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深海由来微生物のセルロース分解機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K15956
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分41050:環境農学関連
研究機関国立研究開発法人海洋研究開発機構

研究代表者

立岡 美夏子  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 海洋機能利用部門(生命理工学センター), 研究員 (70835967)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2019年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
キーワードセルラーゼ / 深海 / バクテリア / セルロース / 分解
研究開始時の研究の概要

深海では浅海から沈降する物質の中で分解されずに残った「難分解物」をエネルギー源にした生態系が広がっていると考えられているが、実際にどのような有機物が分解を受けているのかは分かっていない。多糖であるセルロースは植物や藻類、ホヤなどによって豊富に生産されることに加え、高い結晶性を持つことから、深海までたどり着く有機物の多くを占めることが推測される。しかしながら、深海においてセルロース分解を担う微生物についてはほとんど知られていない。そこで本研究では、独自のスクリーニング手法を用いて深海からセルロース分解菌を見出し、生産する糖質関連酵素を精査することでそのセルロース分解メカニズムを明らかにする。

研究成果の概要

本研究では、結晶性セルロースの分解活性を超高感度に検出・定量する手法(Surface Pitting Observation Technology, SPOT)を開発し、深海から新規なセルロース分解菌を分離した。γプロテオバクテリアに属するMarinagarivorans cellulosilyticus GE09株の培養実験とゲノム解析により、この菌がセルロース系バイオマス分解に特化していることが示唆された。特に、結晶性セルロース分解に関与するセロビオヒドロラーゼ遺伝子に新規なドメイン構造が見出された。本研究により、深海がセルロース分解酵素探索の有望な資源であることが明らかとなった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究の意義は、セルロースが難分解であるため高感度かつ迅速な検出が困難であった点を新規手法開発によって解決し、深海微生物資源からの酵素探索に応用した点である。光合成が起こらない深海はこれまでセルロース分解酵素の探索の場として注目されてこなかったが、本研究により、貧栄養の深海には独自の酵素でセルロースを分解する微生物が存在することが明らかになった。また、提案した超高感度検出法SPOTは、さまざまな難分解性ポリマーの活性測定や微生物・酵素探索に適用可能であり、天然高分子の効率的変換やプラスチック汚染の解決にも貢献するものである。

報告書

(6件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2019

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 4件、 招待講演 2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Protocol for analyzing enzymatic hydrolysis of cellulose using surface pitting observation technology2023

    • 著者名/発表者名
      Tachioka Mikako、Tsudome Mikiko、Deguchi Shigeru
    • 雑誌名

      STAR Protocols

      巻: 4 号: 1 ページ: 102066-102066

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2023.102066

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Marinagarivorans cellulosilyticus sp. nov., a cellulolytic bacterium isolated from the deep-sea off Noma-misaki, Japan2023

    • 著者名/発表者名
      Tsudome Mikiko、Tachioka Mikako、Miyazaki Masayuki、Tsuda Miwako、Takaki Yoshihiro、Deguchi Shigeru
    • 雑誌名

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      巻: 73 号: 3

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.005748

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An ultrasensitive nanofiber-based assay for enzymatic hydrolysis and deep-sea microbial degradation of cellulose2022

    • 著者名/発表者名
      Tsudome Mikiko、Tachioka Mikako、Miyazaki Masayuki、Uchimura Kohsuke、Tsuda Miwako、Takaki Yoshihiro、Deguchi Shigeru
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 25 号: 8 ページ: 104732-104732

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.104732

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Surface Pitting on Nanofibrous Matrix as an Ultra- Sensitive Indicator for Enzymatic Hydrolysis of Crystalline Cellulose2021

    • 著者名/発表者名
      Tsudome Mikiko、Tachioka Mikako、Tsuda Miwako、Takaki Yoshihiro、Deguchi Shigeru
    • 雑誌名

      ChemRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.26434/chemrxiv.14562654

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 深海のγ-プロテオバクテリアに特有なセルロース分解特性の解明2024

    • 著者名/発表者名
      立岡美夏子、津留美紀子、出口 茂
    • 学会等名
      第74回日本木材学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Unlocking the cellulolytic potential in the deep sea: isolation of an unusual bacterium with a limited CAZyme repertoire2023

    • 著者名/発表者名
      M Tachioka, M Tsudome, S Deguchi
    • 学会等名
      Gordon Research Conference (GRC): Carbohydrate-Active Enzymes for Glycan Conversions
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Uncovering the Catalytic Mechanism of Inverting Cellulase CBH2 by Visualization of Hydrogens using Neutron Crystallography2023

    • 著者名/発表者名
      M Tachioka, S Yamaguchi, S Deguchi, M Samejima, K Igarashi
    • 学会等名
      The 5th International Cellulose Conference
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 中性子構造解析で明らかにしたGH6に属するセルラーゼのアルギニンの脱プロトン化を介した反応機 構2023

    • 著者名/発表者名
      立岡美夏子、山口空、出口 茂、鮫島正浩、五十嵐圭日子
    • 学会等名
      第72回日本応用糖質科学会 応用糖質科学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Discovery of unique cellulose-degrading bacteria from the deep sea: Isolation and genome analysis2023

    • 著者名/発表者名
      Mikako Tachioka
    • 学会等名
      Global Young Scientists Summit
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Fibrobacterota門に属する新奇な深海由来セルロース分解菌のゲノム解析2023

    • 著者名/発表者名
      立岡 美夏子、津留 美紀子、出口 茂
    • 学会等名
      第73回日本木材学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分離培養とゲノム解析から明らかになる深海セルロー ス分解菌の新奇性2022

    • 著者名/発表者名
      立岡美夏子、津留美紀子、出口茂
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会 15.0
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Nanofiber-Based Ultrasensitive Assay for Enzymatic Hydrolysis of Cellulose2022

    • 著者名/発表者名
      Mikiko Tsudome, Mikako Tachioka, Shigeru Deguchi
    • 学会等名
      The 51st Conference of the German Colloid Society
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 深海由来新規バクテリアのセルロース分解関連酵素遺伝子の解析2021

    • 著者名/発表者名
      立岡美夏子、津留美紀子、宮崎征行、高木善弘、出口茂
    • 学会等名
      第28回セルロース学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 深海由来セルロース分解菌のゲノム解析による新規酵素の探索2021

    • 著者名/発表者名
      立岡美夏子、津留美紀子、宮崎征行、高木善弘、出口茂
    • 学会等名
      第70回日本応用糖質科学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 高感度セルロースゲルスクリーニングによる深海由来セルラーゼの探索2019

    • 著者名/発表者名
      立岡 美夏子、津留 美紀子、磯部 紀之、高木 善弘、出口 茂
    • 学会等名
      第68回日本応用糖質科学会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [図書] 極限環境微生物の先端科学と社会実装最前線:3-2深海由来微生物のセルロース分解酵素の機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      立岡美夏子、津留美紀子、出口茂
    • 総ページ数
      504
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      9784860438487
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2025-01-30  

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