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時空間的集団遺伝学モデリングによる現代日本人の進化史の解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K06871
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分45060:応用人類学関連
研究機関金沢大学

研究代表者

中込 滋樹  金沢大学, 人間社会研究域, 客員研究員 (40625208)

研究分担者 覚張 隆史  金沢大学, 古代文明・文化資源学研究センター, 助教 (70749530)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2021年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円)
2020年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードパレオゲノミクス / 集団遺伝学解析 / 縄文人 / 弥生人 / 古墳人 / 三重構造 / 現代日本人 / 二重構造 / 自然選択の起源 / 選択圧 / 自然選択 / 集団遺伝学
研究開始時の研究の概要

現生人類はアフリカから世界各地へと拡散する過程で様々な環境変動を受け、それらが新たな選択圧として地域集団における適応進化を引き起こしてきた。その結果、多様なヒトの表現型が生じたと考えられる。現代日本人においてもアルコール代謝や毛髪の太さ、免疫疾患に関係する遺伝子が自然選択を受けてきたことが報告されている。しかし、それらが『いつ・なぜ』起こったかは明らかではない。なぜなら、現代人のデータのみから過去を復元する上での方法論的制約があることが大きな要因として挙げられる。本研究では、現代日本人の祖先集団におけるゲノムデータを解析することにより、自然選択の起源とその選択圧を解明する。

研究成果の概要

本研究では、主にアジアに由来する現代及び古代の人類集団のゲノムデータを用いて、現代日本人の成立史を解明することを目的とする。そこで、日本列島における先史時代における考古学的遺跡から発掘された古人骨試料からゲノムデータを生成し、既に公開されている大陸におけるゲノムデータと合わせて集団遺伝学解析を行った。その結果、現代日本人が縄文人の祖先に加え、弥生時代及び古墳時代にそれぞれ渡ってきた北東アジアと東アジアに起源をもつ祖先の三重構造をもつことを明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では,自然人類学においてこれまで主流であった「日本人の二重構造モデル」をさらに発展させた,「日本人の三重構造モデル」を新たに提唱した。これらの知見は,今後日本列島に眠る膨大な遺跡出土古人骨のゲノムデータから日本人の成り立ちを探る上での基盤データとして活用されることが期待される。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] Trinity College Dublin(アイルランド)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] Trinity College Dublin(アイルランド)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Trinity College Dublin(アイルランド)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Ancient genomics reveals tripartite origins of Japanese populations2021

    • 著者名/発表者名
      Cooke Niall P.、Mattiangeli Valeria、Cassidy Lara M.、Okazaki Kenji、Stokes Caroline A.、Onbe Shin、Hatakeyama Satoshi、Machida Kenichi、Kasai Kenji、Tomioka Naoto、Matsumoto Akihiko、Ito Masafumi、Kojima Yoshitaka、Bradley Daniel G.、Gakuhari Takashi、Nakagome Shigeki
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7 号: 38 ページ: 1-15

    • DOI

      10.1126/sciadv.abh2419

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] ヒト免疫システムの進化学的及び機能的プロファイリング2021

    • 著者名/発表者名
      中込滋樹
    • 学会等名
      ゲノム医科学とバイオインフォマティクスの接点と集学研究
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Population genetics inference on the mode, tempo, and origins of natural selection2019

    • 著者名/発表者名
      Shigeki Nakagome
    • 学会等名
      第21回日本進化学会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Determining the origin of natural selection in an admixed population2019

    • 著者名/発表者名
      Cooke N., Bradley D.G., Nakagome S.
    • 学会等名
      Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Inferring the model and onset of natural selection under varying population size from the site frequency spectrum and haplotype structure2019

    • 著者名/発表者名
      Nakagome S., Hudson R., Di Rienzo A.
    • 学会等名
      Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [図書] 医学のあゆみ:ヒトの進化と疾患 ─ 自然選択の標的とその副産物2020

    • 著者名/発表者名
      中込滋樹
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      医歯薬出版株式会社
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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