• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

植物炭疽病菌における強病原性菌株特異的遺伝子クラスターの進化と機能解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K15846
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分39040:植物保護科学関連
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

GAN PAMELA  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 研究員 (80634740)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 中途終了 (2020年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
キーワードGenome rearrangement / cluster / virulence / fungal genome / anthracnose / nudix / effector / Keywords / fungi / genome / evolution / Colletotrichum / pathogen / Pathogen / Evolution / Fungi / Effector
研究開始時の研究の概要

Understanding how virulence evolves in pathogens can contribute to the development of better methods of disease control. We discovered a virulent strain-specific gene cluster in Colletotrichum fungi that has a variable distribution across multiple species. We will generate chromosome level assemblies for different species with this virulence cluster to gain insights into the evolution and transmission of these genes. We will also functionally characterize a gene within the cluster, which has been shown in preliminary experiments to suppress basal plant defense responses.

研究実績の概要

Understanding how virulence emerges in pathogens can contribute to the development of better methods of disease control. We discovered a virulent strain-specific cluster of genes in Colletotrichum fungi which cause strawberry anthracnose that has an uneven phylogenetic distribution across multiple species. In FY2020, the following was achieved:

1. Submitted paper describing potential virulence gene clusters in sub-telomeric regions and repeat-rich chromosomes. The work and associated genome and transcriptome data has been publicly released on NCBI, github and Biorxiv and is currently under review in the journal Genome Research.

2. One of the proteins present in the potential virulence gene cluster, CfNudix, was characterized further. Phylogenetic analyses of all C. fructicola nudixes including CfNudix was carried out to determine the most closely related sequences to identify potential substrates by homology to previously characterized nudixes. The substrate specificity of purified CfNudix was tested on known nudix substrates.

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (1件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] Subtelomeric regions and a repeat-rich chromosome harbor multicopy effector gene clusters with variable conservation in multiple plant pathogenic Colletotrichum species2020

    • 著者名/発表者名
      Gan Pamela、Hiroyama Ryoko、Tsushima Ayako、Masuda Sachiko、Shibata Arisa、Ueno Akiko、Kumakura Naoyoshi、Narusaka Mari、Hoat Trinh Xuan、Narusaka Yoshihiro、Takano Yoshitaka、Shirasu Ken
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2020.04.28.061093

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Free Access icon Genome sequence resources for four phytopathogenic fungi from the Colletotrichum orbiculare species complex2019

    • 著者名/発表者名
      Pamela Gan、Ayako Tsushima、 Mari Narusaka、Yoshihiro Narusaka、Yoshitaka Takano、Yasuyuki Kubo、and Ken Shirasu
    • 雑誌名

      Molecular Plant-Microbe Interactions

      巻: - 号: 9 ページ: 1088-1090

    • DOI

      10.1094/mpmi-12-18-0352-a

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Colletotrichum shisoi sp. nov., an anthracnose pathogen of Perilla frutescens in Japan: molecular phylogenetic, morphological and genomic evidence2019

    • 著者名/発表者名
      Gan P.、Tsushima A.、Hiroyama R.、Narusaka M.、Takano Y.、Narusaka Y.、Kawaradani M.、Damm U.、Shirasu K.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 号: 1 ページ: 13349-13349

    • DOI

      10.1038/s41598-019-50076-5

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] High-Quality Draft Genome Sequence of Fusarium oxysporum f. sp. cubense Strain 160527, a Causal Agent of Panama Disease2019

    • 著者名/発表者名
      Asai Shuta、Ayukawa Yu、Gan Pamela、Masuda Sachiko、Komatsu Ken、Shirasu Ken、Arie Tsutomu
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 8 号: 29

    • DOI

      10.1128/mra.00654-19

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Genome rearrangements drive the evolution of virulence-related genes in the genomes of Colletotrichum gloeosporioides species complex2019

    • 著者名/発表者名
      Gan P, Hiroyama R, Tsushima A, Masuda S, Kumakura N, Hoat TX, Suzuki T, Narusaka M, Narusaka Y, Takano Y, Shirasu K
    • 学会等名
      15th European Conference on Fungal Genetics
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会

URL: 

公開日: 2019-04-18   更新日: 2021-12-27  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi