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ボトムアップジェネティクスによる大腸菌ゲノム相同組み換えのシステム解析

研究課題

研究課題/領域番号 19K16109
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分43060:システムゲノム科学関連
研究機関京都大学

研究代表者

青木 航  京都大学, 農学研究科, 助教 (10722184)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2019年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワード合成生物学 / Bottom-up genetics / 人工細胞 / ボトムアップジェネティクス
研究開始時の研究の概要

本研究の目的は、任意の生物学的システムの再構成をハイスループットに達成する新規方法論「ボトムアップジェネティクス」を提唱し、その実証として「大腸菌ゲノム相同組み換え」の再構成とそのメカニズム解析に挑戦することである。生命科学におけるひとつのボトルネックとなっているin vitro再構成をハイスループット化できれば、生物学的システムの理解を加速させることができるため、そのインパクトは大きい。

研究成果の概要

本研究の目的は、任意の生物学的システムの再構成をハイスループットに達成可能とする新規方法論「ボトムアップジェネティクス」を提唱し、その実証として、大腸菌のゲノム相同組み換えや転写マシナリーの再構成を試みることである。これまでに確立したボトムアップジェネティクスの基盤技術を統合し、大腸菌全遺伝子ライブラリを用いて人工細胞ライブラリを構築し、大腸菌のゲノム相同組み換えおよび転写マシナリーの再構成を試みたところ、人工細胞内部でターゲットが再構成された可能性が示唆された。現在、必要十分条件の決定に向けてさらなる解析を進めている。

研究成果の学術的意義や社会的意義

効率の大幅な向上はイノベーションに直結する。本研究では、構成的理解という現代生命科学のボトルネックのひとつの解消を目指しており、それが実現されれば、革新的バイオテクノロジーの連続的創出にも繋がると期待される。例えば、制限酵素・GFP・PCR・光遺伝学・ゲノム編集などのバイオテクノロジーは、必要十分条件が決定されたが故に高い改良性と多様なシーンへの移植可能性を持ち、普遍的ツールと成り得た。本研究で開発するボトムアップジェネティクスにより、多様な生物学的システムの再構成を迅速に達成できるようになれば、それらのバイオテクノロジーへの応用が加速すると期待される。

報告書

(3件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Selected reaction monitoring for the quantification of Escherichia coli ribosomal proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Kosaka Yuishin、Aoki Wataru、Mori Megumi、Aburaya Shunsuke、Ohtani Yuta、Minakuchi Hiroyoshi、Ueda Mitsuyoshi
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 15 号: 12 ページ: e0236850-e0236850

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0236850

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] リボソームタンパク質の包括的な解析のためのselected reaction monitoring2020

    • 著者名/発表者名
      小坂唯心, 森めぐみ, 青木航, 植田充美
    • 学会等名
      第43回 日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] リボソーム生合成プロセス解析のための Selected reaction monitoring2020

    • 著者名/発表者名
      小坂唯心, 森めぐみ, 青木航, 植田充美
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 質量分析で生物間相互作用を理解する2020

    • 著者名/発表者名
      青木 航, 植田 充美
    • 学会等名
      日本農芸化学会2020年度大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Selected Reaction Monitoring Method for The Quantification of Escherichia coli Ribosomal Proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Yuishin Kosaka, Megumi Mori, Mitsuyoshi Ueda, Wataru Aoki
    • 学会等名
      ASBMB2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reconstruction of biological subsystems using bottom-up genetics2019

    • 著者名/発表者名
      Wataru AOKI, Keisuke MOTONE, Mitsuyoshi UEDA
    • 学会等名
      ASBMB 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2022-01-27  

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