| 研究課題/領域番号 |
19K06623
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分43050:ゲノム生物学関連
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| 研究機関 | 国立研究開発法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
加藤 雅紀 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 上級研究員 (10625437)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2021年度)
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| 配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2019年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
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| キーワード | ノンコーディングRNA / 新生鎖RNA / クロマチン / エンハンサー / プロモーター / 高次クロマチン構造 / 転写 / クロマチン高次構造 / エピゲノム制御 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
ヒトでは約28,000種のノンコーディングRNA (ncRNA)が存在するが、ほとんどの機能は明らかになっていない。いくつかのものではncRNAがクロマチンに結合することで高次クロマチン構造が作り出される例が知られている。本研究ではRNAとクロマチンの相互作用を網羅的に検出する系を構築し、染色体高次構造に重要な役割をもつlncRNAを探索する。またその系の応用版として、RNAとクロマチンの相互作用を網羅的に検出する系を応用した新生鎖RNAの機能解析を行う。抗pol II抗体を用いエンハンサーRNAとプロモーターの相互作用の検出や、新生鎖RNAとクロマチンの相互作用を検出する系の開発を行う。
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| 研究成果の概要 |
ヒトでは約28,000種のノンコーディングRNA (ncRNA)が存在するが、ほとんどの機能は明らかになっていない。lncRNAがクロマチンに結合することで高次クロマチン構造が作り出される例が知られている。本研究ではRNAとクロマチンの相互作用を網羅的に検出する系RADICL-seq法を構築し、染色体高次構造に重要な役割をもつlncRNAを探索した。またその系の応用版として、RADICL-seq法を応用し、免疫沈降法と組み合わせてライブラリーを濃縮することで新しい技術開発を行った。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究ではRNAとクロマチンの相互作用を網羅的に検出する系RADICL-seq法を構築した。これまで核内RNAとクロマチンの相互作用の検出方法としてはChIRP-seqやCHART-seq法など１つのRNAをターゲットにした解析法しか存在しなかったがRADICL-seq法の開発により多くのRNAを同時に網羅的に解析することが可能となった。また免疫沈降法と組み合わせて新しい技術に応用することで、よりターゲットを絞った解析が可能となった。
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