結晶中Hbの酸素平衡曲線測定による結晶構造の直接機能決定、及び、水を含む多孔性シリカゲル中で状態間遷移を凍結したHbの機能解析を行い、Hbのとりうる構造と機能の関係を明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ヘモグロビン(Hb)のアロステリック効果のメカニズムを理解するためには、溶液中に平衡状態で存在すると考えられる各構造とその機能を直接関連づけることが重要である。それにもかかわらず、この種の研究は国内外でほとんど行われていない。この現状を鑑み、かつ、研究代表者の柴山の経験と実績を踏まえ、本研究は立案・遂行された。本研究により、HbのR状態、T状態の持つ機能的柔軟性の構造的基盤が定義され、これらの成果は、Hbのアロステリック効果を説明する新しい構造機能連関モデルの創造へとつながることが期待される。

報告書

(6件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 3件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (6件) (うち招待講演 3件)

  • [雑誌論文] いまさらヘモグロビン?ヘモグロビンのアロステリーを再考する2023

    • 著者名/発表者名
      柴山 修哉
    • 雑誌名

      人工血液

      巻: 31 ページ: 43-53

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heme-bound tyrosine vibrations in hemoglobin M: Resonance Raman, crystallography, and DFT calculation2022

    • 著者名/発表者名
      Nagatomo Shigenori、Shoji Mitsuo、Terada Takuto、Nakatani Kiyoharu、Shigeta Yasuteru、Hirota Shun、Yanagisawa Sachiko、Kubo Minoru、Kitagawa Teizo、Nagai Masako、Ohki Mio、Park Sam-Yong、Shibayama Naoya
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 121 号: 14 ページ: 2767-2780

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2022.06.012

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] X-ray fluorescence holography of biological metal sites: Application to myoglobin2022

    • 著者名/発表者名
      Sato-Tomita Ayana、Ang Artoni Kevin R.、Kimura Koji、Marumi Riho、Happo Naohisa、Matsushita Tomohiro、Park Sam-Yong、Shibayama Naoya、Sasaki Yuji C.、Hayashi Kouichi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 635 ページ: 277-282

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.10.003

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Freezable and Unfreezable Hydration Water: Distinct Contributions to Protein Dynamics Revealed by Neutron Scattering2021

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Naoki、Kofu Maiko、Nakajima Kenji、Nakagawa Hiroshi、Shibayama Naoya
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 12 号: 8 ページ: 2172-2176

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c03786

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct observation of ligand migration within human hemoglobin at work2020

    • 著者名/発表者名
      Shibayama Naoya、Sato-Tomita Ayana、Ohki Mio、Ichiyanagi Kouhei、Park Sam-Yong
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 117 号: 9 ページ: 4741-4748

    • DOI

      10.1073/pnas.1913663117

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Pumping mechanism of NM-R3, a light-driven bacterial chloride importer in the rhodopsin family2020

    • 著者名/発表者名
      Yun Ji-Hye、Ohki Mio、Park Jae-Hyun、Ishimoto Naito、Sato-Tomita Ayana、Lee Wonbin、Jin Zeyu、Tame Jeremy R. H.、Shibayama Naoya、Park Sam-Yong、Lee Weontae
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 6 号: 6 ページ: 6-6

    • DOI

      10.1126/sciadv.aay2042

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] いまさらヘモグロビン?2023

    • 著者名/発表者名
      柴山 修哉
    • 学会等名
      低酸素研究会2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Fe-Tyr 配位結合をもつ 4 種類の天然変異ヘモグロビン M の結晶構造2023

    • 著者名/発表者名
      Shigenori Nagatomo, Ayana Sato-Tomita, Yumi Semba, Akihisa Miyagawa, Kiyoharu Nakatani, Mio Ohki, Kenji Mizutani, Sam-Yong Park, Naoya Shibayama
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ヘモグロビンM IwateとM BostonのFe-O伸縮振動の理論計算の改良およびヘモグロビンAとの構造の比較2023

    • 著者名/発表者名
      長友重紀、寺田拓人、庄司光男、重田育照、中谷清治、廣田俊、柳澤幸子、久保稔、北川禎三、長井雅子、 大木規央、朴三用、柴山修哉
    • 学会等名
      第49回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ヘモグロビンの構造・機能・動態研究の最前線2022

    • 著者名/発表者名
      柴山 修哉
    • 学会等名
      第29回日本血液代替物学会年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヘモグロビンM IwateとM Bostonにおけるヘム-チロシン結合の振動分光,結晶構造,理論計算による解析2021

    • 著者名/発表者名
      長友 重紀,寺田 拓人,庄司 光男,重田 育照,中谷 清治,廣田 俊,北川 禎三,長井 雅子,大木 規央,朴 三用,柴山 修哉
    • 学会等名
      第47回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] ヘモグロビンの超精密制御機構の秘密2021

    • 著者名/発表者名
      柴山 修哉
    • 学会等名
      第33 回生物無機化学夏季セミナー
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2025-01-30  

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