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作物3D形態ベンチマークデータセットの構築による植物フェノタイピング研究の加速

研究課題

研究課題/領域番号 19K15946
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分41040:農業環境工学および農業情報工学関連
研究機関九州大学

研究代表者

野下 浩司  九州大学, 理学研究院, 助教 (10758494)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2019年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード植物フェノタイピング / 数理モデル / 形態測定学 / 画像解析 / 3次元計測
研究開始時の研究の概要

植物フェノタイピング(plant phenotyping)による表現型データ収集の加速を目指す.表現型データの収集は労働集約的な場合が多く,多様性をもった農作物生産技術開発上のボトルネックとなっている.このボトルネック解消に向けて植物フェノタイピングへの取り組みが世界的に盛んになってきたが,各手法の定量的比較のための基盤となるベンチマークデータセットが殆ど存在しない.また,革新的な成果を挙げつつある深層学習などの成果を農作物生産の現場へも応用するには,分野に合わせた訓練データが必要である.本提案では,植物3次元形態データに注目し,データの収集とメタデータの付与をおこない,その基盤を整備する.

研究成果の概要

植物地上部の3次元形態データセットの作成に取り組んだ.複数台のデジタルカメラによる写真測量スタジオを利用した多視点画像の取得,得られた多視点画像に対するアノテーションデータの作成,多視点画像を利用した3次元再構築,再構築された点群データの解析による表現型値の推定,従来計測が困難であった性質の評価手法の開発を実施した.その結果,特にダイズの主に葉に関連した形質について植物3次元形態データセットを作成できた.また,新たな数理モデルベースの計測手法やモデルの開発に活用し,その有用性を示すことができた.

研究成果の学術的意義や社会的意義

植物地上部の3次元形態データセットの作成に取り組んだ.これにより,新規に開発する計測方法の評価や機械学習モデルの訓練データとしての活用が見込める.また,従来計測が困難であった性質の評価手法の開発にもつながった.すなわち,詳細な計測データ,アノテーションデータ,形質データを組み合わせたデータセットを作成することで,新規に提案される計測手法の有用性を検証できる基盤の構築や新しい手法の開発の支援をおこなうことが可能になると考えられる.

報告書

(3件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件)

  • [国際共同研究] University of Georgia(米国)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Climate-smart crops: key root anatomical traits that confer flooding tolerance2021

    • 著者名/発表者名
      Yamauchi Takaki、Noshita Koji、Tsutsumi Nobuhiro
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 71 号: 1 ページ: 51-61

    • DOI

      10.1270/jsbbs.20119

    • NAID

      130007991329

    • ISSN
      1344-7610, 1347-3735
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Field‐based individual plant phenotyping of herbaceous species by unmanned aerial vehicle2020

    • 著者名/発表者名
      Guo Wei、Fukano Yuya、Noshita Koji、Ninomiya Seishi
    • 雑誌名

      Ecology and Evolution

      巻: 10 号: 21 ページ: 12318-12326

    • DOI

      10.1002/ece3.6861

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] A theoretical morphological model for quantitative description of the three-dimensional floral morphology in water lily (Nymphaea)2020

    • 著者名/発表者名
      Kirie Shiryu、Iwasaki Hideo、Noshita Koji、Iwata Hiroyoshi
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 15 号: 10 ページ: e0239781-e0239781

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0239781

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 植物科学の「人工知能」との関わり方を考える2020

    • 著者名/発表者名
      大倉 史生、水谷 未耶、野下 浩司、戸田 陽介
    • 雑誌名

      植物科学の最前線

      巻: 11 号: C ページ: 185-206

    • DOI

      10.24480/bsj-review.11c2.00191

    • ISSN
      2432-9819
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 深層学習の利活用による植物表現型解析技術の展望2019

    • 著者名/発表者名
      大倉 史生, 野下 浩司, 木下 俊則, 戸田 陽介.
    • 雑誌名

      植物科学の最前線

      巻: 10 号: B ページ: 99-107

    • DOI

      10.24480/bsj-review.10b7.00160

    • ISSN
      2432-9819
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] 3次元空間における植物葉面再構築と輪郭形状解析2021

    • 著者名/発表者名
      野下 浩司
    • 学会等名
      日本生態学会第68回全国大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Quantitative Representation of Plant Style as Spacial Pattern of Foliage for Morphometrics on ill-defined Homology2020

    • 著者名/発表者名
      Noshita, K.
    • 学会等名
      Phenome2020
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 葉群の空間パターンとしての草姿・草型の定量的表現:相同性が自明でない場合の形態測定学に向けて2020

    • 著者名/発表者名
      野下 浩司
    • 学会等名
      第16回 生物数学の理論とその応用 ~生命現象の定量的理解に向けて~
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] A unified framework for image-based plant phenotyping under controlled growth environment: From image acquisition to phenotype interpretation.2019

    • 著者名/発表者名
      Toda, Y., Noshita, K., Fujita, M., Nakamichi, N., Okura, F., Kinoshita, T., Shinozaki, K.
    • 学会等名
      IPPS2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 植物形態の計測とモデル化2019

    • 著者名/発表者名
      野下 浩司
    • 学会等名
      2019年度日本数理生物学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 植物フェノタイピング向け仮想データセットの生成と解析2019

    • 著者名/発表者名
      野下 浩司
    • 学会等名
      定量生物学の会 北海道キャラバン 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2022-01-27  

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