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上皮組織のミニマルな多細胞ユニットの力学制御メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K16096
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

山本 尚貴  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員 (30805338)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード生物物理 / 上皮組織 / メカノバイオロジー / 機械学習 / グラフニューラルネットワーク
研究開始時の研究の概要

上皮細胞が隙間なく接着した細胞層である上皮組織は、多細胞生物の生命活動に不可欠であり、上皮組織の機能解明は生物学の重要な課題である。上皮組織は、細胞同士が互いに力を及ぼし合うことで、細胞間接着を維持しながら、動的に互いの位置関係を変化させ、生物学的機能を果たす。そのため、上皮組織の機能の理解のためには、上皮組織の動態を支配する、細胞間の力学機構を解明することが不可欠である。本研究では、上皮組織を構成するミニマルな多細胞ユニットである、3細胞で上皮構造を維持できる実験系を確立する。そして、この系を用いて、細胞間の力学が各細胞の状態を介した相互作用により、どのように制御されるかを定量的に解明する。

研究成果の概要

本研究では、多細胞生物の生命活動に不可欠である上皮組織の機能や構造がどのように維持されているかについての知見を深めることを目指した。具体的には、上皮細胞の力学的な性質が、どのように組織全体のダイナミクスに影響を与えるかを数理的手法を用いて、明らかにすることができた。さらに、細胞組織のライブイメージデータから、細胞同士の相互作用のルールを抽出する手法を機械学習を用いて提案し、マウスの皮膚組織における細胞間の相互作用のルールを同定することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では、上皮細胞の力学的性質の時間的なゆらぎが、上皮組織のダイナミクスに与える影響を理論的に調べ、これまで報告されていなかった上皮組織の性質を見つけることができ、多細胞組織に関する新たな生物物理学的な知見を得ることができた。また、本研究で開発した多細胞組織における細胞間の相互作用の推定手法は、様々な組織に対して適用可能であり、生物学の大きなテーマである細胞間相互作用の理解を推し進めるための一歩になった。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 5件、 オープンアクセス 6件、 査読あり 6件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 6件)

  • [国際共同研究] Syracuse University/Yale University(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] Syracuse university/University of Chicago/Emory university(米国)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] シラキュース大学(米国)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Non-monotonic fluidization generated by fluctuating edge tensions in confluent tissues2022

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Takaki、Sussman Daniel M.、Shibata Tatsuo、Manning M. Lisa
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 18 号: 11 ページ: 2168-2175

    • DOI

      10.1039/d0sm01559h

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Probing the rules of cell coordination in live tissues by interpretable machine learning based on graph neural networks2021

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Takaki、Cockburn Katie、Greco Valentina、Kawaguchi Kyogo
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 2021.06.23.449559

    • DOI

      10.1101/2021.06.23.449559

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Tracheal motile cilia in mice require CAMSAP3 for the formation of central microtubule pair and coordinated beating2021

    • 著者名/発表者名
      Saito Hiroko、Matsukawa-Usami Fumiko、Fujimori Toshihiko、Kimura Toshiya、Ide Takahiro、Yamamoto Takaki、Shibata Tatsuo、Onoue Kenta、Okayama Satoko、Yonemura Shigenobu、Misaki Kazuyo、Soba Yurina、Kakui Yasutaka、Sato Masamitsu、Toya Mika、Takeichi Masatoshi
    • 雑誌名

      Molecular Biology of the Cell

      巻: 32 号: 20 ページ: ar12-ar12

    • DOI

      10.1091/mbc.e21-06-0303

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Tracing the origin of hair follicle stem cells2021

    • 著者名/発表者名
      Morita Ritsuko、Sanzen Noriko、Sasaki Hiroko、Hayashi Tetsutaro、Umeda Mana、Yoshimura Mika、Yamamoto Takaki、Shibata Tatsuo、Abe Takaya、Kiyonari Hiroshi、Furuta Yasuhide、Nikaido Itoshi、Fujiwara Hironobu
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 594 号: 7864 ページ: 547-552

