| 研究課題/領域番号 |
19K06624
|
|---|
| 研究種目 |
基盤研究(C)
|
| 配分区分 | 基金 |
|---|
| 応募区分 | 一般 |
|---|
| 審査区分 |
小区分43060:システムゲノム科学関連
|
|---|
| 研究機関 | 東北大学 |
|---|
研究代表者 |
大林 武 東北大学, 情報科学研究科, 准教授 (50397048)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2022-03-31
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2021年度)
|
| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2021年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2020年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2019年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
|
|---|
| キーワード | 遺伝子共発現 / トランスクリプトーム / データベース / ネットワーク解析 / 進化 / 主成分分析 / シングルセル / 遺伝子ネットワーク / バイオインフォマティクス / 生命情報科学 / 比較ゲノム |
|---|
| 研究開始時の研究の概要 |
大量のトランスクリプトームデータに基づく遺伝子発現パターンの類似性（遺伝子共発現）情報は、遺伝子機能ネットワークを推定する方法として広く利用されている。しかし、共発現ネットワークは生物種ごとに独自の偏りを持ち、直接比較することができない。本申請では、各生物種のリファレンストランスクリプトームの構築を行い、これを用いた種固有の遺伝子共発現情報の導出と比較解析を行う。
|
| 研究成果の概要 |
遺伝子共発現解析は発現プロファイルが似ている遺伝子群を特定することで、遺伝子の機能推定を行う手法である。公共のリポジトリに蓄積している大量の遺伝子発現データは多様な環境を反映しているが、サンプルの偏りをどのように扱うかが問題となる。本研究では、主成分分析を用いて遺伝子発現データを再構成し、アンサンブル計算と組み合わせることで、高精度の共発現情報を抽出できることを見出した。
|
| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究では、データを収集する際のサンプリングバイアスを事後処理によって軽減する手法を提案し、公共のトランスクリプトームデータに基づく遺伝子ネットワーク解析を大きく改善することに成功した。サンプリングバイアスは大規模データを扱う上での大きな問題であり、それを解決する本手法は広い分野に適用できる可能性がある。
|
