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太古の地球自転を時計タンパク質の分子構造にみる

研究課題

研究課題/領域番号 19K16061
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関分子科学研究所

研究代表者

古池 美彦  分子科学研究所, 協奏分子システム研究センター, 助教 (70757400)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2020年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード概日時計 / 概日リズム / 時計タンパク質 / ATP加水分解 / リン酸化 / シアノバクテリア / X線結晶構造解析 / ATP加水分解反応 / リン酸化・脱リン酸化反応 / 祖先配列 / タンパク質進化 / ATPase
研究開始時の研究の概要

本研究では(1)系統樹に基づき各年代の祖先型KaiCを復元し、(2)それらのATP加水分解反応を実際に測定して太古地球の自転周期との対応関係を明らかにする際、(3)反応様式の変化を可能にしてきた分子構造基盤に立脚することで、シアノバクテリアの時計タンパク質KaiCが自律振動性・温度補償性・同調能をいかに獲得したか、すなわち機能発現の必要条件に物理化学、生物物理に基づいて迫る.

研究成果の概要

シアノバクテリアの概日時計を構成する時計タンパク質KaiCが、ATP加水分解とリン酸化・脱リン酸化という二種類の化学反応を利用して、時を刻む仕組みを解明した。各化学反応の重要なステップを捉えた計十種のKaiC結晶構造ライブラリは、KaiCが自身の活性部位内の原子配置、二次構造変換、三次・四次構造を制御することで、概日振動を発生させていた。この仕組みは概日時計の起源に近い祖先型KaiCにおいても既に確立されていたと考えられる。また本研究課題で明らかになったKaiCの動作原理は、複雑多様な機能・構造をもつと考えられる高等生物由来の時計タンパク質が思いのほかシンプルな機構を持つ可能性を示していた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

私たちヒトを含む生物は、自転する地球の環境に適応して暮らしています。日周環境変動への適応システムは、社会や生態系のような大規模なものから、細胞や生体分子のような微小なものにまで様々なかたちで存在します。概日時計システムは、全長約10nmのタンパク質の化学反応によって駆動されています。分子内では、原子ひとつひとつや、原子の結合によって構成される構造ユニットの運動が、時間帯に応じて精密制御されていることが明らかになりました。本研究の着眼点、手法、成果および創出された学術概念は、様々な生物の概日時計研究に適用でき、また時間を読み取って自律制御する極小デバイスの開発などに知見を与え得ると考えられます。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 1件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Slow and temperature-compensated autonomous disassembly of KaiB–KaiC complex2022

    • 著者名/発表者名
      Simon Damien、Mukaiyama Atsushi、Furuike Yoshihiko、Akiyama Shuji
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 19 号: 0 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0008

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cross-scale analysis of temperature compensation in the cyanobacterial circadian clock system2022

    • 著者名/発表者名
      Furuike Yoshihiko、Ouyang Dongyan、Tominaga Taiki、Matsuo Tatsuhito、Mukaiyama Atsushi、Kawakita Yukinobu、Fujiwara Satoru、Akiyama Shuji
    • 雑誌名

      Communications Physics

      巻: 5 号: 1 ページ: 75-75

    • DOI

      10.1038/s42005-022-00852-z

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Elucidation of master allostery essential for circadian clock oscillation in cyanobacteria2022

    • 著者名/発表者名
      Furuike Yoshihiko、Mukaiyama Atsushi、Ouyang Dongyan、Ito-Miwa Kumiko、Simon Damien、Yamashita Eiki、Kondo Takao、Akiyama Shuji
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 号: 15

    • DOI

      10.1126/sciadv.abm8990

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Regulation mechanisms of the dual ATPase in KaiC2022

    • 著者名/発表者名
      Furuike Yoshihiko、Mukaiyama Atsushi、Koda Shin-ichi、Simon Damien、Ouyang Dongyan、Ito-Miwa Kumiko、Saito Shinji、Yamashita Eiki、Nishiwaki-Ohkawa Taeko、Terauchi Kazuki、Kondo Takao、Akiyama Shuji
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 119 号: 19

    • DOI

      10.1073/pnas.2119627119

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Tuning the circadian period of cyanobacteria up to 6.6 days by the single amino acid substitutions in KaiC2020

    • 著者名/発表者名
      Ito-Miwa Kumiko、Furuike Yoshihiko、Akiyama Shuji、Kondo Takao
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 117 号: 34 ページ: 20926-20931

    • DOI

      10.1073/pnas.2005496117

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development and optimization of expression, purification and ATPase assay of KaiC for medium throughput screening of circadian clock mutants in cyanobacteria2019

    • 著者名/発表者名
      Ouyang D, Furuike Y, Mukaiyama A, Ito-Miwa K, Kondo T and Akiyama S
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 20 号: 11 ページ: 2789-2789

    • DOI

      10.3390/ijms20112789

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] KaiC from a cyanobacterium Gloeocapsa sp. PCC 7428 retains functional and structural properties required as the core of circadian clock system.2019

    • 著者名/発表者名
      Mukaiyama A, Ouyang D, Furuike Y, Akiyama S
    • 雑誌名

      International Journal of Biological Macromolecules

      巻: 131 ページ: 67-73

    • DOI

      10.1016/j.ijbiomac.2019.03.051

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 時計タンパク質のアロステリーに 基づく複雑なシアノバクテリア 概日振動の理解2022

    • 著者名/発表者名
      古池美彦
    • 学会等名
      2021年度 名古屋リズム研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 原子レベルでみた 時計タンパク質KaiCの概日サイクル2022

    • 著者名/発表者名
      古池美彦
    • 学会等名
      2021年度 日本生物物理学会中部支部例会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 時計タンパク質KaiCにおける リン酸化過程の原子レベルでの理解2021

    • 著者名/発表者名
      古池 美彦
    • 学会等名
      2020年度 名古屋リズム研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 藍藻の概日リズムを制御する 時計タンパク質KaiCのアロステリー2021

    • 著者名/発表者名
      古池 美彦, 向山 厚, 欧陽 東彦, 伊藤(三輪)久美子,Damien SIMON, 山下 栄樹, 近藤孝男, 秋山修志
    • 学会等名
      2021年度 日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Core Allosteric Regulation in Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC2021

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiko Furuike, Atsushi Mukaiyama, Dongyan Ouyang, Kumiko Ito-Miwa, Damien Simon, Eiki Yamashita, Takao Kondo, and Shuji Akiyama
    • 学会等名
      2021年度 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] シアノバクテリア概日時計を駆動する時計タンパク質KaiCの動作転換メカニズム2020

    • 著者名/発表者名
      古池美彦、向山厚、山下栄樹、近藤孝男、秋山修志
    • 学会等名
      第 27 回 日本時間生物学会学術大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural Relationships between ATP-hydrolysis and Phosphorylation Domains in Cyanobacterial Clock Protein KaiC2019

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiko FURUIKE, Atsushi MUKAIYAMA, Eiki YAMASHITA, Takao KONDO, and Shuji AKIYAMA
    • 学会等名
      V World Congress of Chronobiology
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural Diversity of KaiC Hexamer in Cyanobacterial Circadian Clock2019

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiko FURUIKE, Atsushi MUKAIYAMA, Eiki YAMASHITA, Takao KONDO, and Shuji AKIYAMA
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 時計タンパク質KaiCのリン酸化ドメインにおける水分子の同定2019

    • 著者名/発表者名
      古池美彦、向山厚、山下栄樹、近藤孝男、秋山修志
    • 学会等名
      日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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