    • DOI

      10.1038/s41586-021-03638-5

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cell cycle-dependent active stress drives epithelia remodeling2021

    • 著者名/発表者名
      John Devany, Daniel M. Sussman, Takaki Yamamoto, M. Lisa Manning, Margaret L. Gardel
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 118, 10 号: 10 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1073/pnas.1917853118

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Non-monotonic fluidization generated by fluctuating edge tensions in confluent tissues2020

    • 著者名/発表者名
      Takaki Yamamoto, Daniel M. Sussman, Tatsuo Shibata, M. Lisa Manning
    • 雑誌名

      arXiv

      巻: 2008.13007

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Collective cell migration of epithelial cells driven by chiral torque generation2020

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Takaki、Hiraiwa Tetsuya、Shibata Tatsuo
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 2 号: 4 ページ: 043326-043326

    • DOI

      10.1103/physrevresearch.2.043326

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Reorientation behavior in the helical motility of light-responsive spiral droplets2019

    • 著者名/発表者名
      Federico lancia, Takaki Yamamoto, Alexander Ryabchun, Tadatsugu Yamaguchi, Masaki Sano, Nathalie Katsonis
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 10(5238) 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41467-019-13201-6

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Collective cell migration of epithelial cells driven by chiral torque generation2019

    • 著者名/発表者名
      Takaki Yamamoto, Tetsuya Hiraiwa and Tatsuo Shibata
    • 雑誌名

      arXiv

      巻: 1909.02771

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] グラフニューラルネットワークによる細胞間の時空間相互作用の推定2022

    • 著者名/発表者名
      山本尚貴
    • 学会等名
      日本物理学会 第77回年次大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Graph-based machine learning reveals rules of spatiotemporal cell interactions in tissues2022

    • 著者名/発表者名
      Takaki Yamamoto
    • 学会等名
      RIKEN BDR Symposium 2022 “Emergence in Biological Systems: Emergence in Biological Systems: Challenges to Bridging Hierarchies”
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Emergence of cell chirality from the spatial organization of actin and myosin cytoskeleton2022

    • 著者名/発表者名
      Tatsuo Shibata
    • 学会等名
      RIKEN BDR Symposium 2022 “Emergence in Biological Systems: Emergence in Biological Systems: Challenges to Bridging Hierarchies”
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Collective cell migration of epithelial cells driven by chiral torque generation2021

    • 著者名/発表者名
      Takaki Yamamoto
    • 学会等名
      EMBO Workshop Physics of living systems: From molecules to tissues
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Graph-based machine learning reveals rules of spatiotemporal cell interactions in tissues2021

    • 著者名/発表者名
      Takaki Yamamoto
    • 学会等名
      RIKEN BDR Retreat 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Non-monotonic fluidization generated by fluctuating edge tensions in confluent tissues2021

    • 著者名/発表者名
      Takaki Yamamoto, Daniel M. Sussman, Tatsuo Shibata, M. Lisa Manning
    • 学会等名
      RIKEN BDR symposium 2021
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Chirality-induced helical self-propulsion of chiral liquid crystal droplets2019

    • 著者名/発表者名
      Takaki Yamamoto
    • 学会等名
      Gordon Research Seminar "Designing Mechanics and Dynamics in Soft Matter”
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theoretical model of dynamics of epithelial cells with cellular chiral torque generation2019

    • 著者名/発表者名
      Takaki Yamamoto
    • 学会等名
      Gordon Research Conference "Living and Non-Living Soft Matter on the Edge: Out of Equilibrium, Marginal, in Extreme Conditions and at Interfaces”
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] キラルな液晶液滴のマランゴニ効果駆動の回転運動とその流体場2019

    • 著者名/発表者名
      山本尚貴
    • 学会等名
      日本物理学会 2019年秋季大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 細胞のキラリティを考慮した上皮細胞組織の運動モデル2019

    • 著者名/発表者名
      山本尚貴
    • 学会等名
      日本物理学会 2019年秋季大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Theoretical model of dynamics of epithelial tissue with cellular chirality2019

    • 著者名/発表者名
      山本尚貴
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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