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プライバシ保護ゲノム情報解析技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19K12209
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関早稲田大学

研究代表者

清水 佳奈  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (60367050)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2020年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードゲノム配列検索 / プライバシ保護 / 秘密分散 / 暗号プロトコル / TEE / 機械学習 / ゲノム配列計算 / 秘密計算 / 決定木 / 秘匿検索 / GWAS / SGX / 秘匿計算 / ゲノム情報解析 / プライバシ保護データマイニング
研究開始時の研究の概要

近年,爆発的に増加している個人ゲノムデータの取り扱いには高いプライバシのリスクが付随するため,データを安全かつ,効果的に集約し,有用な知見を発見する方法論の開発が強く望まれている.このような背景から本研究では,ゲノム情報のどの部分が個人のプライバシに該当するのかを明らかにしたうえで,秘匿すべき部分を暗号化したまま情報解析を行う方法論の研究を行う.本研究では特に,ゲノム配列検索とゲノムワイド関連解析の2点を中心的な課題と定め,大規模なデータ解析を安全に実施できる手法の開発を行う.

研究成果の概要

近年,爆発的に増加している個人ゲノムデータの取り扱いには高いプライバシのリスクが付随するため,有用なデータが様々な組織に囲い込まれることが懸念されている.このような状況を鑑み,本研究では,主として秘密分散法に基づき,ゲノム配列を安全に検索する手法や,ゲノム情報を含む臨床情報等をクエリとして機械学習モデルを安全に評価することのできる手法を開発した.秘密計算は秘密を保護しない方法と比較して性能が大きく劣る問題があるが,本研究では索引機能と計算性能の両立を可能にする簡潔データ構造で用いられている技術の応用や,秘密分散法に加え,TEE等を用いた技術の開発により,実用に迫る性能を達成する手法を開発した.

研究成果の学術的意義や社会的意義

ヒトゲノム情報は医学や生物学の発展,さらには医療健康を中心とした様々な産業への活用が期待されている重要なデータであるが,個人と強く結びつく情報であるため,その取り扱いには困難が伴う.本研究では,このように活用が望まれる一方で,プライバシ保護の侵害につながるデータを安全に利用することのできる技術を開発した.学術的には,秘密計算と呼ばれる,秘密の情報を開示することなく目的とする演算を行うことのできる技術に関して,部分文字列検索の高速化,決定木評価の高速化等を達成した.本研究ではゲノムを中心とした生命科学分野のデータへの応用を想定して開発を進めてきたが,分野外の様々な問題にも適応可能である.

報告書

(5件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] Private Evaluation of a Decision Tree Based on Secret Sharing2023

    • 著者名/発表者名
      Ahmed Mohammad Nabil、Shimizu Kana
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 13849 ページ: 171-194

    • DOI

      10.1007/978-3-031-29371-9_9

    • ISBN
      9783031293702, 9783031293719
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Efficient privacy-preserving variable-length substring match for genome sequence2022

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa Yoshiki、Ohata Satsuya、Shimizu Kana
    • 雑誌名

      Algorithms for Molecular Biology

      巻: 17 号: 1 ページ: 1-22

    • DOI

      10.1186/s13015-022-00211-1

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Efficient Privacy-Preserving Variable-Length Substring Match for Genome Sequence2021

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa, Yoshiki ; Ohata, Satsuya ; Shimizu, Kana
    • 雑誌名

      21st International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2021)

      巻: 201

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Private Evaluation of a Decision Tree Based on Secret Sharing2022

    • 著者名/発表者名
      Ahmed Mohammad Nabil、Shimizu Kana
    • 学会等名
      ICISC 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Novel reference-free detection of somatic structural variant based on graph-aware index2020

    • 著者名/発表者名
      Taiki Yamada, Kenichi Chiba, Keisuke Kataoka, Yuichi Shiraishi and Kana Shimizu
    • 学会等名
      IIBMP 2020
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Intel SGXを用いた個人ゲノム情報解析システム2020

    • 著者名/発表者名
      岩田大輝 清水佳奈
    • 学会等名
      2020年暗号と情報セキュリティシンポジウム(SCIS2020)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 秘密分散に基づく秘匿全文検索2019

    • 著者名/発表者名
      中川 佳貴 大畑 幸矢 清水 佳奈
    • 学会等名
      コンピュータセキュリティシンポジウム2019(CSS2019)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 属性ベース暗号とIntel SGXを用いた堅牢かつ柔軟なアクセス制御を実現するデータ分析プラットフォームの構築2019

    • 著者名/発表者名
      岩田大輝 清水佳奈
    • 学会等名
      情報処理学会 第58回バイオ情報学研究会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] BV-SGX: 生命情報解析向け仮想マシンを搭載したSGXクラウド2019

    • 著者名/発表者名
      櫻井碧 清水佳奈
    • 学会等名
      情報処理学会 第58回バイオ情報学研究会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 生体情報セキュリティ2019

    • 著者名/発表者名
      清水佳奈
    • 学会等名
      第58回 日本生体医工学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Towards Privacy-preserving Biomedical Knowledge Integration2019

    • 著者名/発表者名
      Kana Shimizu
    • 学会等名
      JAPAN - NORDIC WORKSHOP ON DIGITAL HEALTH FOR HEALTHY LONGEVITY
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Privacy-preserving Search for Sharing Genetic Variants2019

    • 著者名/発表者名
      Masanobu Jimbo, Nobutaka Mitsuhashi, Shigeo Mitsunari, Shin Kawano, Toshiaki Katayama, Kiyoshi Asai, Kana Shimizu
    • 学会等名
      The 27th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 19 th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2019)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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