| 研究課題/領域番号 |
19K09144
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分55020:消化器外科学関連
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| 研究機関 | 公益財団法人田附興風会 |
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研究代表者 |
井口 公太 公益財団法人田附興風会, 医学研究所 腫瘍研究部, 研究員 (40771118)
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| 研究分担者 |
上本 伸二 京都大学, 医学研究科, 教授 (40252449)
池川 雅哉 同志社大学, 生命医科学部, 教授 (60381943)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2025-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2020年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2019年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | NAFLD肝癌 / 質量分析イメージング / ショットガンプロテオミクス / バイオマーカー / イメージングMS / ブタ / 質量分析 / NASH肝癌マーカー / イメージング質量分析 / NASH肝癌 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
肥満およびメタボリック症候群に関連する非アルコール性脂肪性肝炎（NASH）は脂肪肝を背景とした慢性的な炎症により、肝線維化、肝硬変、そして肝細胞癌の発生へと進行性の経過を辿るが、NASHによる発癌機序は明らかにされていない。これまで齧歯類を用いた動物実験によりNASH関連肝癌の病態解明が試みられてきたが、本研究では遺伝学的・解剖生理学的に、よりヒトに近いブタを利用してNASH関連肝癌モデルを確立し、プロテオミクスによる網羅的解析によって、NASHの進展および発癌リスクの指標となる新たなバイオマーカーを探求する。
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| 研究実績の概要 |
昨年度、ブタNAFLD肝癌切片におけるイメージング質量分析による空間プロテオミクス、同連続切片からLC-MS/MSを利用し、抽出されたタンパクのannotationを加えた質的プロテオミクスを融合することにより、癌部に高発現するPeptide/Proteinとして以下の7つを同定した。①Glutamate dehydorogenase 1,②Vimentin,③Serum albumin, ④Myosin-9, ⑤Complement C3, ⑥Malate dehydrogenase, ⑦60S ribosomal protein L29。今年度、DAVID（The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery）を使用し、LC-MS/MSにて得られたデータにfunctional annotationを追加する試みを行った。癌部が正常肝部に比較して、Significance >= 20, 絶対値Fold Change >= 2を閾値として高発現している遺伝子数は8個、Significance >= 20, 絶対値Fold Change <= 1/2を閾値として低発現している遺伝子数は29個であった。対応遺伝子数が少なすぎるという観点からclustering不十分であり、Significance >= 10, 絶対値Fold Change >= 1.5, or <= 1/1.5に下げたところ、高発現遺伝子は10個、低発現遺伝子は35個であった。それらはそれぞれfunctional annotation clusteringとして、2つと5つのclusterに分類された。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
4: 遅れている
理由
コロナ禍により、研究業務へ割く時間的制限、ならびに他学術施設への出張制限があったため。
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| 今後の研究の推進方策 |
サンプルが1vs.1であるため統計解析に限界があり、空間オミクス解析の現状では高発現・低発現のタンパク分子が分かっても細胞間シグナル伝達含めた病態への関与にたどりつけない。
マルチオミクス解析のさらなるアプローチとして、MALDI HiPLEX-IHCを利用した、トランスクリプトームの情報と連結したタンパクmappingの応用を検討する。
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